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硬着头皮往下走PCA|GSEA
本期数据挖掘任务来自于paper：tumor evolution and drug response in patient-derived organoid models ofbladder cancer要重复的图表是：figures: ? pca ? ssgsea其实，是很简单的处理： 差异分析后提取top1000进行pca，要表达的意思是，tumor和tcga的tumor能聚在一起； 对差异基因进行gsea的kegg富集； 有了其实...
GSEA结果解读
1 enrichment score（es）es是gsea最初的结果，反应全部杂交data排序后，在此序列top或bottom富集的程度。 es原理：扫描排序序列，当出现一个功能集中的gene时，增加es值，反之减少es值，所以es是个动态值。 最终es的确定是讲杂交数据排序序列所在位置定义为0，es值定义为距离排序序列的最大偏差. es为正，表示某一...
GSEA可以做什么
这个操作并不难，主要就是准备符合gsea要求的数据文件（本地的话4个），关于文件准备，可细见官方说明。 若有时间我稍后整理以前资料，单独成一篇gsea数据文件准备。 我认为最主要的还是gsea结果解读。 另外，gsea我们可能更多的用的是它的富集功能，而实际上它还有其他非常好用的功能，看自己怎么活学活用了，具体...
单基因GSEA怎么做？
如果之前看过生信宝典的一文掌握gsea，超详细教程，一定会特别熟悉gsea的原理和操作流程。 当然越是理解，越是想不明白单个基因怎么做gsea。 当然如果您不熟悉gsea，建议先看上一篇文章。 后来群友点拨理解了，不是对单个基因做gsea，是拿单个基因 （一般是感兴趣的基因）作为分组方式，探索与给定的单个基因相关的...
功能数据库专题-GSEA
作为一个医学僧背景的生信菜鸟，长期在大神们推荐的各种入门学习方法中摇摆不定，一会儿r最基础，一会儿python更专业，可是通过背诵内外妇儿毕业的鄙人一到自己写代码就犯怵，code跑明白了恐怕都要毕业了吧。 今天就来安利一款不跑代码也可以发sci（完全干实验）的神器——gsea :)1. 什么是gsea？? 基因集合富集分析...
GSEA分析结果详细解读
gsea分析的是一个基因集下的所有基因是否在这个排序列表的顶部或者底部富集，如果在顶部富集，我们可以说，从总体上看，该基因集是上调趋势，反之，如果在底部富集，则是下调趋势。 理解这个观点之后，在来看gsea富集分析的结果。 由于结果很多，所以给出了一个汇总的html页面。 对于富集结果，根据上调还是下调分成...
GSEA软件使用方法简介
broad institute研究所的科学家同时还提供对应的分析软件gsea，该软件是java语言开发的图形界面软件，简单易用，下载地址如下http:software.broadinstitute.orggseadownloads.jsp官网提供了多种下载方式，推荐直接下载jar文件，示意图如下? 如下所示，运行gsea分析，需要两个基本元素，第一个就是表达谱数据...
GSEA富集分析 - 界面操作
gsea定义gene set enrichment analysis(基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。 其输入数据包含两部分，一是已知功能的基因集 (可以是go注释、msigdb的注释或其它符合格式的基因集定义)，一是表达矩阵，软件会对基因根据其于表型的关联...
不用编程也可以做GSEA
gsea的原理可参考：https:cloud.tencent.comdeveloperarticle1426130下载gsea软件根据自己电脑内存大小下载适合的版本：https:www.gsea-msigdb.orggseadownloads.jsp 1. 准备输入数据 输入数据如果是rnaseq的话，需要准备基因的表达矩阵和表型数据。 格式如下面的例子所示：example datasets(http:software...
一文掌握GSEA，超详细教程
生信宝典之前总结了一篇关于gsea富集分析的推文——《gsea富集分析 - 界面操作》，介绍了gsea的定义、gsea原理、gsea分析、leading-edge分析等，是全网最流行的原理+操作兼备教程，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 （为了完整性，下面也会摘录一部分）。? gsea案例解析介绍gsea分析之前，我们先看一篇cell...
用clusterProfiler做GSEA（二）
之前写过用clusterprofiler做gsea,enrichplot中的gseaplot作图，但是图没有最新版enrichplot包的gseaplot2做的图好看。 此外，gseaplot2还可以同时显示多个功能组的富集曲线和pvalue。 library(clusterprofiler)library(enrichplot)library(reactomepa)gseaplot2(x, genesetid, title = , color = green, base_size =...
用clusterProfiler做GSEA（一）
image.pnggsea的介绍：https:www.omicsclass.comarticle230 gsea有相应的软件，其实clusterprofiler除了做go term 富集，也可以做gsea。 首先介绍gsea需要的文件： 1.gsea输入的genelist要求是数值型向量，可以是fold change，或者logfc，数值型向量的名字是基因id，数字从高到低排序,如：image.png2. 其次是需要富集...
关于GSEA的几点补充说明
欢迎关注”生信修炼手册”! 之前的文章中介绍了gsea软件的使用和结果解读，但是有几点漏掉了，在本文中补充一下。 首先是leading edge对应的3个统计量，示例如下? 在富集结果的表格中，最后一列为leading edge, 在这一栏中，包含以下3个统计量tagslistsignal 对于一个基因集而言，定义其中对enrichment score贡献最大...
GO、GSEA富集分析一网打进
gsea富集分析 - 界面操作详细讲述了gsea分析的原理、可视化操作和结果解读。 微信公众号biobabble 的主创y叔写有9个bioconductor包，其中两个dose和clusterprofiler囊括了前面提到的两种富集分析方法。 并且不只支持go、kegg数据库，还支持disease ontology、mseh enrichment analysis、reactome通路分析等...
ChAMP分析甲基化芯片数据-GSEA篇
当我们得到差异的探针或者差异的甲基化区域之后，通常都会分析这些差异区域对应的基因是否在特定功能上有富集。 在champ中，通过champ.gsea函数来实现功能富集分析。 用法示例：mynorm...
cox可以火山图为什么gsea结果不行
image-20200305232133605作者把比表达矩阵的差异分析结果(prdm1-ko and prdm1-oe rkocells.)，进行gsea分析，针对msigdb hallmark 的50个基因集。 volcano plot of gsea of the msigdb hallmark database. the fdr versus thenormalized enrichment score (nes) for each evaluated gene set is shown. blue...
MSigDB:GSEA提供的基因集数据库
gene set enrichment analysis，中文名称为基因集富集分析，是由broad institute研究所的科学家提出的一种富集方法，在提出该方法的同时还对应提供了分析的软件gsea和一个基因集数据库msigdb。 本章主要介绍这个数据库，官网如下http:software.broadinstitute.orggseamsigdbindex.jsp对于human的基因，从位置，功能...
“个性化”GSEA分析 - Do GSEA with specified gene set
在上次的gsea教程（“便携式”gsea分析 - do gsea without gsea software ）中，我们给大家演示了如何跳过官方的gsea软件，直接用r语言进行gsea分析，非常方便快捷。 在上次教程的最后，我们给大家提了一个问题：如何对某些特定的基因进行gsea富集分析？ 比如，免疫相关的基因，肿瘤相关的基因等等。 换句话说，我们...
clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析
在文章:为什么选择gsea分析？ 和kegg和go分析有什么区别？ 介绍了gsea分析中msigdb（molecular signatures database）数据库中定义了已知的基因集合：http:software.broadinstitute.orggseamsigdb本地的kegg分析参考文章：kegg数据库使用及通路分析教程,go参考文章：funrich数据库：一个主要用于基因和蛋白质的功能...
三阴性乳腺癌表达矩阵探索笔记之GSEA
今天我们先介绍gsea，如下：gsea ：gene set enrichment analysis,即基因富集，是常见的富集分析之一基本原理：先给定一个排序的基因表l和一个预先定义的基因集s，比如编码某个代谢通路的产物的基因集，基因组的物理位置相近的基因，或者同一个go注释下的基因。 gsea的目的是判断s里面的成员s在l里面是随机分布还是...
