用于多个文件的循环:将两个具有类似ID的fasta文件合并为一个文件
提问于 2022-05-08 22:49:36
我有一个100+ fasta文件：
A_n.fasta
A_t.fasta
B_n.fasta
B_t.fasta
C_n.fasta
C_t.fasta
...Fasta文件包含不同数量的序列，我需要将每一对序列组合在一起：
input A_n.fasta, A_t.fasta output A_nt.fasta ....我对每一双都这样做：
cat A_n.fasta A_t.fasta > A_nt.fasta但我不想对每对身份证都手动做。
所以我尝试了这样的方法：
for f in *_n.fasta ; do cat $f *_t.fasta > $f*_prot_all.fasta; done但这不起作用
因为循环对我来说是新的，所以解决方案可能很简单，但我无法解决它。
此外，我将需要它的pal2nal，我将需要放置2个文件(蛋白质多重比对和DNA序列)，它将是相同的工作，2个文件的名称相同的部分，并需要输出一个文件的每对。
回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2022-05-08 23:33:34
请您试一下：
#!/bin/bash
for f in *_n.fasta; do
t=${f/_n./_t.}
out=${f/_n./_prot_all.}
cat "$f" "$t" > "$out"
done其中，t=${f/_n./_t.}在变量f中用_t.替换子字符串_n.，为其分配一个新的变量t。至于pal2nal命令，您可以使用类似的文件名替换。
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原文链接：
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