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育种数据分析之放飞自我
生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS
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如何对数据进行汇总统计？
编程算法
r 语言
对于汇总统计，一般是统计最大值、最小值、平均值、方差、标准差和变异系数，有时候还会根据地点、品种、年份进行分组汇总。
邓飞
2022-12-13
560
0
如何在箱线图添加显著性--代码分享
数据分析
r 语言
多个水平的箱线图，可以展示不同水平的分布、平均值、方差等信息，也可以把显著性甚至多重比较加上去，R语言包这方面越来越友好了，代码都封装好了，十分流畅！
邓飞
2022-12-13
1.6K
0
如何引用R语言以及R包：文献引用
r 语言
p_cite和p_citation都可以用，包的名称加不加引号都可以用，更人性化一点。
邓飞
2022-12-13
1K
0
Rstudio改名Posit了，如果改名为PRstudio可以叫：“怕死秃头工作站”了
python
r 语言
ide
中国的公司感觉风水不好，就换一下大门。而国外的公司觉得风水不好，就改名称。算是各有特色吧。
邓飞
2022-12-12
588
0
当R语言遇到plink，就在R中运行plink吧
r 语言
linux
https
网络安全
R语言和plink软件都是常用的软件，随着对软件的熟悉，就不用自己写代码了，直接改代码了，既然改代码，就在一个环境下运行就行了，不想来回切换R和Bash。问题来了：如何在R语言中运行plink软件。
邓飞
2022-12-12
1.4K
0
R语言中如何查看安装过的R包
r 语言
当年学习Perl语言时，看小骆驼，上面有个CPAN的东西，说是上面有很多包，但我的技术仅仅入门，包是一次也没有用上。但是R语言不一样，没有R包寸步难行，虽然用R的base包可以把程序写得像bash一样冗长无味，但我还是习惯用tidyverse系列，习惯了，毕竟R包是另一种语言，tidyverse结构的一致性，让我张口就来，不用查说明文档了……
邓飞
2022-07-27
1.9K
0
我承认tidyverse已经脱离了R语言的范畴
r 语言
python
nest
最近知乎热议：R和Python谁更优雅的问题，或者谁更适合数据分析的问题，各种讨论，非常值得一看：
邓飞
2022-05-19
595
0
表型数据和基因型数据--聚类分析
数据分析
r 语言
编程算法
用PCA做为GWAS的协变量，相当于将品种结构考虑进去。它类似将不同品种作为协变量，或者将群体结构矩阵Q作为协变量。
邓飞
2022-05-19
2K
0
GWAS软件：GAPIT+GEMMA+GCTA如何计算PVE？
api
r 语言
这里，分享一下常用GWAS软件，比如GAPIT，GEMMA，GCTA是如何计算显著SNP解释百分比（PVE）的。
邓飞
2022-05-19
1.4K
0
Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式
r 语言
bash
bash 指令
有时候，我们会遇到Excel格式的基因型数据，这篇博文介绍一下如何手动转为plink格式。
邓飞
2022-05-19
1.5K
0
R语言学习看最新版的电子书不香嘛？
r 语言
https
网络安全
数据分析
我买了很多R语言的书籍，很多时候我是想通过买书来鞭策自己多多学习，毕竟，实体的书籍花的是真金白银，沉默成本在哪里，不看就太可惜了。
邓飞
2022-05-19
606
0
windows系统VScode配置R语言
r 语言
https
ide
网络安全
一直在Rstudio中编写R语言程序，这里，想用VScode进行R语言的编写，毕竟除了R语言，还要编写Python，Shell，Julia等语言，Vscode是通用的平台。
邓飞
2022-05-19
1.4K
0
农业数据分析：必先利其器！
r 语言
sas
数据分析
如果有人问我，系统的学习农业数据分析，我推荐R语言，因为有很多免费的农业相关类的包，比如agricolae，agridat，lme4，sommer等等，SPSS还是算了吧，它做方差分析不能分析裂区试验，没有混线性模型，更不能分析育种值和配合力。
邓飞
2022-04-06
370
0
高效学习要善用搜索引擎
r 语言
所以，搜索R语言的资料，还是去必应上面搜索吧，有条件的话，去谷歌更赞。因为很多软件，都有谷歌group，比如GEMMA：
邓飞
2022-04-06
294
0
遗传力计算 | 1，随机区组RCBD计算广义遗传力
r 语言
之前写过几篇博客，介绍植物育种数据中，如何计算广义遗传力，本次博客计划系统的介绍一下。所谓系统，就是包括：数据，代码，结果解读和重演。确保看到即学到，学到能用到。
邓飞
2022-04-06
1.2K
0
R语言中多条件排序
r 语言
R语言中，如何对数据框的数据根据某个条件进行排序呢？如何根据多条件进行排序呢，类似Excel中的排序效果：
邓飞
2022-04-06
597
0
R语言列表输出到本地简单粗暴的方法
r 语言
编程算法
今天分享的是一个保存R语言不规则数据到本地的方法，感觉比较有用，希望也对你有用吧！
邓飞
2022-02-09
3.9K
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学习R语言这几本电子书就够了！
r 语言
https
网络安全
机器学习
神经网络
这里推荐几本线上的电子书，作者都在不断的更新，网页版的电子书，copy代码无障碍，无广告，很流畅。
邓飞
2022-02-09
1K
0
R语言列筛选的方法--select
r 语言
我们知道，R语言学习，80%的时间都是在清洗数据，而选择合适的数据进行分析和处理也至关重要，如何选择合适的列进行分析，你知道几种方法？
邓飞
2022-02-09
7.4K
0
GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第二篇，GLM模型中如何计算PVE？
api
r 语言
数据分析
编程算法
GAPIT软件安装，见：如何安装GAPIT软件：https://zhuanlan.zhihu.com/p/268327005
邓飞
2021-12-27
1.2K
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