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生信小驿站

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Dash学习记录1
Dash是用于构建Web分析应用程序的高效Python框架。Dash是写在Flask,Plotly.js和React.js之上,是使用纯Python的高度自定义用户界面构建数据可视化应用程序的理想选择。它特别适合使用Python处理数据的任何人。通过几个简单的模式,Dash提取了构建基于Web的交互式应用程序所需的所有技术和协议。 Dash非常简单,仅仅需要一个下午写Python代码就可以完成。
用户1359560
2021-03-04
2.9K1
Rdkit根据分子性质(描述符)筛选小分子
(1)如何使用Conda安装RDKit 使用安装的RDKit创建新的conda环境需要一个类似于以下命令 $ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit 最后,必须激活新环境,以便相应的python解释器在同一shell中可用 $ conda activate my-rdkit-env windows代码略有不同 C:\> activate my-rdkit-env
用户1359560
2021-03-03
9330
网络药理学学习记录3
电脑-属性-高级系统设置-环境变量-path双击-新建python路径-重启电脑-cmd(win+R)下输入python检测安装是否成功(环境变量设置OK但运行不成功时,管理员权限运行一下cmd.exe)
用户1359560
2020-10-28
6510
安装免费版pymol
Pymol是一个开源项目,现在由Schrödinger开发、支持和管理,现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版,还有开源版。除了开源版和教学版外,其他都是需要付费购买的。目前从网络上下载的Edu版的pymol有很多功能限制,对于要发表文章需要图片渲染等高级功能的用户来说极为不便。本文就讲解下免费开源版PyMOL的安装教程,适用于window系统32位和64位系统,PyMOL 有2.1,2.3和2.4等版本。Window系统的pymol运行需要依赖python环境,PMW模块。 什么是pymol:
用户1359560
2020-06-28
7.4K0
rio极简数据导入教程
现在rio包支持读取multi object的文件例如(Excel workbook, .Rdata file, zip directory, or HTML file)
用户1359560
2020-04-22
1.8K0
多芯片分析(如何将多个测序、芯片数据集合并为一个数据集)(2)
这个笔记与https://www.jianshu.com/p/9f821128a93b类似,只是这个是python代码。
用户1359560
2020-02-24
2.3K0
一文解决基因表达数据的聚类转换
问题是我想把它们转化为每一个基因的表达量为分类数据,例如说A基因在所有样本的表达范围是1—100,通过聚类分析,我们发现大多数样本在A基因的表达上为30左右,因为我们可以根据Kmeans方法将基因表达矩阵转化为30和非30两类标签。
用户1359560
2019-12-02
6060
一文解决韦恩图(零代码版本、R语言、python版本)
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
用户1359560
2019-07-28
1.3K0
Python数据处理从零开始----第四章(可视化)(15)制作签名
通过简单的代码我们就可以达到下面的效果,成功的将拍摄的签名转化为电子版本的手写签名。
用户1359560
2019-06-22
4890
Python从零开始第三章数据处理与分析python.query()函数
=============================================== 本文主要介绍使用python.query()函数对数据框进行(挑选行)的操作
用户1359560
2019-04-01
6.3K1
两行python代码识别图片上文字
Tesseract 是一款由HP实验室开发由Google维护的开源OCR(Optical Character Recognition , 光学字符识别)引擎。与Microsoft Office Document Imaging(MODI)相比,我们可以不断的训练的库,使图像转换文本的能力不断增强;如果团队深度需要,还可以以它为模板,开发出符合自身需求的OCR引擎。 GitHub 地址:https://github.com/tesseract-... 安装包官方下载地址:https://digi.bib.uni-mannheim... 安装包百度云盘下载地址:https://pan.baidu.com/s/1AOsJ...
用户1359560
2019-03-15
1.7K0
Anaconda介绍与Ubuntu/windows安装Anaconda
大多数 Python 的初学者们都曾为配置环境问题或者选择便利的编辑器等问题头疼,所以这里推荐使用 Anaconda 来管理你的安装环境和各种工具包。
用户1359560
2019-03-06
2.4K0
社交网络分析(Social Network Analysis in Python)①
首先让我们从社交网络的含义开始。 下面你会看到一个宝莱坞演员网络作为节点。 如果他们在至少一部电影中合作,他们就会用实线连接。所以,我们可以看到Amitabh Bachchan和Abhishek Bachchan都与网络中的所有演员合作,而Akshay Kumar只与两个Bachchans合作。 这也是一个社交网络。 任何具有个人之间联系的网络,其中连接捕获它们之间的关系是社交网络。 分析这些网络可以让我们深入了解网络中的人,比如谁是真正的影响者,谁是最相关的,等等。
用户1359560
2019-02-22
3.1K0
Python从零开始第五章生物信息学④kegg查询续
通过这里可以输出kegg的通路信息,包括通路里面的基因,基因间的联系方式,以及链接等等。
用户1359560
2019-02-22
6990
Python数据处理从零开始----第二章(pandas)⑦pandas读写csv文件(1)
在第一部分中,我们将通过示例介绍如何读取CSV文件,如何从CSV读取特定列,如何读取多个CSV文件以及将它们组合到一个数据帧,以及最后如何转换数据 根据特定的数据类型(例如,使用Pandas read_csv dtypes)。
用户1359560
2019-02-22
3.6K0
Python数据处理从零开始----第二章(pandas)⑨pandas读写csv文件(4)
如果我们有许多数据帧,并且我们想将它们全部导出到同一个csv文件中。 这是为了创建两个新的列,命名为group和row num。重要的部分是group,它将标识不同的数据帧。在代码示例的最后一行中,我们使用pandas将数据帧写入csv。
用户1359560
2019-02-22
4.2K0
Python数据处理从零开始----第二章(pandas)⑧pandas读写csv文件(3)
如果我们有来自许多来源的数据,如果要同时分析来自不同CSV文件的数据,我们可能希望将它们全部加载到一个数据帧中。在接下来的示例中,我们将使用Pandas read_csv来读取多个文件。
用户1359560
2019-02-22
1K0
Python从零开始第三章数据处理与分析①python中的dplyr(1)
我经常使用R的dplyr软件包进行探索性数据分析和数据处理。 dplyr除了提供一组可用于解决最常见数据操作问题的一致函数外,dplyr还允许用户使用管道函数编写优雅的可链接的数据操作代码。
用户1359560
2019-01-03
1.5K0
Python从零开始第三章数据处理与分析①python中的dplyr(2)目录
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用户1359560
2019-01-03
5260
Python从零开始第三章数据处理与分析python中的dplyr(3)目录
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用户1359560
2019-01-03
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