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直播后生信入门马拉松答疑合集
数据库
sql
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试试去官网重新下载校园版 https://www.netsarang.com/en/free-for-home-school/
生信技能树
2022-12-16
594
0
单个病人的完善的多组学研究
html
php
访问管理
做完初出茅庐的临床科研小透明，也是可以细心留意遇到了病例，哪怕只有一个病人，也可以做完善的病人多组学研究。下面分享一个2022年6月发表在《Annals of Oncology》的文章：《Single cell heterogeneity and evolution of breast cancer bone metastasis and organoids reveals therapeutic targets for precision medicine》，DOI:https://doi.org/10.1016/j.annonc.2022.06.005 ：
生信技能树
2022-07-26
504
0
RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗
php
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！
生信技能树
2022-06-27
5.1K
0
使用rvest从COSMIC中获取突变表格
html
node.js
css
javascript
php
在学习如何爬取网页之前，要了解网页本身的结构。 用于构建网页的主要语言为 HTML，CSS和Javascript。HTML为网页提供了其实际结构和内容。CSS为网页提供了其样式和外观，包括字体和颜色等细节。Javascript提供了网页功能。在此，我们将主要关注如何使用R包来读取构成网页的 HTML 。
生信技能树
2022-04-14
1.9K
0
一个RNA-seq数据分析的Snakemake流程
数据分析
php
arm
shell
自动化
但是如果RNA-seq数据分析项目非常多，或者说每个项目里面的样品非常多， 这个时候我们会推荐流程化管理我们的脚本，我个人的数据分析生涯主要是shell脚本，因为并不是企业级项目管理，能跑十几个项目还是因为要去给粉丝帮忙。对企业生产实践来说，Snakemake流程化管理各个NGS数据分析流程是一个很好的选择，恰好看到了一个最新的 Snakemake workflow, 推荐给大家。
生信技能树
2021-12-17
1.2K
0
要你来讲故事而已
数据库
sql
http
php
腾讯云开发者社区
因为这个小伙伴在还在本科大四时候就跟着我们生信技能树在学习生物信息学了，还参加过几次分享，所以就多聊了聊。确实对该学生来说，落差有点大，本来以为自己学的一身本领应该是出社会了大展拳脚，结果做的都是老生常谈的面子工程课题。
生信技能树
2021-11-04
383
0
转录组上游分析错误（报错大赏）
shell
php
因为是双端测序，所以trim_galore命令需要加上--paired 的参数,其他参数可以--help搜一下~
生信技能树
2021-10-12
1.8K
0
ChIP-seq数据分析课程学习笔记之 测序数据质量控制和比对
https
网络安全
tcp/ip
数据分析
php
其中中国医科大的“小高”同学给大家带来的就是ChIP-seq数据分析实战视频课程的配套笔记，希望可以帮助大家更好的吸收消化课程内容！
生信技能树
2021-07-29
2.1K
0
lncRNA组装流程的软件介绍之trim-galore
php
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！ 下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera 和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步：首先去除低质
生信技能树
2021-07-06
1.8K
0
miRNAseq数据分析这么多年了它的流程也没有固定
数据分析
php
flink
https
那个时候举例使用的是bowtie2软件比对miRNA的reads到miRBase里面的miRNA序列文件，以及hg38参考基因组，两个策略。后来也看了看很多公司报告，发现大多集中于下游分析，就是拿到了miRNA表达矩阵后的，包括差异分析，靶基因等等。如下所示：
生信技能树
2020-05-14
2K
0
引导式答疑启发学员理解生信软件的参数选择和阈值调整（南京站学员分享）
php
回顾了课程内容，发现刚好对应原始数据的质量控制这一部分，包括测序质量统计和质量控制。打算看几遍流程和示例代码之后直接上手。不过在示例代码里发现有一个参数的值不是很明白不知道怎么修改。
生信技能树
2019-10-31
514
0
再次说明md5检查文件完整度的重要性
php
那这样就有两种可能，第一是Trim Galore 运行失败，第二是raw 数据有问题
生信技能树
2019-07-18
1.6K
0
PCA-Statistics is the new sexy!!!
数据分析
php
PCA是为了更好地展示多维数据，通过线性转化，展示保留最多信息的主成分；将样本尽可能地分散地展示在坐标轴中达到可视化的目的；
生信技能树
2019-05-24
786
0
TCGA年度（共4年）研讨会资料分享
php
r 语言
http
数据挖掘
数据库
TCGA年度（共4年）研讨会PPT官网是： http://www.genome.gov/17516564
生信技能树
2019-05-15
648
0
Docker应用之一键化安装Wordpress(无需代码基础)
容器镜像服务
wordpress
php
云数据库 SQL Server
数据库
WordPress是使用PHP语言开发的博客平台，用户可以在支持PHP和MySQL数据库的服务器上架设属于自己的网站。
生信技能树
2018-11-08
1.7K
0
肿瘤类器官研究发展大事件
php
2009年，荷兰Hubrecht研究所的Hans Clevers博士证实 肠干细胞 能够形成类器官，开启了 类器官研究的时代。 Nature Methods 如此评价 类器官（Organoids）技术
生信技能树
2018-03-29
1.6K
0
可能是最全的JBrowse基因浏览器介绍
php
日常工作的窘境 谈基因浏览器的必要性，不需要扯“各种基因组序列以及高通量测序数据爆炸性增长，满足基因组可视化、大规模基因组数据分析和应用需要”这些有的没的，只需要从日常实际需求出发就可以。 在日常数据处理和分析工作中，根据分析项目的不同我们会面对各种各样的文件，比如mapping得到的SAM或者BAM文件，在此基础上转化而来的记录各种（定量）信息的bedgraph文件、Wig文件或者tdf文件，亦或记录variant信息的VCF文件。以至于有一种比较调侃的说法，所谓生物信息就是整天和各种格式的文件打交道，转
生信技能树
2018-03-08
7.6K
2
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穿越半个世纪，探寻中国数据库50年的发展历程
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