把SeqIO字典写成Fasta文件
提问于 2017-10-27 12:11:49
最初，我将fasta序列转换为带有Bio.SeqIO.to_dict语句的字典。我想把一本副词字典写回fasta文件。
Test是一个python字典，其中fasta头作为键，序列作为索引。
我的代码试图利用SeqIO.write：
with open("example.fasta", "w") as handle:
SeqIO.write(test, handle, "fasta")
AttributeError: 'str' object has no attribute 'id'我担心，通过将SeqIO生成器对象转换为字典，我无法轻松返回到其他SeqIO函数所期望的输入。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2017-10-27 12:58:32
我解决了这个问题。即使使用SeqIO.to_dict转换，字典的值也是原始生成器类。要将此字典写回Fasta，只需调用字典的值即可。
with open("example.fasta", "w") as handle:
SeqIO.write(test.values(), handle, "fasta") 页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/46982713
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