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学习R语言里的排序函数
r 语言
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我们的生信入门班和数据挖掘线上直播课程已经有了三年多的历史，培养了一波又一波优秀的生信人才。新一期的生信入门班学员热情高涨，他们富有探索精神，又乐于助人，这是一个在帮助别人的过程中自己也获得进步的例子，令我们非常开心。
生信技能树
2022-06-08
1K
0
Highcharter包制作交互图表
其他
Highcharter是基于HighCharts javascript库及其模块的R包。这个包的主要功能是:可以创建交互式的各种图表，如散点图、气泡图、时间序列、热图、树形图、条形图等；支持各种R对象；支持Highstocks图表、Choropleths；支持管道方法和各种各样的主题与外观。
生信技能树
2022-04-14
1.1K
0
cytoscape的十大插件之五--Centiscape（计算多个中心值）
其他
https
网络安全
五一劳动节，连续五天，在钉钉群直播互动授课带领大家系统性掌握cytoscape软件的使用方法和技巧，课程已经结束啦。文末有录播回放学习方式，以及配套授课资料！
生信技能树
2021-05-27
6.7K
0
基于R语言的shiny网页工具开发基础系列-03
网站
编程算法
其他
上节已经学会在用户界面放置一些简单的元素，但显示更复杂的内容需要用到小部件widgets
生信技能树
2021-02-03
2.5K
0
选博士导师比选男票讲究多啦，可别挑错人儿等入学了才后悔~
其他
一直想给各位小伙伴关于选择博士导师的一小丢建议，趁着还能赶上大家申博的周期在这跟大家叨逼叨一下咯。(*^_^*)
生信技能树
2018-12-29
631
0
TCGA的28篇教程-GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手
数据库
数据挖掘
其他
express
这个时候我们就需要想办法加大正常组织测序样本量，既然TCGA数据库没有，我们就从其他数据库着手。
生信技能树
2018-12-19
9.4K
0
多个探针对应同一个基因取最大表达量探针极简代码
其他
很明显可以看到，很多基因都是有多个探针的，而且每个探针的中位表达量不一样，这里我们可以选择最大的探针保留。
生信技能树
2018-12-18
2.1K
0
天真的我准备把全部流程迁移到GATK4
其他
但是走到了 SplitNCigarReads 才发现，这个命令当初学的太久了，忘记各个参数啥意思了，就想搜索看看如何转换。
生信技能树
2018-12-18
1.5K
0
通常自己的目标基因要在公共数据库看是否影响生存
其他
重点是作者对自己的生物学领域背景知识的把控能力，比如首先应该是知道哪些数据集是可以拿来使用的。
生信技能树
2018-12-18
464
0
计算MiRNA–mRNA表达相关性
其他
使用 Maximal Information Coefficient (MIC) 这个算法来计算计算MiRNA–mRNA表达相关性，这个算法来自于文献：D. N. et al. Detecting novel associations in large data sets. Science 334, 1518–1524 (2011).
生信技能树
2018-12-18
1.5K
0
使用多个网页工具预测MiRNA–mRNA相互作用
其他
所以大家如果也有miRNA列表，就可以使用它，肯定有人会以为我来图文并茂的讲解这个网页工具如何使用，那你错了，我不会做这么low的事情，麻烦走开。
生信技能树
2018-12-18
1.7K
0
组合多个GSE数据集进行meta分析不妨先去冗余
其他
所以作者开发这个R包: DupChecker: a bioconductor package for checking high-throughput genomic data redundancy in meta-analysis
生信技能树
2018-12-18
1.6K
0
2019年2月份第1周文献分享（总第53周）胃癌的类器官研究（附视频）
其他
而且通过形态学，WES和RNA-seq数据说明了其研究团队构建的类器官可以比较好的模拟其对应的肿瘤，包括 regional heterogeneity and subclonal architecture ，即使是长期培养的类器官也是如此。
生信技能树
2018-12-18
954
0
聊一聊生信云（计算）
其他
生信云（计算）作为生物信息学发展的产物，它在生物信息学整个学科发展中起到了举足轻重的作用。生物信息学领域科研人员日常进行的数据分析工作已经和生信云紧紧联系在一起。在可以预见的几十年内，生信云将会成为云计算领域中消耗资源最多、影响力最大的方向之一。
生信技能树
2018-12-18
2K
0
数据整理这一块工作商业公司可能做得更好-人类lncRNA大全
其他
正好我看到一款商业芯片 Arraystar Human LncRNA Array V4.0 ，上面介绍：
生信技能树
2018-12-14
678
0
最新的肿瘤突变查找神器lancet试用体验
其他
名字跟大名鼎鼎的柳叶刀期刊撞车，软件主页在：https://github.com/nygenome/lancet
生信技能树
2018-12-14
1.5K
0
LD_LIBRARY_PATH详解，从此不害怕安装C语言源代码软件（欢迎海南大学的51粉丝）
其他
我在B站上面讲解过软件安装全集，其实是怕新手还没入门就放弃，所以只是简单分类，然后强调大家尽量不要碰C源代码软件，能conda就conda，实在不行找二进制可执行程序：
生信技能树
2018-12-14
4K
0
12月份第2周（总第46周）探索TNBC新的亚型分类
其他
发表于：Clin Cancer Res. 2015 Apr 文章题目是：Comprehensive Genomic Analysis Identifies Novel Subtypes and Targets of Triple-negative Breast Cancer 主要是考虑到TNBC是异质性较大的一种乳腺癌，而且预后非常差，所以临床用药指导急需对TNBC本身更加细致的分类，研究团队通过贝勒医学院分两次 收集了 198个TNBC病人， (discovery set: n=84; validation set: n=114) 比较稳定的把TNBC分成了4个亚型，而且还分析了7个公共数据集来验证其结论。作者整理的4个亚型以及其可能的靶点：
生信技能树
2018-12-12
960
0
你凭啥写“该基因在人体中高表达”--谁给你的勇气，梁静茹吗？
其他
摸着你的良心，你有没有在文章的introduction里面煞有介事的介绍过某基因，你写“xxx基因是在人体中分布广泛、高表达且高保守的基因/蛋白，主要参与XXX等生物学过程”，套路，都是套路！
生信技能树
2018-12-12
2.4K
0
2433个乳腺癌患者的173个基因的突变全景图
其他
乳腺癌具有患者间与同一患者肿瘤内的基因组变异性。以患者间的异源性分类早期乳腺癌生物亚型，现在临床对乳腺癌患者通常是观察 morphological assessment (size, grade, lymph node status) ，或者检查，ER,PR,HER2 等marker，目前的亚型主要是以下：
生信技能树
2018-12-11
1.1K
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