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生信分析网站（生存分析）

差异分析，无论是Oncomine，GEPIA，还是UALCAN、HPA数据库，都不需要R语言编写代码，容易上手，基本上一个星期甚至更短的时间就可以搞定，属于菜鸟...

芒果先生聊生信 2020-08-112020-08-11 21:39:49

数据库、sql、http、https、网络安全

生信分析网站（相关性分析）

在差异分析的前提下，表型分析成为重点内容，也是可以玩出花样的地方。生存分析是非常常见的表型分析。与生存分析相比，相关性分析是另外一个常见的表型分析。相关性包括表...

芒果先生聊生信 2020-08-112020-08-11 21:39:34

数据库、sql、http、https、网络安全

生信分析网站（免疫浸润分析）

生存分析是非常常见的表型分析。与生存分析相比，相关性分析是另外一个常见的表型分析。相关性包括表达与病理分期、治疗手段、年龄、种族、吸烟、突变、性别、共表达等因素...

芒果先生聊生信 2020-08-122020-08-12 14:32:38

http、数据库、sql、https、网络安全

生信分析网站（基因组学分析）

根据我们的整理，差异分析是基础，生存分析和相关性分析是表型，免疫浸润分析是对表型的阐释，兼有表型和机制两种作用，但并不是真正意义上的机制探究。通常意义上的机制一...

芒果先生聊生信 2020-08-122020-08-12 14:32:53

http、https、网络安全、数据库、sql

GEPIA：点点鼠标就能分析TCGA数据

随着公共数据库的建立和开放，越来越多的研究者可以接触到测序数据，非常适合我们这种“三无”研究者（无课题，无经费，无文章）运用公共数据找点事情干，可以是另辟蹊径从...

微点 2019-05-082019-05-08 10:14:36

数据库、sql、数据分析、express

GEPIA做相关性分析（临床意义）

GEPIA是北京大学张泽民教授实验室的唐泽方等人通过 R 、Perl等语言对数据进行处理、可视化而设计的癌症大数据分析网站。分析内容包括肿瘤/正常差异表达谱分...

芒果先生聊生信 2020-07-142020-07-14 17:35:44

数据库、sql

GEPIA2详解（中国智造-肿瘤数据库）

GEPIA2 是北京大学张泽民老师实验室开发的一个网站，能够对TCGA和GTEx项目共9736个肿瘤样本、8587个正常样本的RNA－seq表达数据进行分析。目...

生信技能树 2020-03-312020-03-31 14:53:39

网站、express

KEGG pathway 数据库

pathway 建立在ko 数据库的基础上，基于我们对生命活动中的分子相互作用和化学物质的反应的认识，构建了复杂的调控网络，采用通路图的形式，进行展示。

生信修炼手册 2020-05-092020-05-09 16:55:08

数据库、sql、http

KEGG 数据库｜是，但绝不只是 pathway

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

生信菜鸟团 2025-06-242025-06-24 08:55:24

数据库、集合、数据、网络、系统

TCGA和GTEx数据库基因表达分析资源：GEPIA

GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis) web服务器是2017年推出的，是基于TCGA和G...

作图丫 2022-03-292022-03-29 11:28:00

express、数据库、sql

STRING网站：蛋白互作分析的高效利器

小洁老师课上用到的是STRING数据库，所以这期我们一起来看一下如何使用STRING网站，得到蛋白互作分析结果

生信菜鸟团 2025-06-132025-06-13 12:47:46

网站、string、数据、网络、数据库

STRING：蛋白相互作用数据库的使用

昨天我们介绍了一些网络分析当中用到的一些基础的知识（相互作用网络分析基础）。对于基因组数据分析而言的话，我们能用到网络分析的就是蛋白相互作用分析(protein...

医学数据库百科 2020-06-012020-06-01 15:39:03

生物基因

基因相互作用网络string数据库

如果有几十个基因或是蛋白，我想制作一个它们间的互作网络图，是不是特别难？我们这种菜鸟级别的，是不是做不了。答案是否定的，现在主流使用R语言来做，但也有很多在线网...

生信交流平台 2020-08-062020-08-06 14:26:23

数据库、sql、编程算法

甲基化的一些基础知识

同样的策略，我们也可以应用到其它领域的知识背景快速学习，比如我们的lncRNA系列，miRNA系列，现在我们一起学习一下DNA甲基化吧。

生信技能树 2020-02-202020-02-20 15:02:57

硬件开发、数据分析

ENCODE V5 | 基因组调控预测数据库

之前我们介绍过关于[[ENCODE-转录调控必知数据库]]这个数据库。目前这个数据库更新到了V 5.0的版本。基本界面也发生了变化。所以这里就重新来介绍一下关于...

医学数据库百科 2022-05-172022-05-17 09:07:03

编程算法、云推荐引擎、数据库、sql

转录调控必知数据库：ENCODE

之前我们在介绍很多转录调控相关的数据库的时候，都会提到这些数据库包含了ENCODE数据库。那么ENCODE数据库是什么样的数据库呢？

医学数据库百科 2020-10-272020-10-27 16:42:58

编程算法、数据库、数据处理、sql、数据分析

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