生信修炼手册

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  • 手把手教你绘制最基础的列线图

    在之前的文章中,我们介绍了列线图的含义和构建方法,本文重点介绍下绘制列线图的代码,经典的列线图如下所示

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  • 文献阅读|Nomograms列线图在肿瘤中的应用

    列线图,也叫诺莫图,在肿瘤研究的文章中随处可见,只要是涉及预后建模的文章,展示模型效果除了ROC曲线,也就是列线图了。那么列线图究竟是什么,列线图怎么得到,从图...

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    编程算法
  • 绘制cox生存分析结果的森林图

    每一行表示一个study,用errorbar展示log odds ratio值的分布,并将p值和m值标记在图中。森林图主要用于多个study的分析结果的汇总展示...

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    编程算法
  • 组间差异分析就要这样可视化!

    在之前的文章中,我们分享了多个基因差异分析的可视化,使用的是ggpubr这个R包,ggpubr在标记p值时,可以根据指定的差异分组自动添加组间的连线,非常方便,...

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    腾讯云开发者社区
  • 冲击图和桑基图,傻傻分不清楚!

    在之前的文章中,我们介绍了桑基图的可视化原理,而冲击图作为桑基图的一个子类,其展示的信息和桑基图基本一致,只不过在输入数据的格式上要略作调整。

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    编程算法
  • 多组差异分析的可视化,这样做最省心!

    下图是来自文献中的一个示例图,展示了不同亚型之间risk score值的差异分析结果

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    自动化
  • 一键获取graphpad同款主题

    graphpad是一款商业化的绘图软件,支持多种可视化形式,而且样式美观,下图就是其典型的输出

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  • 好看的桑基图是如何炼成的!

    Sankey Diagram, 也叫做桑基图,是一种展示数据流的可视化方式,一张典型的桑基图示例如下

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    httpsJavaScriptJava网络安全编程算法
  • 预后建模绕不开的lasso cox回归

    回归我们并不陌生,线性回归和最小二乘法,逻辑回归和最大似然法,这些都是我们耳熟能详的事物,在生物信息学中的应用也比较广泛, 回归中经常出现两类问题,欠拟合和过拟...

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    线性回归正则表达式Serverless
  • ConsensusClusterPlus, 一步到位的一致性聚类!

    在之前的文章中分享了一致性聚类的原理,本文介绍下如何用R语言进行分析。ConsensusClusterPlus这个R包,就是专门用于一致性聚类分析的,为了简化调...

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    编程算法
  • 巧用热图展示基因分布的总体趋势

    热图是最常见的基因表达量数据的可视化方式,将每个单元格的表达量按照数值高低映射为不同的颜色,可以直观展示表达量在不同样本间的分布,再综合聚类的结果和基因/样本的...

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    编程算法
  • 使用sva包处理批次效应

    需要注意的是,在校正批次效应之前,表达量数据必须经过归一化操作,而且去除了缺失的基因,比如在80%的样本中没有表达量的基因。

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    批量计算编程算法
  • batch effect究竟是什么?

    在数据分析中,经常会看到进行batch effect校正的分析,那么batch effect到底是什么,在我们自己的数据中存不存在batch effect,...

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    批量计算数据分析
  • 整理NAD+代谢相关基因

    来自KEGG和Reactome两个数据库,本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法

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    数据库SQLhttpsHTTP网络安全
  • 手把手教你处理illumina beadchip芯片数据

    在NAD+代谢相关的文献中,使用了两批illumina beadchip的芯片数据进行分析,本文以其中一篇数据为例,详细展示该平台的数据处理流程。

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    硬件开发https网络安全数据处理
  • cel格式的表达谱芯片数据如何读取?

    后缀为cel的芯片文件,对应的芯片平台为Affymetrix, 针对这一平台的数据,可以通过R包affy来读取,读取时我们需要以下两种文件

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    硬件开发
  • 教你分析后缀为gpr的芯片数据

    分析芯片数据,我们首先需要确定芯片平台。不同的芯片平台技术不同,既有单通道,也有双通道,而且输出文件的格式也不同。

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    硬件开发https网络安全
  • 背景校正,芯片预处理的第一步!

    对于芯片数据而言,在分析之前,需要先进行背景校正background correct。所谓背景校正,其本质上都是一个减法,将总体信号看做由探针特异性的结合信号(...

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    编程算法硬件开发
  • 原始数据不仅有GEO, 还有ArrayExpress!

    和GEO数据库类似,ArrayExpress是属于EBI旗下的公共数据库,用于存放芯片和高通量测序的相关数据,网址如下

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    硬件开发https网络安全数据库SQL
  • 公共数据库挖掘第一步-GEO数据库下载表达谱数据和生存数据

    在NAD+代谢相关基因的文章中,针对来自GEO数据库的ALS患者的表达谱数据进行了挖掘,本文就以这两批GEO数据为例,来详细展示原始数据的下载过程

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