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单细胞亚群合并与提取（2021公开课配套笔记）

一般来讲，不同亚群的细胞具有不同的功能，因此亚群分析对于研究十分重要，会影响后续分析结果。

生信技能树 2021-07-062021-07-06 14:53:38

r 语言

分子对接简明教程（一）

分子对接(Molecular Docking)理论所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和...

生信宝典 2018-02-052018-02-05 09:48:13

数据库、大数据

GDCRNATools内置的gdc-client不好用

今天听完生信技能树的TCGA课程后，尝试完成课程作业，通过GDCRNATools下载TCGA数据的时候出现了以下的报错：

生信技能树 2020-08-172020-08-17 10:04:16

https、存储、网络安全、go

绘图代码|10种绘制热图方法，你想要的全都有！

热图是生信分析中最常见的可视化数据的方法，它具有丰富的色彩变化，并且能生动饱满的进行信息表达。比如可视化基因表达、显著性P值等数据。R 在可视化方面也提供了一系...

科研菌 2020-08-242020-08-24 10:37:20

ggplot2、heatmap、lattice、可视化

R 语言绘制热图的 10 种方法

说在前面此前我们已经推送了不少深入解读的文章，今天希望做一点新的尝试——介绍 R 语言绘图。这一期分享 R 语言绘制热图的案例，希望大家通过案例感受 R 语言...

企鹅号小编 2018-03-022018-03-02 10:33:05

r 语言

R︱foreach+doParallel并行+联用迭代器优化内存+并行机器学习算法

接着之前写的并行算法parallel包，parallel相比foreach来说，相当于是foreach的进阶版，好多东西封装了。而foreach包更...

悟乙己 2019-05-272019-05-27 19:15:04

javascript、java、编程算法

R语言批量处理Pubmed数据库文献信息

PubMed数据库作为最流行的文献检索数据库。本身提供了很多供用户使用的检索功能，关键词筛选机制。今天给大家介绍一个在R中进行PubMed数据库挖掘的工具包RI...

一粒沙 2021-04-192021-04-19 12:51:25

数据库、sql

效应量的计算——Cohen's d statistic

上文ISME-人类微生物多样性与疾病的关系中提到了，采用Cohen's d statistic对效应量进行了检验。本文对此进行解释。

Listenlii-生物信息知识分享 2020-05-292020-05-29 11:16:18

https、网络安全、编程算法

单细胞转录组之Seurat包全流程-数据过滤、降维分群及可视化

对于之前从CellRanger得到的比对结果，读取sample/outs/filtered_feature_bc_matrix文件夹下的三个文件：barcode...

青青青山 2022-06-172022-06-17 07:46:45

r 语言

Seurat包的findmarkers函数只能根据划分好的亚群进行差异分析吗

虽然是免费的，但是学员关于课程的提问，我还是会尽我所能帮忙的。当然，受限于时间和精力，只能是挑选重点和普适性的有价值的问题，比如其中一个问题是：

生信技能树jimmy 2020-04-282020-04-28 10:54:37

geo、table、txt

看优秀本科生如何一周内学会Linux进而搞定RNA-seq上游分析

我是武汉大学基础医学专业第一届的学生，2016年9月刚进大学的时候就选了导师进入实验室接受科研训练。虽然我们实验室不是专门做生物信息学的，但第一次和导师正式交流...

生信技能树 2020-04-142020-04-14 12:46:57

bash、bash 指令

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TA 很懒，什么都没有留下╮（╯＿╰）╭

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