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使用python自动化发送邮件
html
tcp/ip
python
数据分析
smtplib模块是对SMTP协议的封装，用于发送邮件；email模块用于构建邮件内容，支持以下3种形式的邮件
生信修炼手册
2020-12-11
753
0
使用python将word文档转换为PDF文档
windows
python
html
数据分析
对于windows系统的编程开发，微软一开始提供了基于VB语言的接口，后来又推出了.NET框架。对于word等offices套件的自动化操作，由于原生支持的特性，采用这些语言是最为方便且灵活的，唯一的缺点就是这些语言的学习成本相对较高。
生信修炼手册
2020-12-11
7K
1
使用BeautifulSoup解析网页内容
html
数据分析
BeautifulSoup模块用于解析html和xml文档中的内容，相比正则表达式，其更好的利用了html这种结构性文档的树状结构，解析起来更加方便。
生信修炼手册
2020-11-09
2.9K
0
用户代理在爬虫中的应用
数据分析
爬虫
html
用户代理对应的英文名称为User-Agent, 简称UA. 其具体内容为一行字符串，用来表征操作系统，浏览器版本等信息，以谷歌浏览器为例，通过快捷键F12的调试模式，可以看到浏览器在发送HTTP请求时的头文件，截图如下
生信修炼手册
2020-11-02
1.5K
0
python argparse处理命令行参数
html
python
对于脚本编程而言，经常需要从命令行传递参数到脚本中。对于命令行参数的定义和使用，有一套完整的规则，以linux上的ls命令为例
生信修炼手册
2020-05-25
1.6K
0
bcftools学习笔记(一)
html
本篇主要介绍index, view, query, sort, reheader这五个命令。
生信修炼手册
2020-05-11
4.8K
0
VCF格式介绍
python
编程算法
linux
html
VCF全称为Variant Call Format, 是一种纯文本文件，用来存储变异位点信息，主要包括3个部分的内容
生信修炼手册
2020-05-11
1.6K
0
GATK推荐的序列存储格式-uBAM
html
二代测序平台产生的数据通常用fastq格式进行存储，fastq 存储了我们最关心的序列和碱基质量的信息。就测序而言，这样的信息当然是足够了。但是对于分析而言，还缺少了一点信息。
生信修炼手册
2020-05-10
1.4K
0
SIFT score 预测基因突变对蛋白质功能的影响
http
html
SIFT是Sortig Intolerant From Tolerant的缩写， 是一款软件，基于氨基酸序列的同源性和物理性质来预测氨基酸的替换对蛋白质功能是否造成影响，用来评估基因变异的有害程度。
生信修炼手册
2020-05-10
3.4K
0
bismark 识别甲基化位点-可视化篇
html
第一个命令针对单个样本。每个样本在比对之后，都会生成一个report 文件。bismark2report 命令读取这个reort 文件，然后生成单个样本对应的html报告。
生信修炼手册
2020-05-09
1.4K
0
外显子测序简介
https
网络安全
html
外显子测序，也叫做外显子捕获测序。首先利用序列捕获技术将外显子区域的DNA捕获并富集，然后进行高通量测序。外显子测序主用用来分析基因组上的变异位点，包括SNP和INDEL。
生信修炼手册
2020-05-09
1.2K
0
minfi 分析甲基化芯片数据-数据导入篇
硬件开发
bash
bash 指令
html
https
如果要用这个包进行分析，首先需要在R中将我们的芯片数据读取进来，就是常说的import data。对于minfi 来说，其设计思路是通过读取SampleSheet.csv 文件，在事先约定好的目录结构中查找所有样本的原始数据，来自动化的读取所有样本的信息。
生信修炼手册
2020-05-09
1.5K
1
KEGG Genome 数据库
数据库
sql
编程算法
http
html
kegg Genome 由organisms，selected viruses 和 Metagenomes 3个数据库构成。
生信修炼手册
2020-05-09
882
0
KEGG Brite 数据库
数据库
sql
json
http
html
KEGG被称为京都基因组百科全书，是一个综合性的数据库。对于如此庞大的数据库，肯定需要对数据进行分门别类的整理。除了将各种数据拆分到不同的子数据库中之外，KEGG还对所有的数据进行了更加细致的功能分类，这些功能分类的信息就存储在brite 数据库中。
生信修炼手册
2020-05-09
1.1K
0
使用MISO进行可变剪切的分析
https
网络安全
html
MISO是一款经典的可变剪切分析工具，和rmats类似，该软件也支持对可变剪切事件进行定量和差异分析，网址如下
生信修炼手册
2020-05-08
2K
0
GSEA分析结果详细解读
es
html
欢迎关注”生信修炼手册”! 在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？或者更直观
生信修炼手册
2020-05-08
7K
0
使用htseq-count进行定量分析
html
和featurecounts一样，htseq-count也是一款进行raw count定量的软件。该软件采用python语言进行开发，集成在HTseq这个包中。
生信修炼手册
2020-05-08
1.8K
0
使用featureCounts进行定量分析
html
featuresCounts软件用于统计基因/转录本上mapping的reads数，也就是用于raw count定量。该软件不仅支持基因/转录本的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations等区间的定量。
生信修炼手册
2020-05-08
6.1K
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GtRNAdb:tRNA数据库简介
http
数据库
sql
html
GtRNAdb收录了不同物种的tRNA序列信息，这些tRNA都是通过tRNAscan-SE 2.0软件预测得到，官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
1.5K
0
RNAmmer:预测基因组上的核糖体RNA
perl
xml
html
na
核糖体RNA, 缩写为rRNA, 是细胞内含量最多的一类RNA, 能够与蛋白质结合形成核糖体，完成氨基酸的合成。rRNA分子量较大，通常利用沉降系数来区分不同类别的rRNA，沉降系数越大，分子量越大。
生信修炼手册
2020-05-08
1.2K
0
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