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转录调控是一种重要的调控机制,转录因子对基因的表达调控是其中研究的最广泛的一个领域。研究转录因子,最经典的数据库就是TRANFAC数据库,网址如下
转录因子(Transcription Factors, TFs)指能够以序列特异性方式结合DNA并且调节转录的蛋白质。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色...
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kallisto等alignment-free转录本定量软件,会给出TPM值的定量结果。基于这种类型的结果进行差异分析时,有两种策略可以选择。
我们有很多学徒数据挖掘任务,已经完成的目录见:学徒数据挖掘专题半年目录汇总(生信菜鸟团周一见) 欢迎大家加入我们的学习团队,下面看FPKM文件后该怎么下游分析
bioBakery是NIH人类微生物组计划实施过程中开发的部分软件和使用教程的集合,主要由哈佛大学的Huttenhower实验室开发。提供了16S, 宏基因组,...
如果你也有上述需求,那么一个R包推荐给你,发表在Nucleic Acids Res. 2014 Sep的The multiMiR R package and d...
本文作者:姜晓东,博士毕业于上海交通大学,目前任教于湖南师范大学医学院,专业神经毒理学。 流行病学的数据讲究“三间分布”,即人群分布、时间分布和空间分布。其中...
虽然现在我们使用的大多数软件都是可视化的,很容易上手,但是这并不代表 CLI(命令行)应用就没有用武之地了,特别是对于开发人员来说,还是会经常和 CLI 应用打...
大家好,今天我们来讲一讲用R做森林的方法。森林图在R中最方便的实现方法是使用“forestplot”包。
大家对主成分分析(principal components analysis, PCA) 都很熟悉,但是今天我们来介绍下主坐标分析(principal coor...
编者按:上个月菌群月坛,在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验,不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识,更使我手上一个关于菌根的课题有极大的启示。这么好...
circNet是一个环状RNA的数据库,不仅收录了cirRNA的基本信息,还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的c...
RNAcentral是由EBI开发的一个非编码RNA数据库,整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多个数据库中...
miRTarBase是一个手工收集的,经过实验验证过的miRNA靶基因数据库,网址如下
miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库,收录了人,小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息,和mirDIP类似,也是一个整合型数据库,整合了来自miRD...
哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区,从而发挥转录后调控作用。TargetScan是一个专门分析哺乳动物miRNA靶基因的软件,并且根据已有的...
在SNP研究领域,通过GWAS或者eQTL等手段,发现了大量与疾病或者某种复杂性状相关的SNP位点,而这些SNP的具体功能还需要进一步分析和挖掘。有科学家发现,...
那个时候举例使用的是bowtie2软件比对miRNA的reads到miRBase里面的miRNA序列文件,以及hg38参考基因组,两个策略。后来也看了看很多公司...
Kind(Kubernetes in Docker) 是一个 Kubernetes 孵化项目,Kind 是一套开箱即用的 Kubernetes 环境搭建方案。顾...
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TA 很懒,什么都没有留下╮(╯_╰)╭