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ProTICS 揭示了不同分子亚型中肿瘤浸润免疫细胞的预后影响
tcp/ip
git
github
开源
数据处理
这是生信技能树知识整理工作的第2个文档，前面的是：基于支持向量机模型的TNBC的分子亚型预测
生信技能树
2022-07-26
548
0
成为完整的生信工程师必须补全Linux技能
数据分析
linux
云服务器
windows
tcp/ip
如果这里面确实没有你需要的NGS技术，你需要做的仍然是看完我这些视频，搞清楚我是如何学习一个ngs技术的，然后把这个技能迁移到你自己的ngs数据。你会发现，万变不离其宗，本质上都是Linux能力，如何在服务器里面配置和管理软件，如何看各个软件说明书文档。
生信技能树
2022-07-26
829
0
表观转录调控之ChIP-seq和RNA-Seq联合分析
tcp/ip
https
网络安全
数据分析
数据库
其实这些各个技术流程的视频教程好几年前我就全部免费共享在b站，而且我同步分享了视频配套讲义和教辅材料；
生信技能树
2022-03-03
3.3K
0
生命科学领域最容易就业的方向是？
tcp/ip
数据分析
https
网络安全
linux
有感而发，这里简单的整理了一下我们《生信技能树》团队七八年的资源的十分之一推荐给大家。
生信技能树
2022-03-03
478
0
6种免疫细胞的850K甲基化芯片和转录组测序数据资源
硬件开发
tcp/ip
https
网络安全
数据库
比如在李程老师的交流群看到了Roy et al., 于2021年11月发表在, Immunity 杂志的文章：《DNA methylation signatures reveal that distinct combinations of transcription factors specify human immune cell epigenetic identity》，链接是：https://doi.org/10.1016/j.immuni.2021.10.001
生信技能树
2021-12-27
766
0
基因组不同区域的不同组蛋白修饰的生物学意义不一样
tcp/ip
我看到一个软件的参数是；-R Genomic *regions* to plot: tss, tes, genebody, exon, cgi, enhancer, dhs or bed ，就是设计好了可以针对基因组的任意功能区域进行探索。
生信技能树
2021-12-27
811
0
小细胞肺癌(SCLC)病人的scRNA-seq数据分析
tcp/ip
首先进一步对上皮细胞再分群，细胞亚类注释：respiratory epithelium呼吸上皮细胞(including alveolar epithelial肺泡上皮细胞 types 1 and 2, ciliated, club, neuroendocrine神经内分泌细胞, and tuft cells) and hepatocytes肝细胞 derived from liver metastases.
生信技能树
2021-12-16
742
0
WGBS和RRBS，还有450K或者850K芯片甲基化数据分析服务
硬件开发
tcp/ip
有文章比较这3个技术：Empirical comparison of reduced representation bisulfite sequencing and Infinium BeadChip reproducibility and coverage of DNA methylation in humans，感兴趣的都是可以自由阅读，提高自己哈。甲基化信号的主要分析也是 差异甲基化区域（DMRs）与 DMR 相关差异基因。
生信技能树
2021-10-21
2.5K
0
ChIP-seq数据分析课程学习笔记之peaks的可视化
tcp/ip
html
http
https
网络安全
其中中国医科大的“小高”同学给大家带来的就是ChIP-seq数据分析实战视频课程的配套笔记，希望可以帮助大家更好的吸收消化课程内容！
生信技能树
2021-10-12
4.9K
0
m6A图文复现08-Peak结果可视化metaPlotR
html
tcp/ip
github
https
http
上一期我们使用了Guitar包对Peak结果进行可视化，见：m6A图文复现07-Peak结果以及分布特征图
生信技能树
2021-10-12
2K
0
使用R语言的parallel包调用多个线程加快数据处理进度
http
html
tcp/ip
r 语言
https
使用方法非常简单， 就是 makeCluster 函数定义好需要并行计算的线程数量，然后之前的apply家族循环就区别在函数名字前面加上par的签字，比如 lapply就替换成为了 parLapply 函数。
生信技能树
2021-10-12
3.3K
0
ChIP-seq数据应该是看peaks呢还是看motif
tcp/ip
node.js
通常情况下，我们认为转录因子在某个基因的启动子区域结合是调控关系，靶基因。但是这个SATB2居然绝大部分的结合位点都不是各个基因的启动子区域，就很尴尬了。不过，研究者综合motif 富集分析发现了肠道关键转录因子CDX2，HNF4A和转录调控过程中发挥重要作用的转录激活因子P300，提示SATB2可能与CDX2和HNF4A共同参与了增强子激活靶基因的转录调控。
生信技能树
2021-10-12
2.2K
0
m6A图文复现06-样本相关性检验与Peak Calling
tcp/ip
数据分析
前面我们分享了 跟着Nature Medicine学MeDIP-seq数据分析，数据和代码都是公开，这个2G的压缩包文件，足以学习3个月，写60篇教程。同时也分享了 全套MeRIP-seq文章图表复现代码，其实MeRIP-seq其实就是RNA水平的，又叫做m6a测序。
生信技能树
2021-08-25
2.3K
0
m6A图文复现03-测序数据去除rRNA序列并且比对到参考基因组
tcp/ip
数据库
sql
首先，看rRNA在整个细胞中的组成比例：从mass指标来看，一个哺乳动物的细胞中rRNA占比最多，能达到80-90%
生信技能树
2021-07-29
2.4K
0
m6A图文复现02-数据下载和质控
tcp/ip
数据处理
数据分析
数据库
sql
但很多粉丝留言表示这些英文教程看不懂，数据也很分散，没有中文解说实在是很难跟下来，希望我们出一个手把手系列教程。
生信技能树
2021-07-29
1K
0
m6A-seq 数据处理及图表复现交流群
tcp/ip
https
网络安全
数据分析
数据库
但很多粉丝留言表示这些英文教程看不懂，数据也很分散，没有中文解说实在是很难跟下来，希望我们出一个手把手系列教程。
生信技能树
2021-07-29
1.7K
0
ChIP-seq数据分析课程学习笔记之 测序数据质量控制和比对
https
网络安全
tcp/ip
数据分析
php
其中中国医科大的“小高”同学给大家带来的就是ChIP-seq数据分析实战视频课程的配套笔记，希望可以帮助大家更好的吸收消化课程内容！
生信技能树
2021-07-29
1.9K
0
转录组讲师带你读文献-m6A和RNA测序结合
tcp/ip
我在我在04-转录组笔记推文任务列表（半年期）里面安排了6个经典综述和10篇转录组应用文献给大家，可惜愿意沉下心了认真苦学的并不多。（https://share.mubu.com/doc/14uneHKvPg）
生信技能树
2021-05-27
1.9K
0
全套MeRIP-seq文章图表复现代码
tcp/ip
数据分析
linux
shell
数据处理
这里面的MeDIP-seq指的是DNA，那么MeRIP-seq其实就是RNA水平的又叫做m6a测序，恰好看到了咱们的表观微信交流群我们的生信技能树优秀转录组讲师在分享全套MeRIP-seq文章图表复现代码，我借花献佛整理一下分享给大家：
生信技能树
2021-04-29
788
0
单细胞级别的ChIP-seq和传统bulk数据分析流程差异大吗
数据分析
tcp/ip
数据处理
其实如果你看过我表观组学系列，比如《ChIP-seq数据分析》 和 《ATAC-seq数据分析》 就会知道这些技术都可以被单细胞化， 如果你具备比较好的背景知识，理论上是可以自己根据文档把它们对应的单细胞水平的数据分析摸索成功。那就作为学徒作业吧，摸索scChIPseq数据分析流程！
生信技能树
2021-04-29
633
0
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