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chromosome-territories:染色质疆域简介
生物基因
人类基因组大小在3G左右，这么多的DNA线性排列，完全展开其长度可以达到2米，而细胞直径是微米级别的，这意味着DNA在细胞核内肯定是高度折叠的。众所周知，结构决定功能，这样的空间结构势必对于生命体复杂的功能造成了影响。
生信修炼手册
2019-12-19
1.3K
1
使用ROSE鉴定超级增强子
生物基因
ROSE是最经典的超级增强子预测软件，由Richard A. Young大牛团队开发，源代码的网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
5.2K
1
HEDD:增强子疾病相关数据库
生物基因
增强子作为一种重要的基因组顺式作用元件，在转录调控中发挥重要作用，参与很多的生物学过程，当然也包括了疾病的发生与发展。
生信修炼手册
2019-12-19
880
0
HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用
生物基因
HiGlass是一个hi-C数据可视化的web应用，参考UCSC基因组浏览器和juicebox中数据的展示形式，运用D3.js等流行的可视化框架对数据进行展示，基于web技术提升了用户的交互体验，缺点就是需要搭建过程比较繁琐。网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
1.8K
0
FANTOM5:人类增强子数据库
生物基因
是一项国际性的研究项目，创建于2000年，最初的目的是对小鼠全长cDNA序列进行功能注释。随着不断发展，研究的内容在也在转录组学层面不断拓展。
生信修炼手册
2019-12-19
3.5K
0
EnhancerAtlas:人和小鼠的增强子数据库
生物基因
EnhancerAtlas结合三种高通量数据的分析结果来预测人和小鼠中的增强子，该数据库最新版本为v2.0, 网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
1.3K
0
Juicebox:Hi-C数据可视化利器
生物基因
Juicer软件运行之后会得到后缀为hic的结果文件，该文件可以导入到juicebox这个工具中进行可视化。该工具是一款图形界面工具，可以方便的查看和展示Hi-C图谱，从以下链接可以下载该软件
生信修炼手册
2019-12-19
7.7K
0
DENdb:human增强子数据库
生物基因
DENdb采用5种不同的方法对人类不同细胞系中的增强子进行了预测，同时还提供了增强子区域与DNA内切酶超敏位点，转录因子结合区域的overlap信息，该数据库网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
730
0
chip_seq在增强子研究中的应用
生物基因
增强子是真核生物基因组中的一段长度在几十到几千bp之间的DNA序列，可以显著提高靶标基因的转录活性，属于顺式作用元件的一种。
生信修炼手册
2019-12-19
854
0
Epifactors:表观因子数据库
生物基因
对于DNA甲基化，组蛋白修饰，染色质重塑等表观遗传标记分子的研究迅猛发展，在相关领域已经积累了大量的认知。通过对研究表明的参与这些表观遗传机制的蛋白对应的基因，功能进行整理和归纳，构建了Epifactors数据库，网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
476
0
3C的衍生技术简介
图像处理
生物基因
染色质构象捕获技术的发明，使得科学家可以通过实验手段来研究染色质的空间结构。传统的3C技术通量较低，只适用于分析one_vs_one的染色质互作，为了更加高效的进行3D基因组学的研究，科学家们在3C技术的基础上不断推陈出新，衍生出了各种技术，图示如下
生信修炼手册
2019-12-19
882
0
TAD:拓扑关联结构域简介
生物基因
利用更低分辨率的Hi-C基因组互作图谱，科学家对染色质空间结构的了解不断深入。本文主要介绍TAD这种结构，TAD全称如下
生信修炼手册
2019-12-19
5.9K
0
解密Hi-C数据分析中的分辨率
生物基因
Hi-C基于传统的染色质构象捕获技术，在DNA连接时引入生物素标记分子，标记交联的染色质，然后富集带有生物素标记的junction reads, 再结合高通量测序和下游的生物信息学分析，可以在全基因组范围内研究染色质的空间互作关系。
生信修炼手册
2019-12-19
2.5K
0
IHEC:国际人类表观基因组学联盟
生物基因
称之为国际人类表观基因组联盟，由来自多个国家和实验室的团队共同参与，致力于提供一个公开免费的人类表观基因组学图谱，包括了正常人类和各种疾病细胞相关的数据。其公开的数据可以通过以下链接进行访问
生信修炼手册
2019-12-19
714
0
chipBase:转录因子调控网络数据
生物基因
chipBase收集来自GEO,ENCODE数据库中的chip_seq数据，通过对这些原始数据进行分析，致力于构建各种转录因子与非编码RNA, 蛋白编码基因之间的调控网络，网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
2.2K
0
Cistrome DB:人和小鼠的chip_seq数据库
生物基因
Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库，通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始数据，采用统一的分析方法，用bwa比对参考基因组，然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合，做成了在线数据库，整个数据库的构建过程和功能模块示意如下
生信修炼手册
2019-12-19
2.1K
0
ChIP-Atlas:基于公共chip_seq数据进行分析挖掘
生物基因
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据，并基于这些原始数据进行了后续分析，将分析结果整理成在线服务并发布，方便检索与查询，网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
2.7K
0
FactorBook:人和小鼠转录因子chip_seq数据库
生物基因
FactorBook整合了ENCODE数据库中人和小鼠的chip_seq数据，以转录因子为中心，进行了转录因子motif分析, 与其他转录因子或者组蛋白修饰的关联分析，数据库网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
745
3
ENCODE project项目简介
生物基因
ENCODE是Encyclopedia of DNA Elements的缩写，是由美国人类基因组研究中心NHGRI赞助的一项国际化的合作项目，通过整合DNA, RNA，蛋白质，表观修饰等多个层次的数据，旨在建立一个全面的人类基因组数据研究的数据库。
生信修炼手册
2019-12-19
1.6K
0
使用DREME挖掘序列中的de novo motif
生物基因
将contorl对应的序列集合称之为negative sequences, 将另一组称之positive sequences,采用费舍尔精确检验分析motif在positive出现的次数是否比negative中出现的次数更多。
生信修炼手册
2019-12-19
969
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穿越半个世纪，探寻中国数据库50年的发展历程
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