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R语言日常笔记(1)filter函数

在处理数据时,过滤数据是最基本的操作之一。 如果想删除一部分无效或者根本不感兴趣的数据。 dplyr有filter()函数来做这样的过滤。 使用dplyr,可以...

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R语言日常笔记(2)distinc函数

从结果发现d1也就是用match的速度非常快! 而在tidyverse方法中, d3的summarize显然更好。

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重复一篇3分左右纯生信文章(第二部分)

使用单变量Cox模型计算每个lncRNA的表达水平与患者的总体存活(OS)之间的关联。当其P值小于0.05时,lncRNA在单变量Cox分析中被认为是统计学上显...

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GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)

生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的...

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一文解决TCGA任意肿瘤的差异lncRNA,miRNA,mRNA

首先对TCGA的RNA表达预处理,筛选掉其中的低表达基因(count<10)进行预处理。根据GENCODE Release 29(GRCh38.p12)(htt...

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如何预测miRNA靶基因(miRWalk2.0数据库)

miRWalk2.0是miRWalk数据库的改进版本。 miRWalk2.0可以提供最全面的预测和实验验证的miRNA-mRNA相互作用,可以极大地帮助研究者对...

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重复一篇3分左右纯生信文章(第一部分)

这一次要分享的文章题目是:Five key lncRNAs considered as prognostic targets for predicting pa...

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R语言网状Meta 分析-原理和实战

近年来基于严格设计的随机对照试验(RCT)已经被公认为评价干预措施疗效的最佳手段,这种比较所采用的针对两组研究结果比较的定量综合方法,被称为传统的 Meta 分...

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一文解决基本科研绘图需求(可视化神器ggstatsplot)(1)(概述)

ggstatsplot是ggplot2包的扩展,主要用于创建美观的图片同时自动输出统计学分析结果,其统计学分析结果包含统计分析的详细信息,该包对于经常需要做统计...

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Python数据处理从零开始----第四章(可视化)(15)制作签名

通过简单的代码我们就可以达到下面的效果,成功的将拍摄的签名转化为电子版本的手写签名。

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R语言绘制绘制ROC和PR曲线(总结)

(1)总结常用的绘制ROC和PR曲线的R包 (2)生存预测模型的时间依赖性ROC曲线

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R语言之可视化(25)绘制相关图(ggcorr包)

相关矩阵显示相对大量连续变量之间的相关系数。 然而,虽然R提供了一种通过cor函数创建这种矩阵的简单方法,但它没有为该函数创建的矩阵提供绘图方法。ggcorr函...

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一文解决RNA测序资料的差异

本文目标: (1)使用edger包做TCGA数据库RNA-seq数据差异分析 (2)使用deseq包做TCGA数据库RNA-seq数据差异分析 (3)使用...

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一文解决大量基因的生存分析并作图

这两篇纯生信文章都是对单个基因或者所有单个marker做生存分析,目的是找到其中能够影响患者生存的marker或者基因(包括miRNA,lncRNA,mRNA等...

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R语言新神器visdat包(一行代码看穿整个数据集)

通过经典的airquality数据集(其中包含有关1973年5月至9月纽约每日空气质量测量的信息)展示vis_dat()的功能。

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