lncRNA初尝试

title: lncRNA

author: qliu

date: 2018年2月12日

使用Tophat2比对到水稻参考基因组上

使用Cufflinks 2.0进行组装

使用Cuffmerge将所有的转录本进行组合(merge),形成一个新的转录组

使用cuffcompare找新转录本

使用Cuffdiff基于新形成的转录组去估计所有转录本的丰度

文献操作流程

Tophat2比对形成的BAM文件

去除掉所有没有链信息的转录本和在其他转录本正链上所有在500bp范围内的单个外显子的转录本

将覆盖在已知的mRNAs(包括TE相关的基因)和转录本FPKM值小于0.5（单个外显子转录本为2）并且转录本长度小于200bp的转录本去除掉

过滤后得到的转录本即为新的长的转录本

然后使用CPC软件预测可能能编码的转录本

所有CPC打分大于0的都被去除

剩下的转录本使用HMMER软件分析提取在Pfam数据库中包含已知蛋白结构域的转录本

得到的转录本即为可靠的表达的lncRNA

使用CummeRbund中的R包csCpecificity()计算每个转录本的组织特异性打分

结直肠癌lncRNA pipeline

TopHat/Cufflinks/CummeRbund使用介绍

extract fasta

bedtools说明

CPC在线预测 ： 剔除值CODING POTENTIAL SCORE < 0的

CPC提交上面得到的lncRNA.fa文件

task ID : 903784E0-0FF2-11E8-9838-B4256C0D250A

Pfam蛋白编码能力预测

Pfam蛋白编码能力预测

所需软件安装

HMMER3

PfamScan : ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/Tools/

Pfam数据库下载: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam31.0/

> 需下载的数据库包括：Pfam-A.hmm， Pfam-A.hmm.dat , active_site.dat 通过hmmerspress来把下载的数据建库：

pfamscan 在线预测检测

Pfamscan

致谢所有能把自己的学习经验分享出来的小伙伴，才能让更多向我这样的小白能更快的入门。