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非模式生物构建10x单细胞转录组CellRanger参考文件
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10X单细胞上游定量标准流程运行Cellranger定量需要对应的参考基因组文件以及其配套的基因组注释信息文件，如果是人类和小鼠，官网即可下载构建好的文件压缩包，详见：https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/downloads#reference-downloads
生信技能树
2024-04-19
92
0
find加上exec的参数来批量修改文件名字
数据
搜索
存储
exec
服务器
目前10x的单细胞转录组技术给出来的表达量矩阵，主要是Market Exchange Format (MEX)格式，每个样品都会有一个filtered_feature_bc_matrix文件夹，里面会有3个文件，如下所示：
生信技能树
2024-04-13
117
0
单细胞基本分析流程概述
存储
对象
可视化
数据
压缩
上次直播Seurat对象内部结构解析,给大家分享一下step1—— 单细胞数据不同格式，数据读取方法创建Seurat对象，以及seurat对象内容结构简介。
生信技能树
2024-01-11
564
0
轻轻松松在R里面拿捏这130万单细胞的数据集
存储
对象
函数
可视化
数据
因为这个Seurat的V5版本还是有一些优势的，比如可以轻轻松松拿捏这130万单细胞的数据集，需要参考Seurat官网的3个资料：
生信技能树
2024-01-05
373
0
10x的空间单细胞文件格式详解
存储
matrix
报表
编程语言
数据
值得注意的是10x的空间单细胞使用的是Space Ranger，软件下载以及数据库文件压缩包下载：
生信技能树
2024-01-04
271
0
scanpy和Seurat单细胞分析对比
存储
对象
函数
可视化
数据
尝试把曾老师的单细胞seurat分析的代码转换成scanpy版本的，包括样品读取，质控，harmony去除批次效应，降维聚类，marker鉴定。
生信技能树
2023-11-16
884
0
Seurat空间转录组分析（一）数据读入
存储
对象
函数
数据
数据类型
关于空间转录组分析的学习，我推荐先学习单细胞转录组分析，熟练掌握单细胞的数据读入，常规分析，整合去批次，以及部分高级分析（例如拟时序、转录因子和细胞通讯分析），在这个基础上，理解和学习单细胞空间转录组就非常快了，Seurat官方文档（https://satijalab.org/seurat/articles/spatial_vignette.html）就是一个很好的入门教程。
生信技能树
2023-11-07
554
0
学术海报发表在Zenodo就可以被正规引用啦
存储
测试
数据
数据存储
图表
总的来说，Zenodo 提供了一个全面的平台，使研究人员能够方便地存储、共享和引用各种类型的学术成果，从而促进开放科学研究和合作。
生信技能树
2023-09-04
820
0
R语言基础函数没有排序后取前面几个的功能函数top
存储
数据处理
函数
基础
排序
以上只是R语言中一些简单的基础函数例子，R语言提供了丰富的函数和包，涵盖了数据处理、统计分析、图形绘制等各个方面。这些简单的函数是R语言中的基础，对于数据处理和分析非常重要，可以方便地完成许多常见的任务。
生信技能树
2023-09-04
211
0
春节期间单细胞转录组数据分析全免费
数据库
sql
数据分析
存储
数据处理
因为我自己能力限制，单细胞多组学，单细胞表观，单细胞免疫组库，空间单细胞这些比较新颖的技术在2023年8月份之前我是不可能去整理它们数据分析流程，所以如果不是普通的单细胞转录组数据，请绕行哈， 放过我吧。
生信技能树
2023-02-27
406
0
2款最适合单细胞数据分析的服务器配置
数据处理
存储
目前，绝大部分小伙伴手上的单细胞转录组数据仍然是一个样品3万人民币左右的时候产出的，而单个项目通常是好几个甚至十几个或者几十个10x样品，取决于财力。
生信技能树
2022-07-26
3.8K
0
一个10x单细胞样品费用拿下你的专属64线程200G内存服务器
数据处理
存储
目前，绝大部分小伙伴手上的单细胞转录组数据仍然是一个样品3万人民币左右，而单个项目通常是好几个甚至十几个或者几十个10x样品，取决于财力。如果你有这样的单细胞转录组项目那么数据处理不太可能就直接使用公司简单的降维聚类分群了，需要一些高级分析，比如拟时序，转录因子分析，细胞通讯， 它们大多对计算资源的消耗比较可观，并不是大家的个人笔记本电脑可以hold住的。我们根据过往的两百多个单细胞数据处理项目经验归纳总结出来了一个最适合单细胞转录组数据分析的服务器配置，而且进需要一个一个10x单细胞样品费用拿下你的专属64线程200G内存服务器。
生信技能树
2022-03-03
1.2K
0
使用 CellTypist 进行免疫细胞类型分类
存储
该笔记通过从内置 CellTypist 模型或用户训练的自定义模型中检索最可能的细胞类型标签来展示 scRNA-seq 查询数据的细胞类型分类。
生信技能树
2021-12-29
5.9K
0
Seurat新版教程：分析空间转录组数据（上）
https
网络安全
css
存储
随着转录组技术的发展，空间转录组已经正式走向商业化时代，作为单细胞数据分析的工具箱的Seurat与时俱进，也相应地开发了空间转录组分析的一套函数，让我们跟随卑微小王看看Seurat官网教程吧。
生信技能树
2021-10-21
4.2K
0
cytof数据资源介绍（文末有交流群）
http
存储
数据库
数据处理
sql
比如发表在nature medicine杂志的文章《Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial target in glioblastoma》：
生信技能树
2020-11-19
1.3K
0
GDCRNATools内置的gdc-client不好用
https
存储
网络安全
go
今天听完生信技能树的TCGA课程后，尝试完成课程作业，通过GDCRNATools下载TCGA数据的时候出现了以下的报错：
生信技能树
2020-08-17
1.1K
0
肿瘤突变数据可视化神器-maftools
数据可视化
存储
r 语言
全部流程在R里面运行，maftools提供了直接读取maf文件的接口，而且存储为S4对象，非常方便进行一系列可视化操作。
生信技能树
2018-07-27
1.8K
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