生信小驿站

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用户1359560

R语言网状Meta 分析-原理和实战

近年来基于严格设计的随机对照试验(RCT)已经被公认为评价干预措施疗效的最佳手段,这种比较所采用的针对两组研究结果比较的定量综合方法,被称为传统的 Meta 分...

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一文解决基本科研绘图需求(可视化神器ggstatsplot)(1)(概述)

ggstatsplot是ggplot2包的扩展,主要用于创建美观的图片同时自动输出统计学分析结果,其统计学分析结果包含统计分析的详细信息,该包对于经常需要做统计...

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Python数据处理从零开始----第四章(可视化)(15)制作签名

通过简单的代码我们就可以达到下面的效果,成功的将拍摄的签名转化为电子版本的手写签名。

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R语言绘制绘制ROC和PR曲线(总结)

(1)总结常用的绘制ROC和PR曲线的R包 (2)生存预测模型的时间依赖性ROC曲线

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R语言之可视化(25)绘制相关图(ggcorr包)

相关矩阵显示相对大量连续变量之间的相关系数。 然而,虽然R提供了一种通过cor函数创建这种矩阵的简单方法,但它没有为该函数创建的矩阵提供绘图方法。ggcorr函...

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一文解决RNA测序资料的差异

本文目标: (1)使用edger包做TCGA数据库RNA-seq数据差异分析 (2)使用deseq包做TCGA数据库RNA-seq数据差异分析 (3)使用...

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一文解决大量基因的生存分析并作图

这两篇纯生信文章都是对单个基因或者所有单个marker做生存分析,目的是找到其中能够影响患者生存的marker或者基因(包括miRNA,lncRNA,mRNA等...

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R语言新神器visdat包(一行代码看穿整个数据集)

通过经典的airquality数据集(其中包含有关1973年5月至9月纽约每日空气质量测量的信息)展示vis_dat()的功能。

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单基因生信分析流程(4)单基因的下游通路GO、KEGG或者GSEA

由于clusterProfiler富集分析推荐的输入文件是Entrez ID,因此这里提取的是Entrez ID,接下来就可以进行富集分析了:

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R语言与正则表达式

R语言在提取字符串上有着强大的能力,其中字符串可以看做为文本信息。今天需要跟大家介绍一款更为通用、更加底层的文本信息提取工具——正则表达式。

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R语言之可视化(24)生成带P值得箱线图

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(免费课程转载)3小时课程带你重复一篇3分生信SCI(中)

大家好,欢迎再次来到MedGo干货课堂,在上期3小时课程带你重复一篇3分生信SCI(上)中,我们着重为大家讲解了GEO芯片的meta分析。很多同学和老师课后向我...

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单基因生信分析流程(2)一文解决差异分析、基因相关分析问题

(1)读取基因表达矩阵 (2)根据基因表达量设置样本分组 (3)设置差异倍数、生成差异分析结果 (4)绘制火山图和热图

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单基因生信分析流程(3)一文解决生存分析和临床参数相关分析

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单基因生信分析流程(1)一文解决TCGA数据下载整理问题

在平常科研工作中,经常有师兄师姐师弟师妹问我:我现在有一个单基因,我该怎么开展生信研究?出现这个问题的原因是:(1)目前生信研究火热也逐渐受到认可(2)许多医学...

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TCGA数据库介绍以及下载方式小结

美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划,试图通过应用基因组分析技术,特别是采用大规模的基因组测序,将人类全部癌...

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R语言meta分析(3)亚组分析

原始研究中常常采用亚组分析的形式探索入组患者潜在的差异。事实上,亚组分析也广泛应用于meta分析中,是meta分析中处理异质性的常用方法之一。亚组分析通常从临床...

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R语言之生信(12)一分钟学会绘制cox/meta森林图

这一类三线表的数据来源和如何绘制,在我前期的视频中已经做过了。有兴趣的可有看一下R语言与生信系列①R入门与临床三线表绘制。但是我们有时需要绘制稍微高级一点...

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用户1359560

一篇多芯片生信分析(meta)

以往的研究表明,miR-144-3p可能是非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在生物标志物。然而,miR-144-3p对NSCLC起源,分化和凋亡的影响以及miR-1...

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用户1359560

R语言之生信(11)五分钟学会用R语言构建ceRNA网络

microRNA作为一种重要的调控因子,是长短约22nt的短链RNA,能够通过抑制目的基因的翻译或降解目的基因,从而反向调节目的基因的表达。而实际调控过程中不仅...

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