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校准曲线的绘制的小技巧
数据分析
在之前关于列线图的文章中，我们介绍了利用列线图来可视化预后模型，同时也提到了模型性能的几种评估方式，校准度以及校准曲线就是其中一种方式。
生信修炼手册
2022-11-25
940
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batch effect究竟是什么?
批量计算
数据分析
在数据分析中，经常会看到进行batch effect校正的分析，那么batch effect到底是什么，在我们自己的数据中存不存在batch effect, 在做哪些分析之前需要需要进行batch effect的校正，带着这些问题，我们来看下发表在natrure reviews上的一篇描述batch effect的文献，链接如下
生信修炼手册
2022-06-09
513
0
使用tensorflow构建一个卷积神经网络
卷积神经网络
keras
数据分析
打包
本文是对tensforflow官方入门教程的学习和翻译，展示了创建一个基础的卷积神经网络模型来解决图像分类问题的过程。具体步骤如下
生信修炼手册
2021-07-06
680
0
使用tensorflow创建一个简单的神经网络
神经网络
tensorflow
keras
api
数据分析
本文是对tensorflow官方入门教程的学习和翻译，展示了创建一个基础的神经网络模型来解决图像分类问题的过程。具体步骤如下
生信修炼手册
2021-07-06
950
0
深度学习基本概念｜张量tensor
深度学习
编程算法
存储
数据结构
数据分析
深度学习常用于处理图像，文本，语音等数据，在计算机中，需要将这些数据用合适的数据结构来存储。以图像为例，每一幅图像可以看作由像素点构成的二维数组，而每个像素点又可以表示成RGB对应的3元组，经过这样的嵌套之后，每一幅图像实际上变成了一个高阶数组, 图示如下
生信修炼手册
2021-07-06
793
0
神经网络简介
神经网络
深度学习
机器学习
人工智能
数据分析
Artificial Neural Network, 缩写ANN, 简称为神经网络，在机器学习，尤其是深度学习领域广泛应用。
生信修炼手册
2021-07-06
755
0
深度学习基本概念｜卷积和池化
机器学习
深度学习
人工智能
神经网络
数据分析
由卷积层，池化层，全连接层等各种类型的结构构成。在图像处理等领域，与普通的深度神经网络相比，CNN拥有更好的处理效果。CNN中有两层结构是其特有的
生信修炼手册
2021-07-06
1.3K
0
回归模型评估指标
数据分析
考虑到正负误差在求和时会出现抵消的情况，所以使用了绝对值。这个指标本身的绝对大小并没有意义，需要在不同模型之间进行相对比较才有意义，当然，越小说明模型拟合的效果越好。
生信修炼手册
2021-05-27
1.9K
0
核密度估计KDE
数据分析
1. 参数估计，根据经验假设数据符合某种特定的分布，然后通过抽样的样本来估计总体对应的参数，比如假设高斯分布，通过样本来估计对应的均值和方差
生信修炼手册
2021-04-29
2.2K
0
LLE降维算法
编程算法
数据分析
流形分析的要点在于降维之后，仍然保留流形中的某些几何属性。之前介绍的isomap保留了测地距离这一几何属性，由于考虑的是全局关系，对于样本量大，维度非常高的数据，计算量很大。本片文章的主角LLE算法，保留的是局部样本点之间的线性关系，算法复杂度低，运行速度更快。LLE全称如下
生信修炼手册
2021-04-29
825
0
isomap降维算法
编程算法
数据分析
降维算法分为线性和非线性两大类，主成分分析PCA属于经典的线性降维，而t-SNE, MDS等属于非线性降维。在非线性降维中，有一个重要的概念叫做流形学习manifold learing。
生信修炼手册
2021-04-29
887
0
LDA线性判别分析
编程算法
数据分析
线性判别分析，全称是Linear Discriminant Analysis, 简称LDA, 是一种属于监督学习的降维算法。与PCA这种无监督的降维算法不同，LDA要求输入数据有对应的标签。
生信修炼手册
2021-04-14
729
0
奇异值分解SVD
数据分析
编程算法
矩阵分解在机器学习领域有着广泛应用，是降维相关算法的基本组成部分。常见的矩阵分解方式有以下两种
生信修炼手册
2021-04-14
826
0
使用PCA算法对原始数据降维
数据分析
编程算法
PCA是Principal components analysis的简称，叫做主成分分析，是使用最广泛的降维算法之一。所谓降维，就是降低特征的维度，最直观的变化就是特征的个数变少了。当然，不同于特征筛选，这里的降维主要是通过高维空间向低维空间投影来实现的，图示如下
生信修炼手册
2021-04-14
1.3K
0
K-means聚类：原理简单的聚类算法
聚类算法
编程算法
机器学习
监督学习
数据分析
对于监督学习而言，回归和分类是两类基本应用场景；对于非监督学习而言，则是聚类和降维。K-means属于聚类算法的一种，通过迭代将样本分为K个互不重叠的子集。
生信修炼手册
2021-03-25
1.5K
0
DBSCAN聚类算法详解
数据分析
编程算法
Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise
生信修炼手册
2021-03-24
976
0
OPTICS聚类算法详解
编程算法
数据分析
DBSCAN算法对于邻域半径eps和最小样本数minPoints这两个参数比较敏感，不同的参数取值会产生不同的聚类效果。为了降低参数设置对聚类结果造成的不稳定性，在DBSCAN算法的基础上，提出了OPTICS算法，全称如下
生信修炼手册
2021-03-24
2.3K
0
朴素贝叶斯：基于概率论的分类模型
神经网络
机器学习
深度学习
人工智能
数据分析
朴素贝叶斯是建立在贝叶斯定理上的一种分类模型，贝叶斯定理是条件概率的一种计算方式，公式如下
生信修炼手册
2021-03-10
755
0
使用biopython可视化染色体和基因元件
对象存储
数据结构
数据分析
基因组结构元件的可视化有多种方式，比如IGV等基因组浏览器中以track为单位的展示形式，亦或以circos为代表的圈图形式，比如在细胞器基因组组装中，基因元件常用圈图形式展示，示例如下
生信修炼手册
2021-01-11
930
0
使用biopython查询NCBI数据库
数据库
sql
python
数据分析
NCBI网站是最常用的生物信息数据库之一，集成了pubmed,genebank等子数据库。最简便的用法当然是直接在网站上检索，为了方便检索，NCBI提供了自己的检索系统，称之为Entrez。
生信修炼手册
2021-01-11
1.2K
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