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育种数据分析之放飞自我

生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS
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如何使用plink进行二分类性状的GWAS分析并计算PRS得分
这篇博客,用之前GWAS教程中的示例数据(快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程),把数据分为Base数据和Target数据,通过plink运行二分类的logistic模型进行GWAS分析,然后通过PRSice-2软件,进行PRS分析。最终,选出最优SNP组合,并计算Target的PRS得分,主要结果如下:
邓飞
2022-12-13
2.5K0
如何对数据进行汇总统计?
对于汇总统计,一般是统计最大值、最小值、平均值、方差、标准差和变异系数,有时候还会根据地点、品种、年份进行分组汇总。
邓飞
2022-12-13
5900
一文搞定GCTA软件的学习
前面的几节中,我们介绍了GCTA计算G矩阵,和单性状遗传力的计算,它本质上就是GBLUP的估计,但是速度快很多。本节我们介绍,两性状遗传力和遗传相关的计算。
邓飞
2022-12-13
9480
GWAS分析中协变量的区分(性别?PCA?不同品种?)
plink进行GWAS分析时,协变量都要是数字协变量,因子协变量需要转化为dummy变量(哑变量)然后与数字协变量合并,通过--covar进行合并。
邓飞
2022-12-13
1.7K0
统计遗传学:第六章,基因与环境互作
大家好,我是邓飞,今天继续介绍《统计遗传学》这本书,第一部分基础,分为六个章节,分别是:
邓飞
2022-12-12
4790
GCTA如何计算GWAS中SNP的遗传力
里面的遗传力分为:family遗传力,SNP遗传力和GWAS遗传力,他们的关系如下:
邓飞
2022-12-12
1.3K0
统计遗传学:第二章,统计分析概念
前几天推荐了这本书,可以领取pdf和配套数据代码。这里,我将各个章节介绍一下,总结也是学习的过程。
邓飞
2022-07-27
6460
统计学习心法:万物皆可回归,有时可以分类
体会到这个道理,就像听到了绝美的音乐,来自脑海中的天籁之音,恍然大悟之感。最近学习机器学习,对学习数据分析有一些体会,写出来分享一下。
邓飞
2022-05-19
4310
表型数据和基因型数据--聚类分析
用PCA做为GWAS的协变量,相当于将品种结构考虑进去。它类似将不同品种作为协变量,或者将群体结构矩阵Q作为协变量。
邓飞
2022-05-19
2.3K0
相关性分析及其可视化:copy&paste,搞定
上面还有一个缺陷,没有给出显著性检验,默认的cor.test只能对两个变量进行显著性检验,比如:
邓飞
2022-05-19
4150
遗传进展系列 | 2. 遗传进展公式
大家好,我是飞哥,我们知道,育种,就是要优中选优,关注的性状需要不断增强,那么如何衡量这种增强呢?这就要计算遗传进展。
邓飞
2022-04-06
1.3K0
遗传进展系列 | 1. 回归系数 相关系数 遗传力的关系
回归系数: 两个变量的关系, 构建回归模型, y = a + b*x, b为回归系数
邓飞
2022-04-06
5570
R语言列表输出到本地简单粗暴的方法
今天分享的是一个保存R语言不规则数据到本地的方法,感觉比较有用,希望也对你有用吧!
邓飞
2022-02-09
4.1K0
如何对数据进行汇总统计
汇总统计,在R语言中是summary,会输出总个数、最大值、最小值、平均数、中位数,上四分位,下四分位等数值。
邓飞
2022-02-09
7530
GCTA学习8 | 计算多性状遗传力和遗传相关
大家好,我是飞哥,这一段时间,一直学习GCTA这个软件,学习的过程中就进行了记录和分享。奈何这款软件还是太小众,阅读量不断的降低,不过写的过程是总结的过程,对我自己学习掌握很有帮助。
邓飞
2022-02-09
1.4K0
GCTA学习7 | 计算单性状遗传力和标准误
前面的几节中,我们介绍了GCTA计算G矩阵,本节我们介绍,如果使用GCTA进行遗传力的估计。
邓飞
2022-02-09
2.6K0
GCTA学习3 | GCTA的两篇NG:fast-LMM和fast-GLMM
GCTA在2010年首次释放,现在的版本是1.94.0beta,2021年到现在更新了3次,重要的更新时增加了fastGWA、fastGWA-GLMM,相关文章发表在NG上。
邓飞
2022-02-09
6710
相关性分析和相关性分析可视化常用方法汇总
上面还有一个缺陷,没有给出显著性检验,默认的cor.test只能对两个变量进行显著性检验,比如:
邓飞
2022-01-04
2.2K0
GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第二篇,GLM模型中如何计算PVE?
GAPIT软件安装,见:如何安装GAPIT软件:https://zhuanlan.zhihu.com/p/268327005
邓飞
2021-12-27
1.4K0
GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第三篇,MLM模型中如何计算PVE?
GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第三篇,MLM模型中如何计算PVE? #2021.12.24
邓飞
2021-12-27
1.4K0
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