GTRD：基因转录调节数据库-2019年更新

2018 年 11 月 16 日，俄罗斯的研究者 Yevshin 等在 Nucleic Acids Research 杂志上发表了一篇题为“GTRD: a database on gene transcription regulation—2019 update”的论文。

通过人类（Homo sapiens）、小鼠（Mus musculus）、大鼠（Rattus norvegicus）、斑马鱼（Danio rerio）、秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）、果蝇（Drosophila melanogaster）、酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）、裂殖酵母菌（Schizosaccaromyces pombe）和拟南芥（Arabidopsis thaliana）的 ChIP-seq 实验鉴定的转录因子结合位点（TFBSs）和转录共激活蛋白。

通过 DNase-seq 鉴定到的开放染色质区域和 TFBSs （DNase 印迹）。

因为重复序列不能鉴定到 TFBSs 的 unmappable 区域。

利用 HOCOMOCO 数据库的 position weight matrices 鉴定的人类和小鼠的潜在的 TFBSs。

原始的 ChIP-seq 和 DNase-seq 数据是从 ENCODE 和 SRA 数据库下载的，并利用的统一的方法处理数据。ChIP-seq 的 peaks 使用了四种方法鉴定，分别是 MACS、SISSRs、GEM 和 PICS。另外，对于同一个转录因子和分析方法鉴定到的 peaks，尽管实验不同，都会合并到相同的 clusters 中。为了减少噪音，对于不同方法鉴定到的 peaks，会合并成 meta-clusters，并称之为非冗余的 TFBS 集。GTRD 数据的内容如下图所示：

访问 GTRD 的用户界面是基于 BioUML 平台开发的。在 GTRD 网站上可以浏览和显示信息，可以使用高级搜索，以及一个整合的基因组浏览器。其用户界面如下，有多个窗口组成：

参考资料：

Yevshin I, Sharipov R, Kolmykov S, Kondrakhin Y, Kolpakov F. GTRD: a database on gene transcription regulation—2019 update. Nucleic Acids Research, 2018, gky1128. https://doi.org/10.1093/nar/gky1128

http://gtrd.biouml.org