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育种数据分析之放飞自我
生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS
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ldsc 计算遗传力+遗传相关+LD score的python程序安装以及测试
python
ld
测试
配置
软件
LDSC是一个用python语言编写的程序，可以使用GWAS的summary结果，计算遗传力，遗传相关以及LD 得分，功能强大，应用广泛。
邓飞
2023-09-06
358
0
plink如何更新表型数据
perl
python
excel
map
txt
平时在分析时，也有时候需要将外部准备好的数据，更新到plink数据中。plink有两种格式类型，二进制文件（bed，bim，fam）在fam文件的第六列，文本文件（ped，map）在ped文件的第六列。数据量小时，可以用excel打开，直接手动增加，如果数据量大，就需要编程实现，比如R语言，Perl或者Python。其实，plink自己有一个参数，可以自动更新表型数据，只需要将所要更新的表型数据准备好就行了。下面介绍一下操作流程。
邓飞
2022-12-13
1.3K
0
农业数据分析师的职业规划
python
机器学习
神经网络
深度学习
农业的数据分析以后会越来越重要，因为分子数据的落地，包括分子标记辅助、GWAS和GS的应用，特别是基因组选择（GS）的落地，使得育种的效率大大提升，以后使用数据去育种将不再是纸面上冠冕堂皇的话，而是事实。
邓飞
2022-12-13
240
0
Rstudio改名Posit了，如果改名为PRstudio可以叫：“怕死秃头工作站”了
python
r 语言
ide
中国的公司感觉风水不好，就换一下大门。而国外的公司觉得风水不好，就改名称。算是各有特色吧。
邓飞
2022-12-12
589
0
我承认tidyverse已经脱离了R语言的范畴
r 语言
python
nest
最近知乎热议：R和Python谁更优雅的问题，或者谁更适合数据分析的问题，各种讨论，非常值得一看：
邓飞
2022-05-19
599
0
数据分析师吃饭的家伙介绍：硬件和软件
python
markdown
ide
bash
大家伙，我是飞哥，前几天介绍了一下三屏幕的快乐（三个屏幕的快乐是真快乐），后台有人问相关的配置和价格，今天分享一下我办公常用的硬件和软件。
邓飞
2022-05-19
401
0
模型中AIC和BIC以及loglikelihood的关系
python
我们常用的参数有「AIC」，「BIC」，「loglikelihood」，本篇介绍一下这几个参数的含义，以及是如何计算的，下面我们一起来看一下吧。
邓飞
2022-02-09
3.8K
0
全网最全 | R语言中的方差分析汇总
python
编程算法
数据结构
另外还有重复力效应（个体永久环境效应）、母体效应、窝别效应等等，都是使用表型数据剖分的形式进行计算和评估。
邓飞
2021-09-27
2.4K
0
radian | 一款21世纪的R语言编辑器
shell
python
r 语言
https
总所周知 1 【职业随想】我的电脑挂了，然后就不能使用服务器上的RStudio了 2，终端的R太丑了 3，而且不方便，就试一下radian这款编辑器 4，顺便写一下使用方法 5。
邓飞
2021-02-24
1.7K
0
R语言进阶笔记3 | dplyr常用函数介绍
python
管道符在Rstudio中快捷键是Ctrl + Shift + M，打印出来是%/%，它可以将前面的结果传递到后面作为参数
邓飞
2020-12-29
1.2K
0
R语言进阶笔记1 | 深挖一门语言的必要性
python
作为专业人员，要不断的学习新事物，多多读书思考，克服浮躁情绪，才可以让自己的内心清澈如池水。不断的注入活水（新知识），才能滋润心灵焕发神采，才能达到比较高的境界！
邓飞
2020-12-29
374
0
如图
python
很多多年多点，或者一年多点的数据，要计算遗传力，关于数据如何整理，关于模型如何定义，遗传力公式如何写，如何考虑地点、年份、重复的个数，这些问题难倒了很多想要作此分析的小伙伴。这里，根据一个我之前上传到B站的视频，把里面的数据和代码进行演示如何计算相关的参数。另外，视频中也有一些错误或者不足的地方，我做了说明，后面我用红色字体标识了一下。
邓飞
2020-11-26
525
0
怕死秃头工作站？？？
python
numpy
matlab
我仔细看了一下，原来Rstudio新建的脚本，默认的是R脚本，如果想要运行Python，需要新建Python脚本。
邓飞
2020-06-24
745
0
学习Julia矩阵操作与保持年轻的秘诀
python
fortran
julia
reshape
话说Julia是一个神奇的语言，语法简单，速度贼快，是吹牛装X的不二神器。记得一个物理学家说过，那些旧理论之所以消失，不是因为人们改变了看法，而是持那种看法的人死光了。
邓飞
2020-03-06
678
0
vscode 远程连接服务器：remote-ssh使用配置
ide
ssh
开源
python
Python编程越来越普遍，在我的应用中，已经完全替代了Perl，正在替换R语言。
邓飞
2019-10-22
14.6K
0
Julia1.1学习笔记：从入门到放弃
python
https
网络安全
市面上很多Julia的书籍，都是旧版本的，Julia要到1.0以后语法才算稳定，所以最好的资料是官方文档，幸运的是[Julia有中文社区]：(https://docs.juliacn.com/latest/)：**https://docs.juliacn.com/latest/**，里面有很多东西可以学习。
邓飞
2019-08-01
888
0
学习Julia与弯道超车
python
r 语言
shell
java
看一下Julia官网上的Benchmark，Julia综合速度，是R语言的42倍，是Python的15倍，是Java的3倍，是Fortran的1倍，和C语言速度不相上下。
邓飞
2019-07-23
873
0
snakemake 学习笔记3
python
注意: 这里要把生成的文件{1,2,3}_add_a.txt写出来, 命令才可以运行.
邓飞
2019-07-07
864
0
R语言与python对数据框的操作(对比笔记)
r 语言
python
这篇主要比较R语言的data.talbe和python的pandas操作数据框的形式， 学习两者的异同点， 加深理解两者的使用方法。
邓飞
2019-07-05
2.8K
0
如何在RStudio进行python编程
python
html
github
git
新版本的Rstudio, 需要R包:reticulate在1.10以上, 如果是1.09会报错, 而如果你的R是microsoftR是老版本的话, CRAN不是默认的镜像, 安装不成1.10版本. 解决方法: 使用github安装:
邓飞
2019-06-13
2.4K
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