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生信技能树

专栏作者
1861
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3497556
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使用MuSiC以及MuSiC2来根据单细胞转录组结果推断bulk转录组细胞比例
这些工具都是依据肿瘤病人的转录组测序表达量矩阵进行的分析,也有几百篇类似的数据挖掘文章了,它们总是喜欢落脚到estimate或者CIBERSORT结果的预后意义。
生信技能树
2023-02-28
8600
scATAC-seq| motif 分析
但是没有能坚持下来,其实文章给的配套github代码非常齐全了,就是需要花时间钻研和解读。
生信技能树
2023-02-28
9260
scATAC-seq| 可视化DARs
但是没有能坚持下来,其实文章给的配套github代码非常齐全了,就是需要花时间钻研和解读。
生信技能树
2023-02-28
5220
R版BBKNN整合去批次
之前我有测试过很多整合去批次的算法,例如CCA,RPCA,harmony,LIGER等:
生信技能树
2023-02-27
7990
三个buff都不能让你成功getGEO吗
一番搜索,发现是GEOquery更新过后,downloadFile这个函数做了改动。
生信技能树
2023-02-27
5190
相关性热图、圈图、弦图(笔记)
如下所示,可以看到有多个样品,每个样品都有多个基因表达量,这个时候我们比较关心的是这些基因的表达量相关性(在多个样品),基因与基因之间有两两组合相关性:
生信技能树
2023-02-27
1.5K0
整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法(二):R包Scissor
上个帖子介绍了整合单细胞数据和Bulk数据的最新方法scAB,整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法(一):R包scAB。除了scAB以外,衔接单细胞数据和Bulk测序数据的方法还有Scissor, scPrognosis 和DEGAS 等工具。本系列文章计划依次介绍这些算法,提供给大家更多的选择。本文将继续介绍Scissor算法。
生信技能树
2023-02-27
1.8K0
整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法(一):R包scAB
最近刷到NAR最新的一篇算法文章《scAB detects multiresolution cell states with clinical significance by integrating single-cell genomics and bulk sequencing data》,DOI10.1093/nar/gkac1109。通过整合单细胞基因组学(包括scRNA-seq和sc-ATAC-seq数据)和Bulk RNA 测序数据及表型信息,在这里作者提出了一种称为 scAB 的新算法。
生信技能树
2023-02-27
1.5K0
马上都2023了,但是CNS级别单细胞文章仍然是使用monocle2
其实大家简单的搜索就能发现 trapnell 实验室虽然出了 monocle3 ,而且写的很清楚:Monocle 2 and Monocle 3 alpha are deprecated, Please use our new package, Monocle 3 ,如下所示的链接 :
生信技能树
2022-12-16
1.6K0
不输于LASSO的SVM单细胞分类器
索性就把各种其它机器学习算法都演示一遍吧,接下来是支持向量机,因其英文名为support vector machine,故一般简称SVM,五年前我就在咱们生信技能树公众号分享过它的用法,见:一文掌握SVM用法(基于R语言) ,如果要完全理解SVM原理及算法,还需要理解 线性回归,最小二乘法,逻辑回归,线性分类器,线性可分,核函数,损失函数。。。。。。
生信技能树
2022-12-16
4400
升级了R4.2的好处
然后重新安装了最新版R,并且重新一次性安装了一千多个包,这次居然有意外收获,莫名其妙的我可以在线直接安装GitHub包啦:
生信技能树
2022-07-26
1.3K1
听说你的拟时序图跑的像蜈蚣
文章是:《Defining the emergence of myeloid-derived suppressor cells in breast cancer using single-cell transcriptomics》,数据集是:GSE139125
生信技能树
2022-07-26
1.6K0
替代付费生信工程师的在线可视化工具箱Hiplot
其实就是难者不会,会者不难 ,毕竟每个人要成为一个能做这些举手之劳分析的工程师,就需要至少一年的努力学习,为大家的学习和付出买单是理所当然的。
生信技能树
2022-07-26
8810
批量运行多个R脚本
如果把这些R代码文件一个个打开,然后一个个运行,工作量也不小,所以我们推荐一个技巧:
生信技能树
2022-07-26
1.7K0
ProTICS 揭示了不同分子亚型中肿瘤浸润免疫细胞的预后影响
这是生信技能树知识整理工作的第2个文档,前面的是:基于支持向量机模型的TNBC的分子亚型预测
生信技能树
2022-07-26
5310
快速将rmd文件转化为R纯代码文件,你喜欢吗?
但是这样的入门,远远不够,一般来说看几十个甚至上百个各个方向的R包的文档是躲不过去的,而R包文档往往是以 rmd文件的网页形式给出来 ,比如 scRepretoier结果 -> 传入 Seurat,这个很完整的解决方案就需要看文档。都在 https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html 基本上就需要大家根据这个文档慢慢的一步步复制粘贴代码去运行,才能体会 Interacting with Single-Cell Objects的技巧 ;
生信技能树
2022-07-26
9070
Hiplot 在线绘图工具的本地运行/开发库开源啦!
Hiplot 项目发起于 2019 年,是由国内生物信息学开源社区 Openbiox 和多家单位和机构共同建设的一个免费、易用、部分开源的综合在线绘图系统(生物医学为主)。截至目前,该网站已提供超过 230+余个在线可视化分析功能,涵盖了基础科研绘图、组学可视化和部分临床模型可视化功能。总的注册用户已超过 2 万 5 千人,总访问量超过 300 万次,每日任务数已超 4000 余次。
生信技能树
2022-06-27
4890
R包更新过程中readr和cli不匹配
下面是学员解决问题的记录 (生信技能树学员 ) 📷 自我介绍:我是一名儿科医生。硕士毕业工作已有十年的时候,在职博士还没有毕业方向,觉得生信学习或许是一个新的出口,于是跟随生信技能树的马拉松课程学习了数据挖掘,也学习了一些Linux的基础知识。一边忙碌的临床工作,一边挤时间学习这从未接触过的领域,到如今刚好一年,结合部分临床实验数据、数据挖掘生物信息分析等内容,终于完成了毕业论文的撰写。目前博士论文刚刚通过盲审评阅,等待着毕业收尾工作。非常感谢生信技能树的各位老师。 💡当你开始学习生信时,一定会遇到各种报
生信技能树
2022-06-08
3.1K0
记录单细胞学习过程中的两个R包报错
1.SeuratData包,因为学习单细胞测序的很多示例数据全在这个包里,所以这个包的出镜频率其实是比较高的,但是我在成功下载后library出现了如下报错
生信技能树
2022-06-08
2.5K0
微生物DNA测序数据找变异位点
我们以这三年疫情的微生物SARS– CoV-2为例,文章:《Genomic Diversity of Severe Acute Respiratory Syndrome– Coronavirus 2 in Patients With Coronavirus Disease 2019》,它就列出来了微生物的DNA测序找变异位点的流程,主要是4个软件,步骤如下所示:
生信技能树
2022-06-08
4490
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