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#overlap

R语言包regioneR可以用来统计检验两个基因组特征是否相关

用户7010445

The R-package regioneR v1.8 (Gel et al., 2016; R Core Team, 2016) was used to te...

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R高级|cowplot包拼图(3):overlap

Chris生命科学小站

1、利用NULL,调节两张图片的位置,让两张图片靠近,距离为-1

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R语言cowplot包拼图系列教程~文末彩蛋

Chris生命科学小站

前面所讲的图形都是简单图形的拼接,所谓简单,指得是两幅图的布局相同,但是如果两幅图的布局不同,那么利用align来拼图就不行了,这个时候需要使用axis参数,来...

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🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法!~(网状分析-第五步-高级可视化)

生信漫卷

1写在前面 前面我们用WGCNA分析完成了一系列的分析,聚类分割模块。🥰 随后进一步筛选,找到与我们感兴趣的表型或者临床特征相关的模块,而且进行了模块内部分析。...

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二代测序宏基因组拼接

生信喵实验柴

基因组拼接一直是整个基因组数据分析中最重要和最核心的工作,因为基因组包含了一个物种全部的遗传信息。得到的基因组越完整,包含的基因组信息也越多,对于...

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pacbio及nanopore基因组拼接

生信喵实验柴

Pacbio 测序数据与 nanopore 测序数据均为长读长测序,且二者数据质量类似,因此很多软件同时支持 pacbio 与 nanopore 数...

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二代测序基因组拼接实战

生信喵实验柴

该文章中对 20 个细菌基因组进行测序,每个样本分别进行了 illumina,pacbio 以及 nanopore测序。比较三种数据的拼接结果。其中...

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vissE--提供不同的基因集富集分析方法!

作图丫

通常,基因集富集分析的结果(例如使用 limma::fry、singscore 或 GSEA)由一长串基因集组成。然后生物学家必须搜索这些列表,以确定新出现的主...

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基因注释

零式的天空

记录下自己对RNA-seq基因注释的学习,并对Drop-seq软件包中的注释模块进行代码研读

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绘制韦恩图及计算P值

用户1359560

这里的a为A数据集的基因数,b为B数据集的基因数,inter为两者交集的基因数。 计算韦恩图P值的代码为

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镶嵌自动配准

陈南GISer

在 Toolbox 中,打开 Mosaicking /Seamless Mosaic,启动图像无缝镶嵌工具 Seamless Mosaic,镶嵌的主要流程如下:

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Microbiome:基于Hill数的不相似指数和零模型分析群落构建

Listenlii-生物信息知识分享

https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00909-7

1.6K40

病原微生物扩增子数据分析实战(二):fastp软件进行质量控制

简说基因

当前主流测序平台的数据存储格式无外乎两种,FASTQ(Illumina, MGI),BAM(Life Ion Torrent,PacBio),对于 BAM 文件...

2.5K40

R语言里面双层list变成长形数据框

生信技能树

韦恩图固然是一种展现方式,可以看到3个样品各自的上下调基因的overlap情况,基本上呢,随机生成的数值它们的overlap不咋地!

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python pyecharts 实现一个文件绘制多张图

砸漏

以上这篇python pyecharts 实现一个文件绘制多张图就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考。

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《爱情公寓》电影版,十年一瞬间(下)

小F

首先附上图表神器pyecharts的技术文档的网址:http://pyecharts.org/#/zh-cn/charts

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(1)TBtools | 序列工具之序列信息提取

生信real

①reads:就是我们测序产生的短读序列,通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间,二代的相对较短,平均是几十到几百bp。

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干货|且看Pyecharts如何制作多个子图

用户6888863

在介绍了Pyecharts的普通绘图和对地图的绘制之后,今天小编将对Pyecharts绘制多个子图的能力进行简单的展示,并且将其应用在具体的案例之上来进行演示,...

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MicroNiche: 生态位概念及计算

Listenlii-生物信息知识分享

Journal: FEMS Microbiology Ecology Published: 26 June 2020 Link: https://academi...

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mbio: 随机采样过程会高估微生物群落的beta多样性

Listenlii-生物信息知识分享

β多样性,即两地点之间物种组成的差异,对于理解物种多样性的时空格局以及控制群落组成和结构的机制至关重要。

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