GlimmerHMM在基因预测中产生“分割错误”错误
提问于 2017-11-13 05:25:23
我正在尝试用GlimmerHMM进行基因预测。训练模型已成功完成，但在预测过程中出现了“分割错误”。
command : glimmerhmm_linux_x86_64 input.fasta -d Directory -o glimmer_results.gff -g
回答 1
Unix & Linux用户
发布于 2017-11-13 06:44:47
我不熟悉这个项目，但也许这篇文章能帮到你.
我想你指的是这个程序微光下载页面。
如果是这样..。您是从源代码编译程序，还是设法获得预编译的64位版本？
当我在机器上运行没有任何选项的编译程序时，我会得到这样的选项菜单：
USAGE: ./glimmerhmm <genome1-file> <training-dir-for-genome1> [options]
Options:
-p file_name If protein domain searches are available, read them from file file_name
-d dir_name Training directory is specified by dir_name (introduced for compatibility with earlier versions)
-o file_name Print output in file_name; if n>1 for top best predictions, output is in file_name.1, file_name.2, ... , file_name.n f
-n n Print top n best predictions
-g Print output in gff format
-v Don't use svm splice site predictions
-f Don't make partial gene predictions
-h Display the options of the program该程序的“使用”菜单似乎与您的命令行选项列表匹配。
所以有几种可能性：
- 不知怎么的，这个程序的构建出了问题，不能正常运行.图书馆不见了什么的。
- 没有名为
Directory的目录，而是需要指定类似于~/my_training_directory的内容。 - 您正在尝试在32位计算机上运行64位程序。
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原文链接：
https://unix.stackexchange.com/questions/404246
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