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但是很多人理解的"去批次效应"(batch effect removal)这个操作应该是会输入一个表达量矩阵,然后输出一个表达量矩阵。其实在单细胞转录组数据分析...
基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,简称GSEA)是一种用来确定一个预先定义的基因集是否在某种生物学状态下(比如疾病状态)...
如果一个转录组测序项目只有两个分组,那么简单的单次差异分析即可。但是如果有3分组就麻烦了,简单的理解就是两个处理组去和一个对照组差异,然后这两次差异分析的结果可...
尽管Excel在职场和学术界非常流行,但对于一些高级的统计分析、数据可视化、大规模数据处理等任务,可能需要更专业的软件或编程语言,如R、Python、SAS或S...
只需要打开任意就近的GTF(Gene Transfer Format)文件即可,它是一种广泛使用的基因组注释文件格式,它详细描述了基因组中的各种基因特征。在GT...
即上次整理了秀米编辑器使用后,曾老师提议其实可以做个效率工具合集,转念一想小洁老师在马拉松课程里面可是提到了不少提升效率的软件以及网页插件,小助教这就整理起来!
C-index 是一致性指数,与AUC值一样是评价模型预测能力的指标,在预后模型里,time-ROC很常见,Time C-index却不咋常见,今天整理一下它的...
本来呢,大家期待肿瘤类器官(PDO)作为肿瘤模型的革命性技术是可以解决上面的两个问题。首先呢,肿瘤类器官优势在于它源自各个病人的原始肿瘤组织,并且基于其原代培养...
10X单细胞上游定量标准流程运行Cellranger定量需要对应的参考基因组文件以及其配套的基因组注释信息文件,如果是人类和小鼠,官网即可下载构建好的文件压缩包...
但是六年前的单细胞转录组并不流行,因为没有10x这样的商业化的仪器,所以那个时候的在每个癌症领域的类器官CNS文章都是做几十个或者上百个病人的类器官培养后,做常...
这是一个表达量芯片数据集:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE117261,是很经典的的...
这个小插曲不仅引起了我的好奇心,也激发了我探索和解析背后原因的欲望。在这篇文章中,我将与大家分享我对这个问题的研究过程、发现的原因,以及如何j解决。这个经历提醒...
参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则,这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分,包...
而且还经过了一些肿瘤病人的转录组队列数据集同样的EGFR突变与否的分组后差异分析,也是有CD47作为多个数据集差异结果的交集,证据链非常solid:
具体参考这条帖子: https://zhuanlan.zhihu.com/p/655948272
恰好单细胞时代到了,可以让之前的CNS类器官研究文章继续“复制粘贴一波”,比如2021发表Advanced Science期刊的类器官文章:《Single-Ce...
样品数量并不多,但是还试图涉及两个癌症,可能是因为病人比较特殊吧,一个病人可以同时患胰腺癌和胆管癌。但是全文并没有过多涉及到胰腺癌和胆管癌的对比,主要是关注于类...
这个GSE206528的单细胞转录组数据集,很容易构建成为Seurat对象。仍然是走常规的单细胞转录组降维聚类分群代码,可以看 链接: https://pan....
目前10x的单细胞转录组技术给出来的表达量矩阵,主要是Market Exchange Format (MEX)格式,每个样品都会有一个filtered_feat...
但是因为singleR的数据库资源陈旧而且很有限,满足不了日益增长的单细胞应用,后面我们都是主推第一层次降维聚类分群后的人工命名,通常我们拿到了肿瘤相关的单细胞...
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