蛋白质语言模型（PLM）在结构与功能预测方面表现卓越，但内部机制仍不透明。研究人员提出 InterPLM：在 ESM-2 表示上训练稀疏自编码器（SAE），从而...

单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）为研究细胞层面的表观基因组景观提供了前所未有的机会，但其数据的稀疏性与高维度特征，以及广泛的下游任务需求，使得...

随着蛋白质数据库规模的快速增长，对更快、更敏感的同源性搜索工具的需求愈发迫切。研究人员开发了 GPU 加速版 MMseqs2 (MMseqs2-GPU)，在单一...

蛋白质复合物结构预测对于理解生物活动与推动药物研发至关重要。尽管已有多种实验方法能提供结构信息，但通常零散或不完整，因此亟需一种通用工具来高效整合有限实验数据。...

基因集分析旨在识别一组具有共同功能的基因所对应的生物学机制。大型语言模型（LLM）近年来在为输入基因集生成功能描述方面展现出潜力，但容易产生事实性错误，即“幻觉...

【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。

学习节奏：1看文献了解原理，2看官方说明手册，3运行官网示例，最后就是看这个算法在一些高分文献中的应用啦！

随着大语言模型（LLM）在生产环境中展现出日益复杂的动态特性，其部署过程的挑战性也随之增加。这一趋势进一步凸显了采用高效模型加载策略的必要性，从而确保模型能够快...

尽管信息量巨大，大多数非靶向质谱数据仍未被充分利用；其中的大部分分析物在发表后并未被用于后续解读或再分析。这主要源于现有软件工具在灵活性和可扩展性上的限制。研究...

◉ 最初，蛋白质相互作用网络、KNN图和基因表达数据被输入到双视图编码器（虚线部分）。◉ 随后，使用图注意力层来提取细胞和基因的潜在表示。◉ 接着，内积解码器用...

[oeasy]python086方法_method_函数_function_区别 回忆

在大数据时代，分子动力学（MD）模拟的使用范式亟需更新。研究人员应以FAIR原则（可查找、可获取、可互操作、可重用）为基础，规范轨迹数据的存储方式，以促进数据的...

类_对象_成员方法_method_函数_function_isinstance 回忆

在小分子、核苷酸和金属离子等配体的环境下进行蛋白质序列设计，对于酶、配体结合蛋白及生物传感器的开发至关重要。然而，现有基于深度学习的方法难以有效建模非蛋白组分。...

近年来，单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的快速发展为解析组织异质性提供了前所未有的视角。然而，仅依赖基因表达数据难以全面捕捉细胞通路和复合物的变化，这...

◉ 这是 PERISCOPE 筛选的实验流程。◉ 这是五种表型染色和荧光 ISS 的示例图像。◉ 这是一个示意图，展示了消色策略，以便在表型染色的荧光成像后进行...

- 图片说明- a,b，NT训练概述（a）及其通过微调在下游基因组预测任务中的应用（b）。通过探测进行的下游任务预测类似，但没有NT中的重新缩放权重。c，NT模...

- 图片说明- a，生成包含配对转录组和TCR信息的泛疾病CD8+ T细胞图谱所用分析工作流程的示意图概述。该图谱整合了八种主要疾病类型，包含了使用原始研究中的...

随着计算结构预测技术的发展，目前可用的蛋白质复合物结构数量将大幅增加。要从这些数据中提取有价值的发现，必须对蛋白质复合物进行比对，但这在计算上极具挑战性。Fol...