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备忘:Pymol补全蛋白质氨基酸

为了能够调整两个结构到同一个坐标体系,这个时候就需要使用Pymol软件中的align命令了,也可以使用鼠标来实现。选中需要被align的结构...

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从pdb文件中提取蛋白质序列

https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/soupir.html

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pdbsplit将多个chain的pdb文件分割

因此我们将2H8L分割成三个pdb文件。 [1] "split_chain/2H8L_A.pdb" "split_chain/2H8L_B.pdb" "spl...

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R语言整理string数据库

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R语言教程,去除重复的蛋白质、基因互作关系

有的时候,蛋白质互作关系会出现重复,比如说我们有两列数据框,蛋白质a和蛋白质b可能会出现多次。

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使用R语言绘制string蛋白互作图

STRING(https://www.string-db.org)是已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用的数据库。交互包括直接(物理)关联和间接(功能)关联。数据...

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R语言meta分析(10)功能强大的metafor

Metafor 程序包由Viechtbauer 开发,除可完成 二分类及连续性变量的Meta 分析外,还可行Meta 回归分析、累积Meta 分析及对发表偏倚的...

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寻找疾病相关基因(1)genecards数据库

genecards数据库是一个汇总了150个网络数据库的基因功能查询数据库。通过这个数据库我们不仅可以查询到一个基因各个方面的基本功能。而且还可以查询疾病相关的...

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R语言几行代码拼接pdf文件

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R语言之可视化(33)绘制差异基因分析统计图

基于此,就可以得到一张专门展示多个数据集差异分析结果统计的图,红色为每个数据集上调的基因数目。绿色为下调的基因数目。

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三阴性乳腺癌提取和分析

三阴性乳腺癌是指癌组织免疫组织化学检查结果为雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和原癌基因Her-2均为阴性的乳腺癌。这类乳腺癌占所有乳腺癌病理类型的10.0...

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单基因生信分析流程(6)单基因相似性分析

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解决word图片模糊问题

点击左上角的“文件”按钮,在弹出菜单中,点击“选项”。在弹出的“选项”窗口中选择“高级”,在“图像大小和质量”的选项中可以找到“不压缩文件中的图像”这个选项。该...

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一文解决大批量基因相关性分析

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网络药理学TCMSP数据库

在TCMSP中选择“Herb name”检索得到海藻、黄 芪、丹参、熟地黄、鱼腥草、荆芥穗的分子ADME参数信 息,由于该数据库尚未收录牡蛎相关的分子信息,故通...

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如何简单几步来一键修改参考文献格式

偶尔会遇到投文章给杂志社时,发现该杂志的参考文献格式并没有录入到NoteExpress中。比如说,该杂志要求只显示前三个作者,要求显示引用文章的年份和日期,要求...

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一文解决如何提取TCGA配对表达矩阵

一般来说,TCGA差异分析或者其他分析时,使用的是包含所有肿瘤样本和正常样本。但是,一般情况下,多数类型的TCGA肿瘤类型是肿瘤远远多于正常样本数量。这是因为有...

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科研绘图系列:(4)使用PPT绘制蛋白质序列

第二步:右键选择填充颜色,设置为清灰色;插入新的矩形,选择不带弧度角的矩形;设置颜色为#E64B35。

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不同序列相似度和一致度对比(全局比对和局部比对)

两条长度不同的序列做全局比对,然后计算全局比对中一致字符的个数和相似字符的个数,再除以全局比对的长度,就可以得到它们的一致度和相似度了。比如下面这两条序列:

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蛋白质二级结构预测

连接螺旋和折叠结构 常位于蛋白结构表面,多为带点和极性氨基酸 常为活性位点组成部分

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