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R语言交流中心

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R语言之基于多组学的肿瘤亚群聚类分析

聚类算法编程算法

基于多组学数据的肿瘤亚型分组一直是研究者关注的一个方向，今天给大家介绍一个基于多组学进行聚类的R包SNFtool。此工具主要是利用相似网络融合将一个网络的多个视图融合在一起，构建一个整体的状态矩阵。算法的输入可以是特征向量、成对距离或成对相似度。学习到的状态矩阵可以用于检索、聚类和分类。其中核心的算法是谱聚类算法，其主要是完成对图的分割，找到最好的分割方式，来将图分割开来。这些图在这里就是我们构建的距离矩阵。简而言之，谱聚类先降维（特征分解），然后在低维空间用其它聚类算法（如KMeans、模糊聚类）进行聚类。

2022-11-21

1.2K0

Python深耕之图像深度学习必备工具包

深度学习编程算法 python pytorch

因为研究方向的变动将本号更名为《R语言交流中心与Python深耕之路》，从R语言扩展到Python编程。今天给大家介绍下一个完整的深度学习模型的构建所需要的必备python模块。

2022-11-21

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R语言中基于表达数据的时间序列分析

聚类分析大家应该不陌生，今天给大家介绍一个用于基于时间序列的转录组数据的聚类分析R包Mfuzz。此包的核心算法是基于模糊c均值聚类（Fuzzy C-Means Clustering，FCM）的软聚类方法，它的特色就是把聚类的特征进行归类，而不是像K-mean一样的样本的聚类。此外FCM 算法需要两个参数⼀个是聚类数⽬C，另⼀个是参数m。⼀般来讲C要远远⼩于聚类样本的总个数，同时要保证C>1。对于m，它是控制算法的柔性的参数，如果m 过⼤，则聚类效果会很次，⽽如果m过⼩则算法会接近硬聚类(HCM)聚类算法。首先看下包的安装：

2022-06-07

1.1K0

R语言中的共定位分析

基于上面的假设，第四种设想 H4 在统计学上概率越高，越能解释显著信号位点如何影响表型。，H4值的范围在0-1之间，0表示概率为0%，1表示概率为100%。后验概率越高越好。很多文献认为PPA > 0.95的位点是共定位位点，也有一些文献会放松要求到0.75。接下来我们看下在R中如何进行实现这个分析方法。首先是包的安装：

2022-04-18

2.2K0

R语言中的keras

批量计算 keras 编程算法神经网络

Keras是一个高层神经网络API，由纯Python编写而成。此API支持相同的代码无缝跑在CPU或GPU上；对用户友好，易于快速prototype深度学习模型；支持计算机视觉中的卷积网络、序列处理中的循环网络，也支持两种网络的任意组合；支持任意网络架构：多段输入或多段输出模型、层共享、模型共享等。这意味着Keras 本质上适合用于构建任意深度学习模型（从记忆网络到神经图灵机）兼容多种运行后端，例如TensorFlow、CNTK和Theano。

2021-12-20

2.3K1

R语言中的流行病数据分析神器

大家在分析临床数据和流调数据的时候指定在为各种模型，表格构建煞费苦心。今天就给大家介绍一个解决这些问题的R包sjPlot。此包不仅可以实现三线表的绘制，同时可以进行模型结果的可视化展示、评估。首先我们看下包的安装：

2021-10-11

1.4K0

R语言实现模型的评估

编程算法 bootstrap

在这里的erro打分利用的是Brier分数。它是衡量概率校准的一个参数。简单来说，Brier分数可以被认为是对一组概率预测的“校准”的量度，或者称为“ 成本函数 ”，这一组概率对应的情况必须互斥，并且概率之和必须为1。Brier分数对于一组预测值越低，预测校准越好。例如：如果预测为70％（P = 0.70），并且下雨，则Brier评分为（0.70-1）2= 0.09。接下来看下结果的详细信息：

2021-07-05

1.6K0

R语言操作pdf文档

https 网络安全编程算法

至此对pdf文档进行文本的提取过程基本完成。当然这里有一个漏洞那就是没有开发提取pdf中表格的功能，为此有团队开发了对应的包pdftables。但是这个地方需要在https://pdftables.com/注册ID才可以应用提取表格功能，并且有页数限制。另外还有就是从pdf中提取图像的工具也并未发现。为此还是希望大牛进行后期的扩展。

2021-07-05

1.9K0

R语言缺失值处理的结果可视化

编程算法 ide

缺失值的发现和处理在我们进行临床数据分析的时候是非常重要的环节。今天给大家介绍一个包mice主要用来进行缺失值的发现与填充。同时结合VIM包进行缺失变量的可视化展示。

2021-01-21

1.8K0

R语言基于dplyr实现数据快捷操作

编程算法 r 语言

4. filter 匹配对应行的数据。并生成结果。等同于subset函数。实例：

2020-12-14

1.4K0

R语言基于seqMeta实现GWAS数据元分析

全基因组关联分析（GWAS）为研究单核苷酸多态性提供了便利，同时为我们后期研究遗传表型多样性提供了媒介。然而，GWAS研究因为是种群研究往往需要大量的队列信息，那么多中心、大样本的数据研究成为必要的步骤。我们今天介绍一个基于SNP共位点信息集合也就是对应的基因，用于GWAS多研究的元分析工具包seqMeta。该包可以适应不相关个体的连续、二进制和生存结果，以及相关个体的连续结果。我们还为条件分析和并行化提供了方便的函数。首先看下包的安装：

2020-11-25

1.4K0

R语言实现孟德尔随机化研究

emr 编程算法

孟德尔随机化（Mendelian Randomization, MR）是近几年流行起来的用来进行因果推断的有效方法，它以遗传变异为工具变量来推导结局和暴露的因果关系，能有效避免传统流行病学研究的混杂偏

2020-11-16

10.2K0

R语言实现生物序列的降维比对

系统发育树分析大家应该很熟悉，很多软件都可以实现可视化的操作。今天给大家介绍一个通过“SpacedWords Projection” 方法实现的氨基酸序列系统发育树构建，该方法主要是基于无对齐技术实现，能够在保持序列间可比性的前提下，用相对较小的向量表示生物序列。再详细的算法那就需要各位直接看此包的原文了，我们不在此展开。首先，我们看下包的安装：

2020-09-24

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R语言中的机器学习

编程算法数据分析

大家平时都会用到一些回归模型，今天我们来看一个集合多个模型建模和可视化的包mixomics。首先看下此包的所包含的方法列表：

2020-06-30

2.1K1

R语言实现双聚类

express 编程算法 node.js

聚类大家应该都听说过，但是双聚类想必大家接触的比较少，今天我们就给大家介绍下双聚类，首先看下基础的定义：针对二维数据进行处理的算法。假设给定矩阵M，寻找到矩阵M的多个子矩阵A，对于每一个A满足其指定条件进行聚类，最后得到需要的子矩阵B。目前广泛的模型有四种：矩阵等值模型、矩阵加法模型、矩阵乘法模型和信息共演变模型。接下来在R语言中的实现需要用到包biclust。其安装如下：

2020-05-28

1.6K0

R语言实现非标ELISA数据的量化

酶联免疫吸附测定（enzyme linked immunosorbent assay，简写ELISA）指在固相表面是特定的抗原或抗体与某种酶连接成酶标抗原或抗体，再通过加入酶反应的底物后，底物被酶催化变为有色产物，因产物的量与标本中受检物质的量直接相关，故可根据颜色反应的深浅有无定性或定量分析的一个过程。那么，既然是通过颜色来定量就需要有标准的曲线去作为参考，然而并不是每次都有参考的曲线。此时就需要用到反曲线模型来进行评估数据的最快酶反应点（PMG），得到我们的量化数据。我们今天给大家介绍一个4 参数的反曲模型如何在R语言中实现，首先看下这个模型的公式：

2020-05-21

1K0

R语言实现GEO多数据集的分析

大家对GEO的数据应该都很熟悉，那么如何把GEO中多个研究进行合并分析成为一个比较棘手的问题，今天给大家介绍这么一个包可以实现多研究的合并分析。首先我们看下前期需要的准备工作：

2020-05-14

2.2K0

R语言实现贝叶斯优化算法

机器学习神经网络深度学习人工智能编程算法

对于神经网络，机器学习等字眼大家应该都很熟悉，今天我们不谈这个，我们看一下这个在这些模型中一个重要的子领域网络超参数搜索。常见的搜索方法是：试错法（Babysitting）、网格搜索（Grid Search）、随机搜索（Random Search）、贝叶斯优化（Bayesian Optimization）。前面三种都是好理解的，都可以从字面意思进行理解。我们主要讲下这个贝叶斯优化算法。其算法可以转化为一个形式的方程式：

2020-04-27

2.8K0

R语言实现模糊逻辑推理模型

模糊逻辑推理是以模糊集合论为基础描述工具，对以一般集合论为基础描述工具的数理逻辑进行扩展，从而建立了模糊推理理论。是不确定推理的一种。在人工智能技术开发中有重大意义。今天我们就给大家介绍下在R语言中如何实现模糊推理理论模型。首先我们需要安装R包FuzzyR。

2020-03-19

1.3K0

R语言实现潜变量模型构建

结构方程模型是基于变量的协方差矩阵来分析变量之间关系的一种统计方法。作为多元数据分析的重要工具。其可以分成两部分：测量模型和结构模型。所谓测量模型主要是研究潜变量（因子）和显变量（测量指标）的关系；结构模型指的是研究潜变量（因子）之间的关系。今天我们给大家介绍一个集合各种潜变量分析的模型的R包lavaan。

2020-03-06

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