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生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS
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如何使用plink进行二分类性状的GWAS分析并计算PRS得分
编程算法
数据分析
这篇博客，用之前GWAS教程中的示例数据（快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程），把数据分为Base数据和Target数据，通过plink运行二分类的logistic模型进行GWAS分析，然后通过PRSice-2软件，进行PRS分析。最终，选出最优SNP组合，并计算Target的PRS得分，主要结果如下：
邓飞
2022-12-13
2.6K
0
如何对数据进行汇总统计？
编程算法
r 语言
对于汇总统计，一般是统计最大值、最小值、平均值、方差、标准差和变异系数，有时候还会根据地点、品种、年份进行分组汇总。
邓飞
2022-12-13
592
0
一文搞定GCTA软件的学习
数据分析
编程算法
前面的几节中，我们介绍了GCTA计算G矩阵，和单性状遗传力的计算，它本质上就是GBLUP的估计，但是速度快很多。本节我们介绍，两性状遗传力和遗传相关的计算。
邓飞
2022-12-13
950
0
GWAS分析中协变量的区分（性别？PCA？不同品种？）
编程算法
数据分析
plink进行GWAS分析时，协变量都要是数字协变量，因子协变量需要转化为dummy变量（哑变量）然后与数字协变量合并，通过--covar进行合并。
邓飞
2022-12-13
1.7K
0
统计遗传学：第六章，基因与环境互作
编程算法
大家好，我是邓飞，今天继续介绍《统计遗传学》这本书，第一部分基础，分为六个章节，分别是：
邓飞
2022-12-12
482
0
GCTA如何计算GWAS中SNP的遗传力
编程算法
里面的遗传力分为：family遗传力，SNP遗传力和GWAS遗传力，他们的关系如下：
邓飞
2022-12-12
1.3K
0
统计遗传学：第二章，统计分析概念
编程算法
数据分析
前几天推荐了这本书，可以领取pdf和配套数据代码。这里，我将各个章节介绍一下，总结也是学习的过程。
邓飞
2022-07-27
647
0
统计学习心法：万物皆可回归，有时可以分类
编程算法
监督学习
数据分析
机器学习
神经网络
体会到这个道理，就像听到了绝美的音乐，来自脑海中的天籁之音，恍然大悟之感。最近学习机器学习，对学习数据分析有一些体会，写出来分享一下。
邓飞
2022-05-19
433
0
表型数据和基因型数据--聚类分析
数据分析
r 语言
编程算法
用PCA做为GWAS的协变量，相当于将品种结构考虑进去。它类似将不同品种作为协变量，或者将群体结构矩阵Q作为协变量。
邓飞
2022-05-19
2.3K
0
相关性分析及其可视化：copy&paste，搞定
编程算法
上面还有一个缺陷，没有给出显著性检验，默认的cor.test只能对两个变量进行显著性检验，比如：
邓飞
2022-05-19
417
0
遗传进展系列 | 2. 遗传进展公式
编程算法
大家好，我是飞哥，我们知道，育种，就是要优中选优，关注的性状需要不断增强，那么如何衡量这种增强呢？这就要计算遗传进展。
邓飞
2022-04-06
1.3K
0
遗传进展系列 | 1. 回归系数 相关系数 遗传力的关系
编程算法
回归系数: 两个变量的关系, 构建回归模型, y = a + b*x, b为回归系数
邓飞
2022-04-06
562
0
R语言列表输出到本地简单粗暴的方法
r 语言
编程算法
今天分享的是一个保存R语言不规则数据到本地的方法，感觉比较有用，希望也对你有用吧！
邓飞
2022-02-09
4.1K
0
如何对数据进行汇总统计
编程算法
汇总统计，在R语言中是summary，会输出总个数、最大值、最小值、平均数、中位数，上四分位，下四分位等数值。
邓飞
2022-02-09
753
0
GCTA学习8 | 计算多性状遗传力和遗传相关
网站
编程算法
大家好，我是飞哥，这一段时间，一直学习GCTA这个软件，学习的过程中就进行了记录和分享。奈何这款软件还是太小众，阅读量不断的降低，不过写的过程是总结的过程，对我自己学习掌握很有帮助。
邓飞
2022-02-09
1.4K
0
GCTA学习7 | 计算单性状遗传力和标准误
网站
编程算法
前面的几节中，我们介绍了GCTA计算G矩阵，本节我们介绍，如果使用GCTA进行遗传力的估计。
邓飞
2022-02-09
2.6K
0
GCTA学习3 | GCTA的两篇NG：fast-LMM和fast-GLMM
linux
https
网络安全
编程算法
bash
GCTA在2010年首次释放，现在的版本是1.94.0beta，2021年到现在更新了3次，重要的更新时增加了fastGWA、fastGWA-GLMM，相关文章发表在NG上。
邓飞
2022-02-09
675
0
相关性分析和相关性分析可视化常用方法汇总
编程算法
上面还有一个缺陷，没有给出显著性检验，默认的cor.test只能对两个变量进行显著性检验，比如：
邓飞
2022-01-04
2.2K
0
GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第二篇，GLM模型中如何计算PVE？
api
r 语言
数据分析
编程算法
GAPIT软件安装，见：如何安装GAPIT软件：https://zhuanlan.zhihu.com/p/268327005
邓飞
2021-12-27
1.4K
0
GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第三篇，MLM模型中如何计算PVE？
api
r 语言
编程算法
GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第三篇，MLM模型中如何计算PVE？ #2021.12.24
邓飞
2021-12-27
1.4K
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