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都是百万单细胞起步了吗
数据分析
报表
数据
数据库
存储
也就是说，普通人其实并没有这个能力也不需要面临这样的130万这个数量级的单细胞转录组数据的烦恼！我们拿这个HRA002184数据集举例：
生信菜鸟团
2024-04-25
29
0
【孟德尔随机化】孟德尔随机化的meta分析
io
meta
相当于对多个gwas研究进行了meta分析，最后得到了总的IVW Estimate。
生信菜鸟团
2024-04-25
28
0
GEO数据库的多个表达量数据集的整合分析方法（表达量芯片和转录组测序）
geo
软件
数据
芯片
数据库
在进行数据挖掘的时候，我们往往会筛选到不止一个符合我们预期的数据集，这些数据集来源于不同的研究人员。这样得到的这些数据集就会存在我们所谓的批次效应，如不同实验时间、不同实验批次、不同处理方法、不同测序平台等。遇到这一情况，我们该如何选择数据和处理数据呢？如果我们只选择一个数据集进行分析，貌似有点不太能说明其他研究人员的研究结果，但如果把所有符合我们实验目标的数据集都能拿来分析又有点无从下手。这里，我们就来介绍一下面对多个GEO数据集，我们该怎么处理？
生信菜鸟团
2024-04-25
19
0
中国人肝癌全基因组项目部分图表重现
数据库
可视化
事件
数据
图表
前面推文介绍过文章 Deep whole-genome analysis of 494 hepatocellular carcinomas，详情见：中国人肝癌全基因组项目。
生信菜鸟团
2024-04-25
15
0
读《网络数据的统计分析：R语言实践》
实践
数据
网络
数据分析
工具
我与网络(Network)的缘分也就此拉开。在这篇文章中，介绍了网络的基本概念：图、网、边、节点、长度、直径。在今后慢慢的咀嚼中，内化为我最近经常讲的一句话：做数据挖掘，有时候就是在找关系。
生信菜鸟团
2024-04-25
11
0
整合单细胞和空转数据多种方法之R包semla
算法
label
函数
可视化
数据
我注意到这个R包也提供了一个整合单细胞和空转数据的算法NNLS（https://ludvigla.github.io/semla/articles/cell_type_mapping_with_NNLS.html）。因此，本文对这个算法进行测试。
生信菜鸟团
2024-04-25
13
0
Salmon — 兼具高效、精准及偏差感知的RNA-seq定量工具
工具
数据
索引
线程
二进制
前面介绍了alevin 的单细胞定量功能，见 Alevin — 更快的单细胞定量，其也只是Salmon软件的一个组成部分，今天我们就再来学习一下 Salmon 其最初的功能 —— 转录组定量
生信菜鸟团
2024-04-25
15
0
化脓性汗腺炎和银屑病单细胞数据复现2-小提琴图复现
int
text
数据
axis
element
生信菜鸟团
2024-04-18
64
0
【孟德尔随机化】GTEx数据和gwas数据可以直接MR吗？
file
merge
na
数据
data
生信菜鸟团
2024-04-18
83
0
Alevin — 更快的单细胞定量
二进制
内存
数据
索引
线程
Alevin 是一个专为单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据设计的软件工具，它是Salmon软件的一个组成部分，由Rob Patro及其研究团队开发。其具有以下特性
生信菜鸟团
2024-04-18
87
0
Nature单细胞亚群特征基因气泡图复现
排序
配色
数据
data
函数
今天给大家复现上次提到的Nature文章中对单细胞不同亚群的特征基因进行展示的气泡图。
生信菜鸟团
2024-04-18
84
0
R tips：monocle安装调试
调试
源码
bug
对象
函数
如果使用monocle（非monocle3）进行轨迹分析的话，由于这个包比较古老了，年久失修，所以monocle的函数则大概会报一个错误“Error: the condition has length > 1”。 本文会叙述一下修复此bug的过程。
生信菜鸟团
2024-04-18
81
0
【孟德尔随机化】代码分享：用循环代替大海捞针
数据
索引
字符串
list
变量
这里我用了一篇文章的补充材料提供的暴露作为示例Phenome-wide Mendelian randomisation analysis of 378,142 cases reveals risk factors for eight common cancers | Nature Communications
生信菜鸟团
2024-04-11
247
0
BD Rhapsody上游定量流程
产品
数据
存储
location
project
单细胞技术的核心是能够从单一细胞获取高通量的基因表达数据。与传统的基因表达分析相比，它不是测量一个样本中成千上万细胞的平均表达，而是能够揭示个别细胞之间的差异，这对于理解组织中的微环境、细胞类型的多样性及其功能至关重要。而对于单细胞转录组学技术，除了大火的10X单细胞技术以外，另一个就是由 Becton, Dickinson and Company开发的BD Rhapsody 。BD Rhapsody 系统通过以下几个主要步骤来实现单细胞转录组分析：
生信菜鸟团
2024-04-11
131
0
PRGdb：植物R基因数据库
数据库
工具
可视化
软件
数据
全世界近40%的作物产量因病虫害而损失，植物育种家和研究人员在寻找与植物抗病机制有关的基因方面付出了巨大的努力。植物通过进化发展出了识别潜在病原体和捕食者的能力，并激活防御机制来对抗它们。这些机制的激活是基于 病原体识别基因(PRGs) 编码的特定受体。但是通常植物与病原体相互作用的知识是通过对单个基因的研究获取的，而疾病反应是由高度连接的基因网络以及各种过程和途径之间共同调节的。
生信菜鸟团
2024-04-11
116
0
BD单细胞测序数据分析流程（全）
教程
数据
数据分析
input
对象
BD和10x是两种常见的单细胞测序技术平台。我们已经分享了很多的10x 测序的教程。
生信菜鸟团
2024-04-11
147
0
血液中的癌症信号：ctDNA揭秘ESCC免疫疗效
数据库
数据分析
数据处理
工具
数据
ESCC 占食管癌 80% 以上，临床数据显示，在进行根治性放化疗 CRT 之后，3年生存率 OS 小于 50%，虽然PD-1 抑制剂联合化疗被推荐作为晚期 ESCC 的一线治疗方法，但大约40%的患者有残留病灶。ctDNA 作为检测微小残留病 (MRD) 的生物标志物以及指导根治性手术后辅助治疗的作用已被广泛接受，且 TMB也已经被作为免疫治疗的预测生物标志物。因此，作者开展研究 EC-CRT-001 ，旨在研究 ctDNA 和 bTMB 是否可以预测接受确定性 CRT 联合特瑞普利单抗治疗的局限性 ESCC 患者的缓解和复发。
生信菜鸟团
2024-04-11
97
0
日光性皮炎和银屑病单细胞数据集复现
data
input
int
可视化
数据
单细胞转录组学表明，IL-17A/F 在日光性皮炎和银屑病中具有不同的上游驱动力。
生信菜鸟团
2024-04-11
76
0
【PheWAS-based MR】肥胖与受教育程度之间不同的因果效应机制
集合
https
教育
com
从字面意义上来说，G是基因组，P是表型组。G的最小单位可以被视为一个SNP，而P的最小单位则是一个表型，相当于≥1个SNP的集合所代表的性状，可以是疾病，也可以是疾病的某一个病理指标。
生信菜鸟团
2024-04-11
84
0
VEP — 高效的变异注释工具
数据
数据库
缓存
插件
工具
Ensembl Variant Effect Predictor (VEP) 是由欧洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute, EMBL-EBI）开发的一个高效的基因变异注释工具。VEP是一个强大的工具，其具有以下特性：
生信菜鸟团
2024-04-11
178
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