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自由能计算是量化药物与靶标结合亲和力的关键工具。结合自由能反映了配体与受体结合时体系能量的变化,是药物筛选与优化中的核心指标。虽然自由能理论框架早在几十年前已建...
自然界中基因组变异如何影响蛋白质组组成、调控生物功能并最终决定生物适应性,是理解生命多样性与进化机制的核心问题。研究人员建立了一种从基因组到蛋白质组的系统映射框...
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酶是生命的分子机器,其功能核心在于底物特异性——即识别并选择性作用于特定底物的能力。这种特异性来源于酶活性位点的三维结构与复杂的过渡态构象。然而,数百万已知酶仍...
数据不全:无论是全球TOP0的数据库,还是多么贵的数据库。都无法逃避数据确实的问题。毕竟每家数据库来源不同、供应商不同,总之对于药企这种在专业赛道深耕多年的客户...
大环类化合物通常含有十二元环及以上的环状结构,其结构介于小分子和生物抗体药类大分子之间,这些化学结构能够与蛋白质形成较大的接触界面,相比分子量相当的直链化合物,...
研究人员提出了 SynFormer —— 一种用于高效探索可合成化学空间的生成式建模框架。与传统分子生成方法不同,SynFormer 通过生成分子的合成路径来确...
近日,山东大学(威海)柳军涛课题组在《Genome Biology》期刊上发表了题为《SpatPPI: a geometric deep learning mo...
将分子结构与性质相关联的机器学习方法常被提出作为昂贵或耗时实验的计算机模拟替代方案。在小分子药物发现中,这类方法可为化合物合成和体内研究等高风险决策提供参考。然...
近日,广东省农业科学院农业生物基因研究中心作物品质控制与多组学技术创新团队在黄曲霉毒素合成途径关键调控因子AflR的DNA识别机制研究方面取得新进展。相关研究成...
为应对不断加剧的抗生素耐药危机,研究人员开发了一种基于生成式人工智能的大规模抗菌肽(AMPs)发现策略。AMPs 具有广谱活性、快速杀菌机制以及较低的耐药风险,...
科学史的每一次飞跃,往往伴随着工具的革新。随着近期大模型和智能体的飞速发展,这条路径正在通向一种全新的阶段:“AI 科学家”。 在AI赋能科研的前沿,我们正见证...
折叠蛋白的设计近年来取得了显著进展。然而,许多蛋白或蛋白片段本质上是无序的,不具备稳定构象。此类内在无序蛋白(IDPs)的序列决定了一个巨大的空间构象集合,这种...
2025年诺贝尔物理学奖授予 John Clarke、Michel H. Devoret 与 John M. Martinis
预测配体与蛋白口袋的结合亲和力是药物设计流程中的关键步骤。由于结合过程中存在吸引和排斥的电子相互作用,配体–口袋构象具有高度灵活性。准确刻画这些非共价相互作用需...
2025 年诺贝尔医学奖得主:Brunkow、Ramsdell 与 Sakaguchi
研究人员利用 AlphaFold 建立了一个覆盖病毒单体与同源二聚体的结构预测数据库,旨在系统性揭示病毒界内保守蛋白折叠的多样性与分布。通过对来自细菌、古菌和真...
研究人员提出了一种名为 ProTrek 的三模态蛋白语言模型,该模型同时整合了蛋白质的序列、结构和功能三种模态。通过对比学习,ProTrek 能在模态之间建立紧...
蛋白质语言模型(PLM)在结构与功能预测方面表现卓越,但内部机制仍不透明。研究人员提出 InterPLM:在 ESM-2 表示上训练稀疏自编码器(SAE),从而...
人工智能正以快速的步伐改变药物发现中的虚拟筛选,通过利用日益增长的实验数据并扩大其可扩展性,这些创新有望提升基于配体的虚拟筛选(LBVS)方法和基于结构的虚拟筛...
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