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深度学习基本概念｜张量tensor
深度学习
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深度学习常用于处理图像，文本，语音等数据，在计算机中，需要将这些数据用合适的数据结构来存储。以图像为例，每一幅图像可以看作由像素点构成的二维数组，而每个像素点又可以表示成RGB对应的3元组，经过这样的嵌套之后，每一幅图像实际上变成了一个高阶数组, 图示如下
生信修炼手册
2021-07-06
798
0
使用biopython处理序列数据
存储
通过biopython, 我们可以方便的读取这些格式的文件，并提取其中的信息。具体地，通过以下3个子模块来处理序列数据
生信修炼手册
2021-01-11
1.2K
0
python sys模块的常见用法汇总
python
编程算法
存储
c++
python的内置模块sys，提供了系统相关的一些变量和函数，在实际开发中，常见的有以下几种用法
生信修炼手册
2020-05-25
1.7K
0
python读写ini格式的配置文件
windows
存储
生信工程师的日常工作中，除了进行脚本编程，处理文件读写，画图，统计等常规操作，还会涉及到编写一整套完整的pipeline，此时就需要一个标准的配置文件，来保存需要的参数设置。业界常用的标准化的配置文件格式有以下几种
生信修炼手册
2020-05-16
1.3K
0
python执行系统命令
shell
python
编程算法
存储
在实际开发中，除了编写python自身的代码外，还经常需要执行操作系统的命令。在python3中，推荐使用subprocess模块来执行系统命令，基本用法如下
生信修炼手册
2020-05-14
1.7K
0
ANFD-HLA在不同人群中的频率数据库
http
actionscript
数据库
sql
存储
在研究SNP时，我们有类似1000G，HapMap, Exac 等数据库，提供了不同人群中的频率信息。对于HLA的研究而言，也有存储频率信息的数据库-ANFD。
生信修炼手册
2020-05-11
1.2K
0
HLA Epitope Registry-HLA抗原表位数据库
数据库
http
sql
存储
抗原表位指的是抗原分子中决定抗原特异性的特殊化学基因，抗原通过抗原表位与对应的抗原受体想结合，从而引起免疫应答反应。一个抗原分子可以含有多个抗原表位，抗原表位的性质，数目和空间结构决定了抗原的特异性。
生信修炼手册
2020-05-11
974
0
KGML 文件: pathway 信息更加直观的存储方式
存储
xml
KGML 是 KEGG Markup Language 的简写，用于存储pathway 中的相关元素。虽然通路图很生动，但是由于pathway的复杂性，我们很难只从图片就看到对应的基因等信息，KGML 文件作为存储pathway信息的另外一种格式，就能够很好的解决这个问题。
生信修炼手册
2020-05-09
2.9K
0
KEGG COMPOUND 数据库
数据库
sql
react
存储
http
kegg compound 数据库存储了在生命活动中发挥作用的各种小分子，生物大分子和其他类型的化学物质，采用C number 进行标识，比如C00047, 代表L-赖氨酸。除了名称等信息外，还存储了该物质的化学结构和其他相关信息；
生信修炼手册
2020-05-09
529
0
GO.db:存储Gene Ontology信息的R包
sql
go
存储
数据库
在生信分析领域，R语言由于其简单易用的特点和良好的生态环境，占用重要的一席之地。其中，Bioconductor作为生信分析专用的R语言社区，提供了许多的R包。
生信修炼手册
2020-05-08
1.7K
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玩转基因组浏览器之查看MAF文件
存储
对于基因组变异位点的存储，除了VCF外，还有一种常见的文件格式——MAF，是专门针对human突变位点注释信息的存储而定义的一种文件格式，最早在TCGA项目中广泛使用，在一个文件中同时包含所有样本的SNV和对应的注释信息，详细的格式介绍可以查看以下文章
生信修炼手册
2020-05-07
1.1K
0
玩转基因组浏览器之VCF文件的可视化
存储
除了基因结构，测序深度的可视化外，IGV也可以展示基因组变异信息，支持以下两种文件格式
生信修炼手册
2020-05-07
1.4K
0
玩转基因组浏览器之使用IGV查看基因结构信息
存储
基因结构是最基本的基因组注释信息，通常情况下，我们最关心基因区域内的数据分布情况，有多种文件格式可以存储基因结构信息
生信修炼手册
2020-05-07
2.3K
0
narrow,broad, gapped peak:三种格式之间的区别与联系
python
存储
peak被定义为基因组上一段reads富集的区域，核心信息是在染色体上的起始和终止位置，除此之外，还有软件对于该peak区域的打分，比如常见的pvalue, qvalue, fold_enrichment等值。
生信修炼手册
2019-12-19
1.4K
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