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生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS
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ldsc 计算遗传力+遗传相关+LD score的python程序安装以及测试
python
ld
测试
配置
软件
LDSC是一个用python语言编写的程序,可以使用GWAS的summary结果,计算遗传力,遗传相关以及LD 得分,功能强大,应用广泛。
邓飞
2023-09-06
567
0
plink如何更新表型数据
perl
python
excel
map
txt
平时在分析时,也有时候需要将外部准备好的数据,更新到plink数据中。plink有两种格式类型,二进制文件(bed,bim,fam)在fam文件的第六列,文本文件(ped,map)在ped文件的第六列。数据量小时,可以用excel打开,直接手动增加,如果数据量大,就需要编程实现,比如R语言,Perl或者Python。其实,plink自己有一个参数,可以自动更新表型数据,只需要将所要更新的表型数据准备好就行了。下面介绍一下操作流程。
邓飞
2022-12-13
1.5K
0
农业数据分析师的职业规划
python
机器学习
神经网络
深度学习
农业的数据分析以后会越来越重要,因为分子数据的落地,包括分子标记辅助、GWAS和GS的应用,特别是基因组选择(GS)的落地,使得育种的效率大大提升,以后使用数据去育种将不再是纸面上冠冕堂皇的话,而是事实。
邓飞
2022-12-13
286
0
Rstudio改名Posit了,如果改名为PRstudio可以叫:“怕死秃头工作站”了
python
r 语言
ide
中国的公司感觉风水不好,就换一下大门。而国外的公司觉得风水不好,就改名称。算是各有特色吧。
邓飞
2022-12-12
652
0
我承认tidyverse已经脱离了R语言的范畴
r 语言
python
nest
最近知乎热议:R和Python谁更优雅的问题,或者谁更适合数据分析的问题,各种讨论,非常值得一看:
邓飞
2022-05-19
638
0
数据分析师吃饭的家伙介绍:硬件和软件
python
markdown
ide
bash
大家伙,我是飞哥,前几天介绍了一下三屏幕的快乐(三个屏幕的快乐是真快乐),后台有人问相关的配置和价格,今天分享一下我办公常用的硬件和软件。
邓飞
2022-05-19
425
0
模型中AIC和BIC以及loglikelihood的关系
python
我们常用的参数有「AIC」,「BIC」,「loglikelihood」,本篇介绍一下这几个参数的含义,以及是如何计算的,下面我们一起来看一下吧。
邓飞
2022-02-09
5.1K
0
全网最全 | R语言中的方差分析汇总
python
编程算法
数据结构
另外还有重复力效应(个体永久环境效应)、母体效应、窝别效应等等,都是使用表型数据剖分的形式进行计算和评估。
邓飞
2021-09-27
2.8K
0
radian | 一款21世纪的R语言编辑器
shell
python
r 语言
https
总所周知 1 【职业随想】我的电脑挂了,然后就不能使用服务器上的RStudio了 2,终端的R太丑了 3,而且不方便,就试一下radian这款编辑器 4,顺便写一下使用方法 5。
邓飞
2021-02-24
1.8K
0
R语言进阶笔记3 | dplyr常用函数介绍
python
管道符在Rstudio中快捷键是Ctrl + Shift + M,打印出来是%/%,它可以将前面的结果传递到后面作为参数
邓飞
2020-12-29
1.3K
0
R语言进阶笔记1 | 深挖一门语言的必要性
python
作为专业人员,要不断的学习新事物,多多读书思考,克服浮躁情绪,才可以让自己的内心清澈如池水。不断的注入活水(新知识),才能滋润心灵焕发神采,才能达到比较高的境界!
邓飞
2020-12-29
398
0
如图
python
很多多年多点,或者一年多点的数据,要计算遗传力,关于数据如何整理,关于模型如何定义,遗传力公式如何写,如何考虑地点、年份、重复的个数,这些问题难倒了很多想要作此分析的小伙伴。这里,根据一个我之前上传到B站的视频,把里面的数据和代码进行演示如何计算相关的参数。另外,视频中也有一些错误或者不足的地方,我做了说明,后面我用红色字体标识了一下。
邓飞
2020-11-26
552
0
怕死秃头工作站???
python
numpy
matlab
我仔细看了一下,原来Rstudio新建的脚本,默认的是R脚本,如果想要运行Python,需要新建Python脚本。
邓飞
2020-06-24
769
0
学习Julia矩阵操作与保持年轻的秘诀
python
fortran
julia
reshape
话说Julia是一个神奇的语言,语法简单,速度贼快,是吹牛装X的不二神器。记得一个物理学家说过,那些旧理论之所以消失,不是因为人们改变了看法,而是持那种看法的人死光了。
邓飞
2020-03-06
696
0
vscode 远程连接服务器:remote-ssh使用配置
ide
ssh
开源
python
Python编程越来越普遍,在我的应用中,已经完全替代了Perl,正在替换R语言。
邓飞
2019-10-22
14.9K
0
Julia1.1学习笔记:从入门到放弃
python
https
网络安全
市面上很多Julia的书籍,都是旧版本的,Julia要到1.0以后语法才算稳定,所以最好的资料是官方文档,幸运的是[Julia有中文社区]:(https://docs.juliacn.com/latest/):**https://docs.juliacn.com/latest/**,里面有很多东西可以学习。
邓飞
2019-08-01
900
0
学习Julia与弯道超车
python
r 语言
shell
java
看一下Julia官网上的Benchmark,Julia综合速度,是R语言的42倍,是Python的15倍,是Java的3倍,是Fortran的1倍,和C语言速度不相上下。
邓飞
2019-07-23
915
0
snakemake 学习笔记3
python
注意: 这里要把生成的文件{1,2,3}_add_a.txt写出来, 命令才可以运行.
邓飞
2019-07-07
910
0
R语言与python对数据框的操作(对比笔记)
r 语言
python
这篇主要比较R语言的data.talbe和python的pandas操作数据框的形式, 学习两者的异同点, 加深理解两者的使用方法。
邓飞
2019-07-05
2.9K
0
如何在RStudio进行python编程
python
html
github
git
新版本的Rstudio, 需要R包:reticulate在1.10以上, 如果是1.09会报错, 而如果你的R是microsoftR是老版本的话, CRAN不是默认的镜像, 安装不成1.10版本. 解决方法: 使用github安装:
邓飞
2019-06-13
2.4K
0
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