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数据科学工厂

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3D-Genome：认识接触矩阵(contact matrix)
"contact list"（又称"pairs"文件）记录了测序读段比对后筛选出的有效互作位点对，是构建基因组互作矩阵的初始数据。在后续矩阵生成或标准化步骤中，...
数据科学工厂 16小时前2025-07-03 14:52:05
数据、索引、存储、matrix、排序
空间转录组：从R导入数据
本系列讲解空间转录组学 (Spatial Transcriptomics) 相关基础知识与数据分析教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发，文末有交流群(你懂的)...
数据科学工厂 1天前2025-07-02 18:15:28
函数、数据、数据处理、matrix、对象
ingest和BBKNN进行单细胞整合（1）
本系列讲解使用Scanpy分析单细胞（scRNA-seq）数据教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发！
数据科学工厂 3天前2025-06-30 11:37:54
ref、工作流、函数、模型、数据
三维基因组|Hi-C 数据格式
为了更好地处理、存储以及可视化高分辨率的 Hi-C 数据，开发出了高效的数据格式。其中，只保存非零值的稀疏矩阵格式得到了广泛应用，成为了行业标准。此外，“zoo...
数据科学工厂 3天前2025-06-30 11:33:00
存储、二进制、开发、可视化、数据
空间转录组：数据格式介绍
本系列讲解空间转录组学 (Spatial Transcriptomics) 相关基础知识与数据分析教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发，文末有交流群(你懂的)...
数据科学工厂 22天前2025-06-11 15:36:20
存储、表格、对象、框架、数据
Scanpy 分析 3k PBMCs：寻找 marker 基因
本系列讲解使用Scanpy分析单细胞（scRNA-seq）数据教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发！
数据科学工厂 24天前2025-06-09 11:54:05
变量、对象、可视化、数据、marker
Scanpy 分析 3k PBMCs：降维与聚类
本系列讲解使用Scanpy分析单细胞（scRNA-seq）数据教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发！
数据科学工厂 25天前2025-06-08 15:30:14
函数、教程、框架、数据、优化
Hi-C 数据的可视化与注释
表观基因组学研究需要综合分析和整合多种类型的数据及注释，以提取出具有生物学意义的信息。在这种背景下，复杂的数据可视化技术对于识别与基因组坐标相关数据中的有意义模...
数据科学工厂 25天前2025-06-08 15:28:56
函数、可视化、数据、存储、对象
单细胞RNA“速率”分析：模型学习
该模型在基于似然的期望最大化框架中求解，通过迭代估计反应速率参数和细胞特异性潜在变量（即转录状态和细胞内潜在时间），从而学习每个基因的未剪接/剪接相轨迹。
数据科学工厂 25天前2025-06-08 15:27:49
存储、变量、框架、模型、数据
Scanpy 分析 3k PBMCs：数据预处理
本系列讲解使用Scanpy分析单细胞（scRNA-seq）数据教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发！
数据科学工厂 25天前2025-06-08 15:26:50
数据预处理、对象、工具、数据、系统
单细胞RNA“速率”分析：差异动力学
在研究过程中，一个关键问题是我们需要处理包含多个谱系和过程的系统。在这种情况下，基因在不同亚群中往往会呈现出不同的动力学特征。由于不同的细胞状态和谱系通常受到基...
数据科学工厂 25天前2025-06-08 15:25:50
测试、模型、数据处理、diff、var
HiCBricks|Hi-C 数据可视化与注释
HiCBricks提供两种热图来展示 Hi-C 接触图，一种是标准热图（正方形或长方形，两个轴上都标有基因组位点），另一种是旋转的三角形热图（横轴表示距离，纵轴...
数据科学工厂 26天前2025-06-07 18:59:45
对象、函数、数据、数据可视化、变量
三维基因组：multiHiCcompare 差异分析
multiHiCcompare是 R 包 HiCcompare 的升级版，它能够一次性对多个 Hi-C 数据集进行联合标准化和比较。其标准化方法是基于原始 Hi...
数据科学工厂 2025-05-262025-05-26 10:02:59
对象、函数、可视化、模型、数据
三维基因组：diffHic 差异分析
diffHic是一款 R 包，几乎包含了 Hi-C 数据分析的全部流程。它从对原始数据（. fastq 格式）进行比对开始，接着进行过滤、分箱、标准化，然后运用...
数据科学工厂 2025-05-222025-05-22 10:33:10
对象、函数、可视化、数据、存储
Scanpy 分析 scRNA-seq：细胞类型注释
本系列讲解使用Scanpy分析单细胞（scRNA-seq）数据教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发！
数据科学工厂 2025-05-212025-05-21 15:29:58
教程、数据、统计、自动化、工具
单细胞RNA速率分析: scVelo入门教程
接下来，将简单介绍如何使用 scVelo。当你熟悉基本操作后，后续教程会直接带你进入 RNA 速率、潜在时间、驱动因子识别等高级分析内容。
数据科学工厂 2025-05-212025-05-21 15:28:54
可视化、模型、数据、存储、工具
三维基因组：Loop结构差异分析(2)
既然已经找出了“WT”和“FS”条件之间的差异loop结构，就可以利用聚合峰分析（APA）来直观地展示loop结构调用的质量。APA 是一种以 Hi-C 数据中...
数据科学工厂 2025-05-182025-05-18 09:21:48
data、lapply、函数、可视化、数据
Scanpy 分析 scRNA-seq：降维与聚类
本系列讲解使用Scanpy分析单细胞（scRNA-seq）数据教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发！
数据科学工厂 2025-05-182025-05-18 09:20:57
可视化、框架、数据、函数、教程
单细胞RNA速率分析: scVelo
本系列讲解单细胞（scRNA-seq）中RNA“速率”分析教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发！
数据科学工厂 2025-05-172025-05-17 13:46:24
模型、系统、优化、工具、框架
三维基因组：Loop结构差异分析(1)
本文展示了如何利用 hictoolsr、DESeq2 和 plotgardener 包来寻找和可视化两种生物条件下差异loop结构的流程。首先，需要对原始数据进...
数据科学工厂 2025-05-152025-05-15 12:29:06
对象、工具、论文、数据、fs

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聚焦「数据科学 | 生命科学 | Python | 机器学习」等前沿交叉学科，定期分享理论教程与应用实践等。
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加入社区时间：2018-09-07

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