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PGG.MHC--人类主要组织相容性复合体基因数据库和分析平台
数据分析
硬件开发
数据库
sql
https
一个可以进行在线HLA imputatation和关联分析的网站,要不要试试呢?有点疑惑的是并没有把HAN.MHC这个参考放上去,毕竟这个有1万人的样本量,应该相对更准确的。
用户1075469
2023-01-11
597
0
跟着NC学宏基因分析流程-冠状病毒与人类微生物组之间相互作用
数据库
sql
https
网络安全
数据分析
hello,hello!小伙伴们大家下午好,我是小编豆豆,前段时间给各位分享了一篇跟着NC学扩增子流程,这次再和大家分享一篇根据NC学宏基因组分析流程。
用户1075469
2023-01-11
841
0
Biobanks生物银行知多少
https
网络安全
随着一批国家的生物银行的完成和结果公布,多个 Biobank 的 GWAS summary statistics 文件已经公开,这里列下不同国家的相关资源,这些资源基本是使用开源的pheweb工具进行数据公开的,多数开放数据下载。
用户1075469
2022-11-08
1.2K
0
跟着NC学扩增子分析流程-海洋微生物多样性分析
数据分析
腾讯云开发者社区
https
网络安全
前段时间小编为公司搭建扩增子分析流程,在nature communications 发现一篇扩增子分析的文章,文章的题目为:Biodiversity, environmental drivers, and sustainability of the global deep-sea sponge microbiome。文章主要论文为,使用16s扩增子分析,揭示地理距离、化学循环等因素对深海海绵中微生物物多样性的影响。
用户1075469
2022-11-08
360
0
QIIME2 2022.8来啦
https
网络安全
github
git
开源
有多少小伙伴和我一样,一直期盼着Qiime2更新的,在月末,qiime2新版本终于发布啦!小编敲黑板:
用户1075469
2022-11-08
310
0
开发了个在线绘图小站+github加速
https
github
git
开源
网络安全
最近,和同事一起做了个绘图小站,刚刚起步,虽然只有两个图的画图功能,可能还存在bug,欢迎试用反馈呀!本着先上线,小步迭代的思想,决定把这个小站公布下,希望能坚持做下去。建站的方法比较简单,之前已经搭建好的lamp,外加上shiny server,使用shiny解决的啦,基于基本没有前端基础,审美也一般情况,于是就采用了一个还算美观的模块,把shiny App嵌入其中实现的,只是为了掩饰App的丑。估计小站没有什么流量,就用了自己搭建博客的小站,性能一般,画图应该几秒可以出来的,不过网页加载有点慢,请轻拍砖。如果有更多个性化绘图需求,请联系我们。
用户1075469
2022-11-08
536
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qiime2官方视频教程
https
网络安全
自从最近发现qiime2推出了自己的官方视频教程,教程使用QIIME 2的Galaxy界面。为了让大家看得方便,就花了点时间搬运到了B站,并添加了AI双语字幕,然后人工校对了下,顺便学习了一遍。https://www.bilibili.com/video/BV18P4y1T7vU
用户1075469
2022-11-08
416
0
搭建自己的本地云平台,QIIME2图形界面玩转16S分析(WSL2+Docker+Galaxy qiime2)
容器镜像服务
http
https
ubuntu
windows
之前分享过一个 qiime2 studio 图形界面的笔记(QIIME2图形界面版(Q2STUDIO)),是 qiime2 团队自己造的轮子,不过最近 qiime2 团队好像转向了利用 galaxy 轮子QIIME 2 2021.4 发布(qiime2 支持 galaxy 啦),还把官方的宣传和安装视频转载到过公众号,不过之前没有加字幕,看起来还是有点困难的,重新加了中英文字幕并校对了下。
用户1075469
2022-11-08
930
0
打包你的脚本,做成个有图形界面的程序吧!
https
网络安全
python
gui
最近想把一个写的几百行的脚本封装成一个 App,方便使用,于是进行了一番探索,在这里记录一下!
用户1075469
2022-05-25
631
0
SAIGE用户手册笔记1
https
网络安全
github
git
开源
群体遗传学领域,看起来华人(中国人)至少是占据前线的,至少很多软件的一作就是中国人的名字,至少活主要是我们干的。当然,也有很多华人(国人)大牛开发了史诗级别的软件,向勤劳的华夏人致敬!SAIGE 这个软件也是如此。最新更新了1.0版,一起来学习下新的软件文档。
用户1075469
2022-04-15
1.6K
2
GWAS流程知多少-Hail
https
网络安全
html
python
Hail是一个用于可扩展数据探索和分析的开源库,特别是基因组学,为各种规模的基因组分析提供强劲支持,云原生的基因组数据框架和批处理计算。Hail需要Python 3和Java 8 JRE[1], GNU/Linux 还需要 C 和 C++标准库(如果尚未安装)。有关库的高级用法,请参阅概述[2],有关全基因组关联研究的简单示例,请参阅GWAS 教程[3],以及安装页面[4]以开始使用 Hail。
用户1075469
2021-12-18
766
0
QIIME 2 2021.11发布啦
https
网络安全
api
github
编程算法
下一版计划于 2021 年2月(QIIME 2 2022.2)发布,请继续关注更新。
用户1075469
2021-12-18
408
0
扩增子甲基化流程知多少
github
git
开源
https
网络安全
最近涉猎了些扩增子甲基化的测序的内容,发现单就分析方面,就有不少的分析流程呢,一一列举一下!
用户1075469
2021-11-02
425
0
snpQT-又一个人基因组SNP填充和GWAS流程
https
网络安全
发现搜索引擎是个神奇的东西,偶然想起的关键词一搜索,获得的就是意想不到的结果,我以imputation+qc搜索,就找到了snpQT(发音Snip Cute)这样一个神奇的工具/流程。这个流程的目的是让你的SNP cute,为处理人类基因变异提供了帮助:
用户1075469
2021-11-02
550
0
QIIME 2 2021.8到来啦
https
网络安全
html
编程算法
2.一个新工具:qiime tools cast-metadata,允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types
用户1075469
2021-11-02
364
0
在线snp imputation网站知多少(三个中国人参考)
http
https
网络安全
最近又搜索了下SNP imputation,发现随着中国人多个万人基因组项目的完成,我们自己的参考也已经建立,但是一般只局限在课题组内部,不公开,只提供了在线填充服务。不过,这也是极好的,如果样本不多可以考虑用一下,暂时发现有3个,基本上都类似于Michigan Imputation Server的模式。
用户1075469
2021-08-20
930
0
高效R编程
r 语言
缓存
打包
编程算法
https
这是《高效R语言编程》的学习笔记,前面的笔记在这里:https://blog.csdn.net/zd200572/article/details/115349366 https://www.jianshu.com/p/71392ef45d01 很多R语言用户并不认为自己是程序员,我也是:),精通专业知识,理解R语言的标准数据结构,但是缺乏正规编程训练,你是这样的吗?
用户1075469
2021-05-20
1.3K
0
windows 安装 miniconda3 +jupyter lab ,使用系统R语言
r 语言
开源
https
网络安全
git
觉得jupyter+R挺配的,可以每块代码直接在下面输出结果,适合R语言学习。我觉得我就是因为这个工具+生信技能树的R语言入门教程而入门的R语言。当然,入门一门语言很可能不能靠一本书,而是需要多本书才能实现。
用户1075469
2020-10-23
1.3K
0
让windows 10 内置ubuntu(WSL)成为扩增子分析生产力
https
网络安全
linux
ubuntu
windows
先提示下,由于现在大部分电脑的win10版本是1903或者更低,wsl的性能相比2004版本的wsl2有一定差距。据说前者不是真正的linux内核,后者才是。又据说2004版本bug挺多,暂时没有升呢。
用户1075469
2020-08-13
1.3K
0
QIIME2又双叒叕更新了
https
网络安全
api
tcp/ip
提醒一下,我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 8 月发布 (QIIME 2 2020.8),但请继续关注更新。
用户1075469
2020-07-06
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