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使用单细胞技术发文章不要纠结于样品数量
数据挖掘
机器学习
论文
模型
数据
所以，现在很容易看到动辄几百个样品的单细胞课题，比如2021年初的来自中国39家研究所和医院的研究人员携手合作，深入分析了新冠病毒（SARS-CoV-2）感染后的免疫反应。他们对来自196例新冠肺炎（COVID-19）患者及对照的284个样本（总共146万个细胞）进行了单细胞RNA测序，发表于Cell主刊，题目为“COVID-19 immune features revealed by a large-scale singlecell transcriptome atlas**”。又或者是2023年9月的题为“An invasive zone in human liver cancer identified by Stereo-seq promotes hepatocyte–tumor cell crosstalk, local immunosuppression and tumor progression”的研究论文，利用Stereo-seq和scRNA-seq两种技术，其中仅仅是Stereo-seq就有共计98张切片，如果市场价5万，这个就是500万经费啦，当然了，真实收费可能是一两万就足够了，即使是这样的内部价也是一两百万科研经费哦。
生信技能树
2023-09-04
306
0
很容易解释的单细胞机器学习分类树
决策树
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
无论是随机森林，LASSO回归，还是支持向量机， 他们的模型都是有点抽象，不容易直观的可视化解释清楚。但是接下来我们要介绍的决策树模型，就不一样。
生信技能树
2023-02-28
533
0
不输于LASSO的SVM单细胞分类器
编程算法
jupyter notebook
开源
机器学习
索性就把各种其它机器学习算法都演示一遍吧，接下来是支持向量机，因其英文名为support vector machine，故一般简称SVM，五年前我就在咱们生信技能树公众号分享过它的用法，见：一文掌握SVM用法（基于R语言） ，如果要完全理解SVM原理及算法，还需要理解 线性回归，最小二乘法，逻辑回归，线性分类器，线性可分，核函数，损失函数。。。。。。
生信技能树
2022-12-16
512
0
LASSO回归也可以用来做单细胞分类
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
jupyter notebook
首先，复制粘贴前面的 一个完美的单细胞亚群随机森林分离器是如何炼成的 ，就可以拿到上面代码里面的两个rdata文件哈，然后得到的 rf_importances 这个数据里面有各个单细胞亚群对应的基因。
生信技能树
2022-12-16
792
0
一个完美的单细胞亚群随机森林分离器是如何炼成的
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
jupyter notebook
虽然两个CD4的T细胞其实大量共享高表达量基因，两个单核细胞也是如此，而CD8和NK也是如此，所以它们的AddModuleScore打分也是有些微混杂，不过最重要的问题是我们的可视化并没有体现出来AddModuleScore打分是否是足够好的分类器。
生信技能树
2022-12-16
552
0
基于支持向量机模型的TNBC的分子亚型预测
企业
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！有做ngs实战整理的，也有做临床数据挖掘算法工具介绍的。今天分享的是复旦大学和西北民族大学小伙伴合作的笔记
生信技能树
2022-06-27
731
0
各种癌症都有自己的细分亚型（数据挖掘可以更进一步）
https
网络安全
编程算法
机器学习
神经网络
比如是乳腺癌，你可以看lumA,lumB,basal,HER2 等亚型，其中TNBC可以继续细分为3~7种亚型，当然了，现在有了单细胞转录组数据的加持，细胞亚型会越来越清晰。如果要整合多组学数据，分类也会更加复杂。
生信技能树
2021-11-25
2.3K
0
小鼠免疫微环境分析方法调研
学习方法
https
机器学习
神经网络
目前，越来越多的研究者通过构建小鼠疾病或者癌症模型，研究癌症发病机制。因此，对小鼠免疫微环境分析需求越来越多。所有检测不同细胞类型所占比例的方法主要原理是，构建特征基因集，然后利用机器学习方法或者反卷积方法对所测RNA-seq数据进行分析，确定其不同细胞类型比例，因此这种方法也对阈值选择比较敏感。
生信技能树
2021-11-23
1.8K
1
纵论空间转录组前世今生
数据分析
开源
数据库
sql
机器学习
近年来，空间基因表达技术得到了迅速的发展，其中最成熟的商业化平台是来自10X Genomics的Visium，它们允许我们在形态学背景下进行基因表达谱分析。空间转录组被Nature杂志评为2020年度技术，一时间风光无两。其实回顾起来，我们对生物体内空间或原位信息上的痴迷一点也不亚于对宇宙的好奇。技术允许的早期我们就开始这样做了。
生信技能树
2021-10-22
926
0
用BayesSpace提高分群和基因分辨率
https
机器学习
网络安全
最近开发的空间基因表达技术，如空间转录组学可以在保留空间背景的同时，全面测量转录组谱。然而，现有的空间基因表达数据分析方法往往不能有效利用空间信息，不能解决技术分辨率有限的问题。
生信技能树
2021-10-21
660
0
药物预测R包之oncoPredict
数据库
sql
编程算法
机器学习
神经网络
现在我们可以尝试一下使用R包之oncoPredict对你的表达量矩阵进行药物反应预测啦！
生信技能树
2021-10-12
10.1K
5
机器学习or深度学习，都不可错过的开源库AutoGluon
机器学习
神经网络
人工智能
深度学习
有意思的是福建医科大学的一位小伙伴并没有走我的ngs之路，反而去琢磨机器学习人工智能啦，也开始投稿！
生信技能树
2021-07-06
2.8K
0
lncRNA组装流程的软件介绍之lncFinder
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
LncFinder是一种新的lncRNA识别工具。基于六聚体的对数距离，多尺度结构信息和从快速离散傅立叶变换获得的理化特征。为了确定最佳分类器，使用10倍交叉验证对五种广泛使用的机器学习算法进行了验证：逻辑回归，支持向量机（SVM），随机森林，极限学习机器和深度学习。最终选择SVM作为LncFinder的分类器。经过全面的功能选择和模型验证方案的评估，LncFinder在多个物种上的表现优于几种最先进的工具。用户可以轻松，高效地使用新的数据集或不同的机器学习算法对LncFinder进行重新训练。
生信技能树
2021-07-06
994
0
跟着生信技能树，学习 CIBERSORT
https
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
首先有一些背景知识需要了解（特别是一些算法），但是我的理解方法特别粗暴，不知道Jimmy老师会不会打我。当然了，如果是原始的CIBERSORT R脚本 https://rdrr.io/github/singha53/amritr/src/R/supportFunc_cibersort.R 其实懂得使用即可。
生信技能树
2021-02-03
7K
1
什么，他来了！
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
腾讯云开发者社区
而且该专栏的主理人“冰糖”持续3年都在追踪该视频的最新进展，及时以文字解读版本分享给大家，见：冰糖的专栏总结
生信技能树
2021-01-18
500
0
这5个miRNA组成的肺鳞癌诊断基因集在tcga数据库能复现吗
硬件开发
数据库
sql
机器学习
神经网络
该研究使用的是 CapitalBio 平台 (CapitalBio 公司) 芯片，非常清晰的研究思路；
生信技能树
2020-05-06
922
0
这3个lncRNA组成的食管癌诊断分类器在tcga数据库能否复现
硬件开发
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
看起来似乎是Agilent和CBC公司合作，所以芯片平台是：Agilent-038314 CBC Homo sapiens lncRNA + mRNA microarray V2.0 (Feature Number version) ，从有表达差异的基因列表里面筛选到最后的3个lncRNA组成的食管癌诊断分类器基因集，过程比较复杂，如下：
生信技能树
2020-05-06
752
0
cibersoft使用SVM算法实现去卷积
编程算法
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
因为表达矩阵通常是bulk转录组测序，也就是说本来就是肿瘤细胞以及其肿瘤微环境的各种其他细胞组合而成，同理我们应该是可以根据表达量推断出来他们的细胞组分，当然，这个就需要算法上面的突破啦，下面我们就介绍一些相关方向的进展。
生信技能树
2020-04-20
1.7K
1
kNN算法根据不同病理特征来预测乳腺癌转移与否
编程算法
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
本文介绍机器学习中的分类算法kNN(k-NearestNeighbor)，即k邻近算法。核心思想类似“近朱者赤近墨者黑”，每个样本都可以用它最接近的k个邻居来代表。
生信技能树
2019-12-05
2K
0
sklearn入门教程：监督学习流程与线性分类器
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
编程算法
监督学习是机器学习中的一个方法，其原理是根据已有经验知识对未知样本的目标/标记进行预测。根据目标预测变量的类型不同，我们可以把监督学习任务大体分为分类学习（预测一个分类标签）与回归预测（函数输出是一个连续的值）两类。
生信技能树
2019-05-15
1.1K
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