ScanGEO：整合多个GEO研究的网页工具

之前我写了shinyGEO，今天再给大家介绍一下 ScanGEO。

照惯例，先给出文章：

ScanGEO: parallel mining of high-throughput gene expression data

背景

以往分析 GEO 的工具都只能同时分析一个研究 (study) 或一个基因，比如我之前讲过的 shinyGEO 一次只能分析一个 study。但现实情况显然没有这么简单，有时候我们还需要分析与特定基因集相关的多个研究。因此，scanGEO 应运而生。

网页版：http://scangeo.dartmouth.edu/ScanGEO/

R 语言版：https://github.com/StantonLabDartmouth/AppScanGEO

示例

这里，我物种选择人类，搜索关键词选择『lung cancer』，共搜索到26个研究。此时『Significant Genes』和『Significant Studies』是没有信息的。

点击『KEGG Pathway』，选择『Cell Cycle』，选择选择与细胞循环通路相关的信息，如下图

然后点击『Scan』，选择显著性水平，最后点击『ScanGEO』，等待数分钟

3. 查看结果

点击『Significant Genes』，可以看到 Cell Cycle 通路中的某个基因在人类肺癌相关数据集中显著的次数。

点击『Significant Studies』，如下图所示。

总结

R 语言版本的我就不写了，网页版也挺好用的，就是网速不能太慢~~

另外，你也可以直接搜索某些基因，就是点击『Custom Genes』，然后输入感兴趣的基因或基因集。