一个用于处理fastq测序文件的命令行小工具，功能还在不断更新中，子命令也不多，支持gzip压缩文件的输入和输出（结果文件名以.gz结尾，结果会自动压缩）。

通过barcode上的UMI标签分布来评估细胞数目，Y轴是map到每个barcode的UMI的计数数值，X轴是与细胞计数数值对应的barcode的数量，蓝色代表...

微滴技术 是将单个细胞包裹在µl级别的液滴中，液滴被搭载到建库所用的酶上，每个微滴包含一个独特的条码(barcode)，由那个被包装好的细胞产生的所有reads...

本文将接上期【保姆教程：什么是单细胞？(一)】后，介绍scRNA-seq的表达矩阵是如何生成。后续实战分析内容，请关注下方公众号：

免疫系统中主要包含两类淋巴细胞：B lymphocytes (B cells) 和 T lymphocytes (T cells)。B cells 和 T ce...

上一篇文章里面简单学习了一下表达矩阵的提取，顺便探索了一下SummarizedExperiment对象。

Seurat 是一款用于单细胞数据分析的软件，它是一款 R 包。可以对单细胞数据从表达矩阵开始分析。主要可以用于 QC，根据线粒体基因比率进行过滤...

当前的单细胞测序主要采用 illumina 测序平台进行测序，一般为双末端测序，测序完成之后首先需要对 illumina 测序数据进行质控过滤，过...

单细胞测序主要包括以下四个步骤。其中非常关键的一点就是如何进行单细胞的捕获/分选，这是决定单细胞检测成本和通量的关键步骤。

Mutation Annotation Format， 简称MAF, 是由TCGA制定的一种文件格式，用来存储突变注释信息。

关于DNA的分子生物学试验是生物信息学研究的第一步，也是整个流程的基础，DNA质量的好坏直接关系到后续测序分析的成败。

在单细胞的商业化测序平台中，来自10X genomics的测序数据占据了很大的份额。相信大家在平时的科研工作中对10X数据并不陌生, 而Cell Ranger软...

Affinity Designer和Affinity Publisher是两个设计精巧，用户友好的应用程序，您可以使用它们来创建各种布局和设计，包括书籍，杂志，...

三种液滴型方法采用相似的技术生成液滴，采用barcode标记细胞，应用UMI进行偏好校正。但它们在beads的 、barcode的设计、cDNA扩增等不同。

背景 前面介绍了纳米孔测序的原理与碱基识别，本次带大家认识纳米孔测序数据的格式，以及怎么质控与处理。

读长超长、速度快、准确性低、通量高、价格高、电信号、无GC偏向性、小的插入缺失错误、更新快

Modbus/TCP 的功能块必须对每个CPU单独授权，可以通过“Industry Support ” app申请授权。 此步骤适用于2017年1月后发放的授权...

之前的推文中，我们主要对scATAC-seq研究的科学问题作了简单的介绍。这篇推文主要介绍scATAC-seq的技术原理和发展历程。下面这张图选自SnapATA...

现行主流的Droplet-based单细胞测序技术主要思路是一个磁珠捕获一个细胞置于油包水的腔室里完成添加标签、建库操作。但在磁珠捕获的过程会出现未捕获到细胞或...

单细胞测序期望每个barcode标签下只有一个真实的细胞，但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个barcode的情况，业内称之为doublets或multip...