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  • 一文解决如何提取TCGA配对表达矩阵

    一般来说,TCGA差异分析或者其他分析时,使用的是包含所有肿瘤样本和正常样本。但是,一般情况下,多数类型的TCGA肿瘤类型是肿瘤远远多于正常样本数量。这是因为有...

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  • 科研绘图系列:(4)使用PPT绘制蛋白质序列

    第二步:右键选择填充颜色,设置为清灰色;插入新的矩形,选择不带弧度角的矩形;设置颜色为#E64B35。

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  • 不同序列相似度和一致度对比(全局比对和局部比对)

    两条长度不同的序列做全局比对,然后计算全局比对中一致字符的个数和相似字符的个数,再除以全局比对的长度,就可以得到它们的一致度和相似度了。比如下面这两条序列:

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  • 蛋白质二级结构预测

    连接螺旋和折叠结构 常位于蛋白结构表面,多为带点和极性氨基酸 常为活性位点组成部分

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  • 蛋白质三维结构预测(MODELLER、单模板)(上)

    该软件有windows, mac, linux版本,下载后安装的时候需要提供注册码,不用担心,先在https://salilab.org/modeller/re...

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  • 安装免费版pymol

    Pymol是一个开源项目,现在由Schrödinger开发、支持和管理,现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版,还有开源版。除了开源版和教学版外...

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  • 使用IBS绘制蛋白质或核苷酸序列

    简介:生物序列图是可视化蛋白质或核苷酸序列中各种功能元件的基础。 在这里,我们介绍了一个称为IBS的软件包,该软件包可用于以方便和精确的方式表示蛋白质或核苷酸序...

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  • 如何将R语言普通矩阵转换为非负矩阵

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  • 如何预测蛋白质三维结构(SWISS-MODEL)

    根据对天然蛋白质结构与功能分析建立起来的数据库里的数据,可以预测一定氨基酸序列肽链空间结构和生物功能;也可以通过分子动力学、分子热力学等,根据能量最低、同一位置...

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  • R语言meta分析(9)连续数据的meta分析

    本文将介绍用R软件的meta数据包介绍连续数据资料的Meta分析。meta数据包提供分析连续数据的命令是: metacont(),能够计算连续型资料的固定效应值...

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  • 查询基因的核苷酸序列和蛋白的氨基酸序列

    (1)在pubmed gene数据库选择输入想要查询的基因,点击search即可。

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  • 查询蛋白结构域

    蛋白质三级结构的基本结构单位是结构域。一个蛋白质可以只包含一个结构域也可以由 几个结构域组成,故结构域是能够独立折叠为稳定的三级结构的多肽链的一部分或全部。结构...

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  • 用R代替简单的cytoscape绘图需求

    之前,我一般都是首选cytoscape软件,将数据导入cytoscape以后,就可以绘图。但是cytoscap的缺点是:第一个cytoscape软件下载和运行占...

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  • 科研绘图系列:(3)使用PPT绘制免疫系统细胞(二维)

    我们大致可以将细胞分为4类: 第一类,比较规律的椭圆或者圆形的细胞,T细胞和B细胞 第二类,细胞外形近似椭圆但是同时细胞核非椭圆的细胞,例如巨噬细胞,中性粒...

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  • 科研绘图系列:(2)使用PPT绘制菌落和培养皿

    1、打开PPT,新建一页新的ppt。 2、选项“插入”,选择“形状”,找到基本形状里面的同心圆(圆,空心)。 3、右键设置大小,选择宽度和高度都为9CM。

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  • 科研绘图系列:(1)使用PPT绘制各类细胞

    如上所示,这是最常见的细胞,我们可以看出这样的通用细胞,大约是一侧比另外一侧略微宽或者窄的椭圆。

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  • R语言之可视化(32)之ggtext:提高ggplot2的文本呈现

    该ggtext软件包为ggplot2 提供了富文本(基本HTML和Markdown)支持。 富文本可用于图注解(图标题,字幕,标题,轴标签,图例等)中并可视化文...

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  • 优化差异基因分析的三板斧

    由于我经常下载和分析geo数据集,而由于geo数据集上的数据分布不一,标准不统一。经常会遇到的难题是,差异分析结果并不满意,包括:1差异基因太少,一个数据集坐下...

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  • R语言之可视化(31)扫地僧easystats(2)相关性分析

    相关性是一个专注于相关性分析的easystats软件包。 它轻巧,易于使用,并允许计算许多不同类型的相关性,例如偏相关性,贝叶斯相关性,多级相关性,或Shepe...

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  • 寻找核心基因+子网络

    一般做完差异基因,或者使用其他方法找到想要的biomarker时,想要知道这些基因的调控网络,或者哪些基因在调控网络中处于核心位置,比较常见的方法就是wgcna...

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