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生信技能树

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从微信聊天记录复制粘贴的Linux代码为什么运行失败?
这个小插曲不仅引起了我的好奇心,也激发了我探索和解析背后原因的欲望。在这篇文章中,我将与大家分享我对这个问题的研究过程、发现的原因,以及如何j解决。这个经历提醒我们,在日常工作中,一些看似简单的操作也可能隐藏着意想不到的bug,值得我们深入探讨和理解。
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2024-04-13
2630
两个Linux账号如何互相拷贝文件
1. 使用 sudo: 如果你拥有管理员权限,你可以使用 sudo 命令来以超级用户权限执行文件拷贝操作。这样可以在权限不足的情况下访问和拷贝文件。
生信技能树
2023-09-04
1.4K0
Linux下的文本排序让我很意外
这里就是{1..25}语法,是shell的扩展,shell扩展有以下几种,并按以下顺序处理,当然如果没找到匹配的扩展格式,那就不处理:
生信技能树
2023-02-28
9380
单细胞基因组测序看拷贝数变异就足够了
我猜测主要是因为单细胞基因组测序的分析手段有点少,看拷贝数变异就足够了,比如发表于2022年6月份的nature的文章:《cGAS–STING drives the IL-6-dependent survival of chromosomally instable cancers》,里面就有 shallow single-cell whole-genome sequencing. 数据在 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB49800 ,很容易下载里面的测序fastq数据:
生信技能树
2023-02-28
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使用Edge turbo下载CNCB数据
该数据库有自主开发的下载软件Edge turbo客户端主要包含两部分:linux 命令行工具和 edgeturbo service。命令行工具为用户提供了简洁的命令行语法,用户可以快速上手以体验传输服务。edgeturbo service 是传输核心组件,它提供了具体的传输能力,用户不需要关
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2023-02-27
2.5K0
马拉松在线互动授课答疑精选
在很多场合这两者都可以混用,比如要用管道的形式结合很多命令进行处理的时候,在最开始使用cat或者less没有区别(如果文件非常大的话,cat的处理速度会比less稍微快一些)。其次是cat没法控制输出的数量,会把文件从头到尾给你打印一遍。而less却可以自由翻动,less的单行显示和打印行号的功能相对于cat都要好用一些。
生信技能树
2023-02-27
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影响差异分析后的火山图的对称性的因素有哪些?
这个有点丑的火山图对应的文章是:《In vivo transcriptional analysis of mice infected with Leishmania major unveils cellular heterogeneity and altered transcriptomic profiling at single-cell resolution》,如下所示 :
生信技能树
2022-07-26
1.3K0
安装退出历史舞台的R包
会根据包的情况自动跳转,这个包就进入了:https://cran.r-project.org/web/packages/customLayout/index.html
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2022-07-26
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批量运行多个R脚本
如果把这些R代码文件一个个打开,然后一个个运行,工作量也不小,所以我们推荐一个技巧:
生信技能树
2022-07-26
1.9K0
生信分析的本手妙手俗手
对于初学者而言,应该从本手开始,本手的功夫扎实了,棋力才会提高。一些初学者热衷于追求妙手,而忽视更为常用的本手。本手是基础,妙手是创造。一般来说,对本手理解深刻,才可能出现妙手;否则,难免下出俗手,水平也不易提升。
生信技能树
2022-07-26
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单细胞数量太多可以抽样也可以
但是有同学提问,它的单细胞表达量矩阵是五万到十万个细胞,并不想预先拆分成为单细胞亚群分组,所以没办法使用AverageExpression得到一个简单的表达量矩阵,想直接对全部的单细胞矩阵进行gsva,但是矩阵每次都会内存溢出,大家也可以尝试下面的代码:
生信技能树
2022-07-26
1.9K0
Hiplot 预印本发布:辅助生物医学数据可视化
Hiplot 绘图网站预印本文章近期已作为预印本在 bioRxiv 发布,欢迎大家进行引用。截至目前,网站已提供至少 230+ 数据可视化分析工具,涉及基础数据统计、组学和其他常见的生物医学数据可视化功能。过去的一年时间中,该网站被访问超过 2 百万次,超过 2 万名用户进行注册。
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2022-07-26
3430
成为完整的生信工程师必须补全Linux技能
如果这里面确实没有你需要的NGS技术,你需要做的仍然是看完我这些视频,搞清楚我是如何学习一个ngs技术的,然后把这个技能迁移到你自己的ngs数据。你会发现,万变不离其宗,本质上都是Linux能力,如何在服务器里面配置和管理软件,如何看各个软件说明书文档。
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2022-07-26
8600
10x官网下载pbmc3k数据集走RNA速率上下游分析实战
当时对很多测试项目都是拿到了loom文件,就可以进行下游 velocyto.R 这个R包进行后续统计可视化啦!准备第二天就讲解velocyto.R 这个R包用法,但是却忘记了,最近看到有小伙伴在该推文下面赞赏200元催更,激起了我的创作动力!
生信技能树
2022-07-26
1.3K0
在Mac或者Linux上面安装velocyto.R的成功经验分享
不过,除了服务器,我也在自己的苹果电脑上面试了试,在Mac操作系统还是蛮简单的,本来应该是就一句话安装啦:
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2022-07-26
1.5K0
打通转录组测序数据分析的最后一公里
因为现阶段传统bulk转录组测序项目成为了标准品,无论大家在哪个公司测序都是几百块钱一个样品,简单的3分组的6个样品,就包括了定量和普通差异分析服务,因为都是流程化的。但是有一些情况下是大家并不想自己重新收集样品或者联系公司做转录组测序服务,而是希望可以直接分析已经发表的文献里面的数据,找到一些感兴趣的基因和通路。我们也提供了大量的教学视频和代码,见:
生信技能树
2022-07-26
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我也不想以其昏昏使人昭昭
因为自己的文学修养不够,但是这个词语看起来就让人不舒服,刻意去查了一下,意思是:指自己还糊里糊涂,却要去教别人明白事理。
生信技能树
2022-07-26
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让你购买云服务器学Linux你居然给我安装了一个Windows
一个粉丝邮件联系我说自己下个月就要开始处理单细胞数据,怕我们的马拉松生信入门课程来不及,因为第三周才是Linux,月底才到转录组,下个月初她自己拿到了单细胞转录组数据肯定是没办法处理。所以希望我给她Linux服务器账号和密码,先跟着公开课学习,但是我推荐了腾讯云服务器后才分析对方花了一个晚上加上半个白天才搞定服务器的ssh连接,这个折腾的心路历程值得分享!
生信技能树
2022-07-26
1.4K0
RNA-seq入门实战(零):RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战!
生信技能树
2022-06-27
2.9K0
菲沙医学单细胞多组学线上培训班重磅开启(空间单细胞转录组加上单细胞免疫组库)
确实,我们虽然有一个专注于单细胞数据处理技术分享的公众号:《单细胞天地》,但确实是一直专注于常规的单细胞转录组数据分析,无非是降维聚类分群,以及不同分组看细胞亚群比例差异或者表达量差异。上游就是我们多次分享过cellranger流程的笔记,大家可以自行前往学习,如下:
生信技能树
2022-06-27
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