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《实用医学统计学与SAS应用》学习笔记 | 绪论
编程算法
统计学的概念：统计学是一门处理数据中变异性的科学与艺术，内容包括收集，整理，分析，解释和表达数据，以获得可靠的结果。
生信修炼手册
2023-03-09
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文献阅读|Nomograms列线图在肿瘤中的应用
编程算法
列线图，也叫诺莫图，在肿瘤研究的文章中随处可见，只要是涉及预后建模的文章，展示模型效果除了ROC曲线，也就是列线图了。那么列线图究竟是什么，列线图怎么得到，从图中我们可以得到哪些信息，带着这些问题，我们来阅读下面的这篇文献，地址如下
生信修炼手册
2022-06-09
2.2K
0
绘制cox生存分析结果的森林图
编程算法
每一行表示一个study，用errorbar展示log odds ratio值的分布，并将p值和m值标记在图中。森林图主要用于多个study的分析结果的汇总展示。
生信修炼手册
2022-06-09
2K
0
冲击图和桑基图，傻傻分不清楚！
编程算法
在之前的文章中，我们介绍了桑基图的可视化原理，而冲击图作为桑基图的一个子类，其展示的信息和桑基图基本一致，只不过在输入数据的格式上要略作调整。
生信修炼手册
2022-06-09
1.3K
0
好看的桑基图是如何炼成的！
https
javascript
java
网络安全
编程算法
Sankey Diagram, 也叫做桑基图，是一种展示数据流的可视化方式，一张典型的桑基图示例如下
生信修炼手册
2022-06-09
1.5K
0
ConsensusClusterPlus， 一步到位的一致性聚类！
编程算法
在之前的文章中分享了一致性聚类的原理，本文介绍下如何用R语言进行分析。ConsensusClusterPlus这个R包，就是专门用于一致性聚类分析的，为了简化调用，甚至将所有的步骤都封装到了一个函数里面，所以其使用方法非常的简单，一共三步
生信修炼手册
2022-06-09
5.4K
0
巧用热图展示基因分布的总体趋势
编程算法
热图是最常见的基因表达量数据的可视化方式，将每个单元格的表达量按照数值高低映射为不同的颜色，可以直观展示表达量在不同样本间的分布，再综合聚类的结果和基因/样本的注释信息，进一步丰富了展示的信息，一个经典的热图如下
生信修炼手册
2022-06-09
1.2K
0
使用sva包处理批次效应
批量计算
编程算法
需要注意的是，在校正批次效应之前，表达量数据必须经过归一化操作，而且去除了缺失的基因，比如在80%的样本中没有表达量的基因。
生信修炼手册
2022-06-09
2.1K
0
背景校正，芯片预处理的第一步！
编程算法
硬件开发
对于芯片数据而言，在分析之前，需要先进行背景校正background correct。所谓背景校正，其本质上都是一个减法，将总体信号看做由探针特异性的结合信号(真实信号)和非特异性结合(噪声信号)两部分组成，背景校正的工作就是从总体信号中减去噪声信号，从而得到真实信号。
生信修炼手册
2022-04-18
616
0
深度学习基本概念｜张量tensor
深度学习
编程算法
存储
数据结构
数据分析
深度学习常用于处理图像，文本，语音等数据，在计算机中，需要将这些数据用合适的数据结构来存储。以图像为例，每一幅图像可以看作由像素点构成的二维数组，而每个像素点又可以表示成RGB对应的3元组，经过这样的嵌套之后，每一幅图像实际上变成了一个高阶数组, 图示如下
生信修炼手册
2021-07-06
798
0
机器学习专题
编程算法
聚类算法
scikit-learn
分类算法
线性回归
随着人工智能的火热，机器学习和深度学习技术再一次进入了大众的视野。python的scikit-learn模块专注于机器学习领域，提供了数据集构建，数据预处理，模型算法，效果评估等各个环节的接口，是入门机器学习的最佳模块。
生信修炼手册
2021-07-06
326
0
前馈神经网络与反向传播算法
编程算法
神经网络
机器学习
深度学习
人工智能
在上述网络中，信号从输入层开始，经过线性组合和激活函数的处理，输入到下一层的神经元，信号依次经过各个隐藏层的处理，最终输出到输出层，这样的信号传递是一个正向传递的过程，这种结构的神经网络称之为前馈神经网络。
生信修炼手册
2021-07-06
1.2K
0
聚类模型评估指标之外部方法
编程算法
聚类算法的理想结果是同一类别内的点相似度高，而不同类别之间的点相似度低。聚类属于无监督学习，数据没有标签，为了比较不同聚类模型的好坏，我们也需要一些定量的指标来进行评估。根式是否提供样本的标签信息，相关的指标可以分为以下两大类
生信修炼手册
2021-05-27
2.4K
0
异常点检测算法
编程算法
决策树
机器学习
神经网络
在进行机器学习建模之前，首先要对数据中存在的异常点样本进行过滤，异常点，也叫做离群点，对数据的归一化，以及后续建模的准确性都会造成影响。因此，必须先去除异常点，常用的有以下3种策略
生信修炼手册
2021-04-29
857
0
LLE降维算法
编程算法
数据分析
流形分析的要点在于降维之后，仍然保留流形中的某些几何属性。之前介绍的isomap保留了测地距离这一几何属性，由于考虑的是全局关系，对于样本量大，维度非常高的数据，计算量很大。本片文章的主角LLE算法，保留的是局部样本点之间的线性关系，算法复杂度低，运行速度更快。LLE全称如下
生信修炼手册
2021-04-29
829
0
isomap降维算法
编程算法
数据分析
降维算法分为线性和非线性两大类，主成分分析PCA属于经典的线性降维，而t-SNE, MDS等属于非线性降维。在非线性降维中，有一个重要的概念叫做流形学习manifold learing。
生信修炼手册
2021-04-29
896
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使用t-SNE算法进行可视化
编程算法
t-Distributed Stochastic Neighbor Emdedding
生信修炼手册
2021-04-15
871
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LDA线性判别分析
编程算法
数据分析
线性判别分析，全称是Linear Discriminant Analysis, 简称LDA, 是一种属于监督学习的降维算法。与PCA这种无监督的降维算法不同，LDA要求输入数据有对应的标签。
生信修炼手册
2021-04-14
735
0
非负矩阵分解NMF
编程算法
图像处理
non-negative matrix factorization，简写为NMF, 翻译为非负矩阵分解，属于矩阵分解的一种算法。在特征分解，SVD等传统的矩阵分解技术中，分解后的矩阵会出现负值，但是负值在实际场景中是没有意义的，比如在图像处理领域，图像是由像素点构成的矩阵，每个像素点由红，绿，蓝的比例构成，这些数值都是非负数，在对分解处理得到的负值并没有实际意义。
生信修炼手册
2021-04-14
1.1K
0
MDS多维尺度分析
编程算法
MDS是一种常用的降维算法，其基本思想是保证高维空间映射到低维空间之后，样本间的相对距离基本不变。
生信修炼手册
2021-04-14
1.5K
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