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进化树在biopython中的可视化
xml
python
进化树以树状结构形象的展示各个节点的进化关系，在物种进化，亲缘关系研究领域广泛应用。在biopython中，通过Bio.Phylo子模块，可以方便的访问和展示树状结构中的信息
生信修炼手册
2021-01-11
1.4K
0
xpath语法简介
xslt & xpath
xml
有多种方式可以从网页中提取我们需要的信息，既可以通过正则表达式，也可以使用BeautifulSoup模块。除此之外，xpath表达式也是一种常见用法。
生信修炼手册
2020-11-09
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python读取xml格式的文件
xml
数据分析
xml是一种可扩展的标记语言， 是互联网中数据存储和传输的一种常用格式，遵循树状结构的方式，在各个节点中存储用户自定义的数据，一个xml文件示例如下
生信修炼手册
2020-05-25
2.3K
0
KGML 文件: pathway 信息更加直观的存储方式
存储
xml
KGML 是 KEGG Markup Language 的简写，用于存储pathway 中的相关元素。虽然通路图很生动，但是由于pathway的复杂性，我们很难只从图片就看到对应的基因等信息，KGML 文件作为存储pathway信息的另外一种格式，就能够很好的解决这个问题。
生信修炼手册
2020-05-09
3.2K
0
IMex和IntAct数据库简介
xml
编程算法
数据库
sql
蛋白质相互作用的数据库非常的多，比如DIP, MINT, IntAct, BioGRID等，不同数据库中的信息存在了大量的冗余，而且在不同数据库之间进行检索也非常的费力。
生信修炼手册
2020-05-08
1.3K
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RNAmmer:预测基因组上的核糖体RNA
perl
xml
html
na
核糖体RNA, 缩写为rRNA, 是细胞内含量最多的一类RNA, 能够与蛋白质结合形成核糖体，完成氨基酸的合成。rRNA分子量较大，通常利用沉降系数来区分不同类别的rRNA，沉降系数越大，分子量越大。
生信修炼手册
2020-05-08
1.1K
0
使用GDC下载TCGA肿瘤患者的临床信息
xml
在GDC中，临床信息的下载和普通文件是类似的，在Repository中，数据类型选择Clinical, 示意如下
生信修炼手册
2019-12-20
1.9K
0
使用TCGAbiolinks进行生存分析
xml
json
TCGAbiolinks不仅提供了数据的下载功能，还提供了各种各样的下游分析功能，生存分析是TCGA数据最经典的应用场景之一，通过TCGAbiolinks可以轻松实现生存分析。
生信修炼手册
2019-12-19
1.4K
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