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生信修炼手册

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进化树在biopython中的可视化
进化树以树状结构形象的展示各个节点的进化关系,在物种进化,亲缘关系研究领域广泛应用。在biopython中,通过Bio.Phylo子模块,可以方便的访问和展示树状结构中的信息
生信修炼手册
2021-01-11
1.4K0
xpath语法简介
有多种方式可以从网页中提取我们需要的信息,既可以通过正则表达式,也可以使用BeautifulSoup模块。除此之外,xpath表达式也是一种常见用法。
生信修炼手册
2020-11-09
9330
python读取xml格式的文件
xml是一种可扩展的标记语言, 是互联网中数据存储和传输的一种常用格式,遵循树状结构的方式,在各个节点中存储用户自定义的数据,一个xml文件示例如下
生信修炼手册
2020-05-25
2.3K0
KGML 文件: pathway 信息更加直观的存储方式
KGML 是 KEGG Markup Language 的简写,用于存储pathway 中的相关元素。虽然通路图很生动,但是由于pathway的复杂性,我们很难只从图片就看到对应的基因等信息,KGML 文件作为存储pathway信息的另外一种格式,就能够很好的解决这个问题。
生信修炼手册
2020-05-09
3.2K0
IMex和IntAct数据库简介
蛋白质相互作用的数据库非常的多,比如DIP, MINT, IntAct, BioGRID等,不同数据库中的信息存在了大量的冗余,而且在不同数据库之间进行检索也非常的费力。
生信修炼手册
2020-05-08
1.3K0
RNAmmer:预测基因组上的核糖体RNA
核糖体RNA, 缩写为rRNA, 是细胞内含量最多的一类RNA, 能够与蛋白质结合形成核糖体,完成氨基酸的合成。rRNA分子量较大,通常利用沉降系数来区分不同类别的rRNA,沉降系数越大,分子量越大。
生信修炼手册
2020-05-08
1.1K0
使用GDC下载TCGA肿瘤患者的临床信息
在GDC中,临床信息的下载和普通文件是类似的,在Repository中,数据类型选择Clinical, 示意如下
生信修炼手册
2019-12-20
1.9K0
使用TCGAbiolinks进行生存分析
TCGAbiolinks不仅提供了数据的下载功能,还提供了各种各样的下游分析功能,生存分析是TCGA数据最经典的应用场景之一,通过TCGAbiolinks可以轻松实现生存分析。
生信修炼手册
2019-12-19
1.4K0
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