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使用plink软件利用Fisher精确检验关联基因型和表型（GWAS）
数据分析
公众号
论文
软件
数据
最近看论文 Genetic subdivision and candidate genes under selection in North American grey wolves，论文里用33个狼的皮毛颜色作为表型去和基因型进行关联分析
用户7010445
2024-07-02
147
1
跟着NC学数据分析:R语言用分子距离/环境距离/地理距离做mantel检验
公众号
函数
论文
数据
数据分析
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34206-8
用户7010445
2024-07-02
139
0
R语言做生态位分化分析（4）结果保存到本地自己作图
公众号
函数
数据
数据分析
数据可视化
这个生态位分化分析整个的运行过程时间还是挺长的，所以想写个脚本直接在服务器上提交一个任务，最开始是想直接用save函数把运行结果保存下来。但是这个结果非常大，保存到本地以后有60多个G（暂时还没太搞懂这个数据里都有什么）。最后能用到的结果是
用户7010445
2024-07-02
104
0
实用软件Upscayl：增加证件照的清晰度
数据可视化
公众号
软件
学习笔记
数据分析
今天给同学发了一个证件照，忘记了这个证件照是哪里来的了清晰度不太够，查了一下有没有软件能够直接增加证件照的清晰度
用户7010445
2024-07-02
94
0
如何随机选择vcf文件中的变异位点
数据分析
公众号
函数
脚本
论文
现在做群体基因组的论文大部分会公开自己论文分析中的变异检测结果，通常是vcf文件，我们自己可以把vcf文件下载下来试着复现论文中的内容，有时候vcf文件过大，每一步处理起来都会花费比较长的时间。有时候就想把这个vcf文件缩小，随机选择一部分。
用户7010445
2024-05-28
154
0
跟着Nature学数据分析:plink计算SNP和SV之间的连锁不平衡R方值
数据分析
list
脚本
论文
数据
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9
用户7010445
2024-05-27
314
0
R语言利用vcf文件计算等位基因频率和连锁不平衡（LD）R方
数据分析
ld
公众号
函数
数据
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-022-08418-7
用户7010445
2024-05-27
193
0
跟着Nature学数据分析：minimap2+DeepVariant流程利用hifi数据检测snp和indel
论文
软件
数据
数据分析
output
https://github.com/YaoZhou89/TGG/tree/main/4.Graph_pangenome/1.construction_graph_genome
用户7010445
2024-05-18
314
0
有趣的数据可视化:R语言ggplot2包画云雨图展示不同地质时代恐龙的体长
median
数据
数据分析
数据可视化
ggplot2
https://www.kaggle.com/datasets/kjanjua/jurassic-park-the-exhaustive-dinosaur-dataset?resource=download
用户7010445
2024-04-22
151
0
R语言ggplot2折线图/散点图/作图添加水印
数据分析
ggplot2
公众号
函数
数据
在小红书看到有的人直接截我公众号的图发，所以想看看能不能在图上添加水印，我搜索了一下看有没有现成的R包可以直接做这个事情。找到了一个R包 tracee
用户7010445
2024-04-15
157
0
跟着Plos Genetics学数据分析：LTRpred流程注释完整的LTR（1）安装篇
脚本
镜像
论文
数据
数据分析
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008370
用户7010445
2024-03-01
180
0
跟着Plos Genetics学数据分析：LTRpred流程注释完整的LTR（2）运行示例数据
数据分析
file
函数
论文
数据
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008370
用户7010445
2024-02-23
91
0
跟着PNAS学数据分析：泛基因组（pan-genome）分析核心基因组可变基因组大小
数据分析
assembly
core
论文
数据
https://github.com/AnimalGenomicsETH/bovine-graphs/tree/main
用户7010445
2023-12-19
2.5K
1
跟着NatureEcology&Evolution学作图：R语言smplot2画云雨图
数据分析
text
公众号
论文
数据
https://www.nature.com/articles/s41559-023-02253-z
用户7010445
2023-12-11
392
0
泛基因组分析计算核心可变基因家族的kaks
数据分析
数据可视化
公众号
入门
软件
泛基因组分析中通常会使用orthofinder去分析基因家族，将这些基因家族分为核心和可变、私有等，然后会算不同类别的基因家族的Ka/Ks的值，主要说明的问题就是核心基因家族相对比较保守
用户7010445
2023-12-11
685
0
跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2箱线图展示不同类别基因家族核苷酸多样性
数据分析
ggplot2
公众号
论文
数据
https://doi.org/10.1038/s41588-023-01571-z
用户7010445
2023-12-05
426
0
跟着Nature Ecology&Evolution学作图：R语言ggplot2世界地图/柱形图/组合图
数据分析
element
ggplot2
论文
数据
https://www.nature.com/articles/s41559-023-02235-1
用户7010445
2023-11-30
834
0
跟着Molecular Ecology学数据分析：R语言lfmm包做环境数据和变异数据的关联分析
数据分析
公众号
论文
模型
数据
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/mec.16788
用户7010445
2023-11-27
558
0
跟着Nature Communications学数据分析：R语言LEA包做变异位点和环境数据的关联分析
数据分析
average
project
论文
数据
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34206-8
用户7010445
2023-11-20
351
0
R语言ggplot2簇状柱形图和堆积柱形图组合到一起的效果
数据分析
ggplot2
笔记
公众号
数据
在一个交流群看到有人问这个图怎么实现，今天的推文我们来介绍一下如何用R预言的ggplot2实现上面这个图。
用户7010445
2023-11-16
561
0
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