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使用biopython可视化染色体和基因元件
对象存储
数据结构
数据分析
基因组结构元件的可视化有多种方式，比如IGV等基因组浏览器中以track为单位的展示形式，亦或以circos为代表的圈图形式，比如在细胞器基因组组装中，基因元件常用圈图形式展示，示例如下
生信修炼手册
2021-01-11
930
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Circos 软件的安装详解
对象存储
http
perl
circos 是一款perl 语言开发的画图软件，提供了染色体相关数据的一种可视化方式。其制作的图表精美，被科研工作者广泛使用。
生信修炼手册
2020-05-11
1.2K
0
circos 配置文件解析
对象存储
作为一款可视化工具，毫无疑问肯定是需要建立在数据的基础上的。有了数据之后，如何展示，会有许多的参数需要设置和调整，这些参数就是我们需要理解和掌握的东西。
生信修炼手册
2020-05-11
730
0
circos 可视化手册-ideogram 篇
对象存储
ide
circos 主要用于展示染色体上的相关数据，根据在染色上的位置进行不同方式的可视化。
生信修炼手册
2020-05-11
779
0
circos 可视化手册-highlights 篇
对象存储
通过ideogram和ticks这两个block, 我们能够把全部的染色体信息绘制在circos 图片中，但是染色体只是提供了一个基础的坐标系统，重点是染色体上相关区域的数据如何展示。
生信修炼手册
2020-05-11
717
0
circos 可视化手册-plots篇
对象存储
不论是highlights还是links,展示的都是染色体上某段区域的信息，在实际的数据中，除了区间信息外，还会有该区间对应的数据信息，比如测序深度等信息。对于这种信息，通常我们会使用散点图，折线图等图表来展现。
生信修炼手册
2020-05-11
351
0
circos 可视化手册- heatmap 篇
编程算法
网络安全
对象存储
heatmap将一系列的数值映射到一个颜色梯度中，是最常用的图表之一。在circos中，通过plot这个block进行设置。
生信修炼手册
2020-05-10
1.6K
0
circos tableviewer 展示表格数据
android
对象存储
linux
circos中丰富多样的参数，允许我们更加的展示数据。高度定制化的同时，也意味着学习成本的提高。从原始数据的整理，到可视化参数的调整，都必须做到了如指掌，才能得心应手的使用circos。 为了方便使用，circos官网提供了一系列有用的脚本，封装成了circos tools工具包。
生信修炼手册
2020-05-10
1.1K
0
COSMIC数据库简介
https
网络安全
数据库
sql
对象存储
癌症相关的体细胞位点，是整个网站的核心，收录了来自不同研究机构和数据库的体细胞突变数据，并提供了方便的浏览，检索，下载功能。
生信修炼手册
2020-05-10
3.7K
0
circos 可视化手册- images 篇
svg
node.js
对象存储
image这个block是circos内置的block之一，其配置文件为软件安装目录下的etc/image.conf。内容为
生信修炼手册
2020-05-09
823
0
circos 可视化手册- fonts 篇
对象存储
在circos中，fonts, colors, patterns这3个系统内置的block, 通过同一个配置文件引入，写法如下
生信修炼手册
2020-05-09
692
0
circos 可视化手册- colors 篇
对象存储
颜色属性是circos中使用频率最高的属性，由colors这个block进行设置，默认的配置文件为etc/circos.conf。
生信修炼手册
2020-05-09
1.4K
0
NCG:肿瘤驱动基因数据库
数据库
sql
express
react
对象存储
驱动基因的识别是肿瘤基因组学研究中的一项重要内容，NCG是一个肿瘤驱动基因的数据库，目前最新版本为v6.0, 网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
1.8K
0
mSignatureDB:肿瘤突变特征数据库
对象存储
数据库
sql
mSignatureDB是一个肿瘤突变特征的数据库，以COSMIC数据库中收录的30种突变特征作为参照，分析了来自TCGA和ICGC中约15000多个肿瘤样本中这30种突变特征的构成，文章发表在Nucleic Acids Research上，链接接如下
生信修炼手册
2019-12-19
1.1K
0
使用MutationalPatterns进行肿瘤突变频谱分析
对象存储
MutationalPatterns是一个bioconductor上的R包，可以用于肿瘤突变频谱的分析。肿瘤突变频谱针对点突变进行定义，A,T,C,G四种碱基两两突变，共有4X3=12种排列，考虑到正负链碱基配对原则，正链上的A->C突变，对应负链上为T->G, 所以进一步转换成了一个组合的问题，所以某个位点的突变可以划分为以下6种模式
生信修炼手册
2019-12-19
2.3K
0
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