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生信技能树——TCGA癌症数据1
nat
NAT 网关
因为是癌症方面，自己不研究这一方面，所以不常用，但是GEO的转录组数据，是根据这个文件改写的
生信技能树
2022-06-08
849
0
把Seurat对象里面表达量矩阵和细胞表型信息输出给CellPhoneDB做细胞通讯
nat
txt
如果你查看它示例数据里面的表达矩阵文件test_counts.txt 可以看到 ensemble数据库的ID，所以推测CellPhoneDB works only with human ensembl ids，假如你的表达矩阵去其它物种，或者其它ID形式先需要转换一下哈，可以使用同源基因列表对应关系进行转换。
生信技能树
2022-03-03
2.8K
1
两个不同单细胞亚群差异分析，合并一定要做火山图
nat
difference
expression
fold
percentage
这个是单细胞自身特性导致，它两个分组的细胞数量太多，大概率会导致p值过于显著，无限接近于0。我们以 SeuratData包里面的 pbmc3k 数据集举例说明：
生信技能树
2021-12-27
1.4K
0
胡萝卜的长非编码RNA的鉴定
nat
NAT 网关
数据分析
12个样本：2个基因型（紫色和橙色胡萝卜）X 2个组织（木质部和韧皮部）X 3个生物学重复。
生信技能树
2021-07-06
478
0
同样的单细胞研究，为什么发表的文章杂志等级差别那么大
express
linux
nat
NAT 网关
让我想起来了另外一个COVID-19病毒感染病人的单细胞研究，发表在Cell Discov. 2020 May ,标题是：Immune Cell Profiling of COVID-19 Patients in the Recovery Stage by Single-Cell Sequencing，差不多是同一时间发表的哦！
生信技能树
2020-06-28
673
0
多位点取样外显子测序看食管癌的肿瘤内部突变异质性（逆向收费读文献2020-15）
对象存储
nat
NAT 网关
本研究发表于 Nat Commun. 2019 Apr ，题目是：Multi-region sequencing unveils novel actionable targets and spatial heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma. 纳入 39个ESCC病人，然后取肿瘤样品 185个，146个原位癌症样品和21个淋巴结转移样品。不仅仅是肿瘤外显子测序，还有一些TCR测序。
生信技能树
2019-07-05
787
0
TCGA体细胞突变系列教程--胃癌
nat
http
html
go
有这个想法很久了，我教了很多人如何批量下载TCGA数据，以及分析各个癌症的somatic突变信息以及TMB，还有突变的特征频谱。
生信技能树
2018-12-07
9.6K
0
ATAC-seq实操
access
nat
http
go
数据库
本实操完全学习了：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频) 的代码及流程，首先致谢！
生信技能树
2018-11-05
6.7K
2
给学徒的GEO作业
http
git
ide
nat
看懂文章：https://www.jci.org/articles/view/96060/figure/1 看其C子图里面的TRAF4基因在4个数据集的表达量，画出更漂亮的boxplot。
生信技能树
2018-09-21
1.4K
0
给学徒的ATAC-seq数据实战
access
nat
http
go
数据库
本次给学徒讲解的文章是 :The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos. Nature 2016
生信技能树
2018-09-21
5.9K
0
人工能否创造生命？Nature的这篇文章给你答案
nat
一直以来，自然与生命都是人类不断探索与学习的重要领域，人们敬畏生命同时又渴望探知其中的奥秘，即2010年美国一所科研机构宣布世界首例人造生命成功后，对于“人造生命”的探索就再也没有停止过，但又似乎再无重大突破。
生信技能树
2018-08-16
369
0
单细胞转录组3大R包之monocle2
express
人工智能
nat
主要是针对单细胞转录组测序数据开发的，用来找不同细胞类型或者不同细胞状态的差异表达基因。分析起始是表达矩阵，作者推荐用比较老旧的Tophat+Cufflinks流程，或者RSEM, eXpress,Sailfish,等等。需要的是基于转录本的表达矩阵，我一般用subjunc+featureCounts 来获取表达矩阵。 2014年版本 由Cole Trapnell 于2014年在Nature Biotechnology 杂志发表，是一个略微复杂的R包，并给出了一个测试数据 ，下载地址是： Source co
生信技能树
2018-03-09
20.6K
2
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