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#spatial

CROST——空间转录组学的综合数据库

生信技能树

科研人员搜集了来自NCBI、European Bioinformatics Institute (EBI) 、 China National Center fo...

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绝大部分单细胞空间转录组数据都缺胳膊断腿

生信技能树

比如2021-GSE158328-肠道发育的,自己下载 GSM4797916_A1.tar.gz ,然后解压可以看到它每个样品其实有两个文件夹 :

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arcgis导出某个属性的栅格

Twcat_tree

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Fundamental concepts about Optics

用户1148525

A particularly useful solution of the wave equation is a wave with a particular ...

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Spatial Attention Pyramid Network for Unsupervised Domain Adaptation

狼啸风云

无监督域适配在各种计算机视觉任务重很关键,比如目标检测、实例分割和语义分割。目的是缓解由于域漂移导致的性能下降问题。大多数之前的方法采用对抗学习依赖源域和目标域...

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空转|CARD-结合scRNA解决空间转录组spot注释,还能增强空间精度?!

生信补给站

空间数据存储在CARD_obj@spatial_countMat和CARD_obj@spatial_location中,scRNA-seq数据以singlece...

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空间转录组|Load10X_Spatial函数修改适配多形式数据 + 空转标准流程

生信补给站

在空间转录组|数据读入,标准数据形式外,还有哪些"天残地缺"可以读取提到了多种形式的数据读取,在原函数Load10X_Spatial的基础上进行了 “简陋”的修...

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空间转录组|数据读入,标准数据形式外,还有哪些"天残地缺"可以读取

生信补给站

本节会在spaceranger处理fastq,Seurat处理标准数据(h5 + spatial文件夹)外,额外提供以下几种情况如何处理

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COMP7801 Topic 2 Spatial Data Management

pseudoyu

A spatial relationship associates two objects according to their relative locati...

25610

COMP7801 Topic 3 Spatial Networks

pseudoyu

Background Network Distance In many real applications accessibility of objects i...

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(数据科学学习手札150)基于dask对geopandas进行并行加速

Feffery

  大家好我是费老师,geopandas作为我们非常熟悉的Python GIS利器,兼顾着高性能和易用性,特别是在其0.12.0版本开始使用全新的shapely...

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MCE | 淀粉样蛋白沉积或是阿尔茨海默症发展“驱动者”

MedChemExpress

近日,Cell在线发表的论文 “Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheime...

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时空月速览 |191篇文章,追踪发育/再生/进化/疾病前沿研究(2022年11月)

尐尐呅

近年来,单细胞和空间组学技术快速发展,多年被Nature Methods评为年度技术,且在生命科学领域得到广泛应用。为了帮助大家更高效、更快速地了解单细胞空间组...

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时空月速览 | 179篇文章,追踪发育/再生/演化/疾病前沿研究(2022年12月)

尐尐呅

.近年来,单细胞和空间组学技术快速发展,多年被Nature Methods评为年度技术,且在生命科学领域得到广泛应用。为了帮助大家更高效、更快速地了解单细胞空间...

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MySQL索引

用户10325771

文章目录[隐藏] 索引类型 索引方法 使用建议 索引类型 类型 名字 描述 normal 普通索引 大多数情况下都可以使用 unique 唯一索引 表示唯一的...

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遥感数据机器学习的准备工作:python将栅格数据提取至EXCEL

Twcat_tree

大部分我们处理的降水、气温等栅格数据的格式是nc形式,需要我们将他转换成栅格数据并导入至Arcgis中,进行下一步操作。

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时空月速览 |247篇文章,追踪发育/再生/演化/疾病前沿研究(2023年1月)

尐尐呅

近年来,单细胞和空间组学技术快速发展,多年被Nature Methods评为年度技术,且在生命科学领域得到广泛应用。为了帮助大家更高效、更快速地了解单细胞空间组...

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CycleMLP:一种用于密集预测的mlp架构

deephub

CycleMLP由香港大学、商汤科技研究院和上海人工智能实验室共同开发,在2022年ICLR上发布。

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BASS:为单细胞分辨率的空间转录组学提供多尺度和多样本分析

尐尐呅

空间转录组学研究正在达到单细胞空间分辨率,数据通常来自多个组织切片。《Genome biology》发表了一种计算方法BASS,支持单细胞分辨率空间转录组学的多...

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[Nature communications | 论文简读] 基于图的自编码器整合空间转录组学与染色质图像

智能生信

Graph-based autoencoder integrates spatial transcriptomics with chromatin images...

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