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空转 | CellChat-V2，揭秘空间转录组数据的细胞通讯分析

仍然使用空转 | 结合scRNA完成空转spot注释（Seurat Mapping） & 彩蛋（封面的空转主图代码）推文中的空转数据进行示例展示。

生信补给站 2023-11-092023-11-09 14:02:38

数据库、对象、可视化、数据、通信

ggplot2| 绘制KEGG气泡图

对生信分析中得到的一些基因，进行KEGG富集分析，达到对基因进行注释和分类的目的。

生信补给站 2020-08-052020-08-05 17:35:44

数据分析、ggplot2

R可视化之美化功能富集条形图

基因集富集分析是很常见的分析内容，可视化展示的方式也多样。本文提供两组分组间的差异表达基因集的功能富集结果的一些相对美观的可视化方式。

生信技能树jimmy 2021-11-042021-11-04 17:03:03

对象、可视化

基因集富集分析(GSEA)及其可视化

基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一种计算方法，用于确定事先定义的一组基因是否在不同的样品中差异表达。

青青青山 2022-07-042022-07-04 21:57:16

go、es

DNBC4tools—华大DNBelab系列单细胞分析pipeline

DNBseq（DNA Nanoball Sequencing）是华大基因自主研发的高通量测序技术，核心基于 DNA纳米球（DNA Nanoball，DNB）和...

生信菜鸟团 2025-05-212025-05-21 15:23:59

pipeline、后台、脚本、数据、线程

端到端的单细胞管道SCP-快速开始

春风得意马蹄疾，一日看尽长安花作为快速开始，本章将简单展示SCP三个模块（前处理、下游分析、可视化）的大致功能，各模块各函数的使用细节将在后续教程中详细说明。...

生信技能树jimmy 2023-09-222023-09-22 14:35:06

scp、函数、可视化、事件、数据

CytoTRACE2可视化进阶(修改坐标维持umap图前后一致)

CytoTRACE2单细胞分化潜力预测工具学习：https://mp.weixin.qq.com/s/inF9iGy2X9D2CZLzQBtRdw

凑齐六个字吧 2024-09-192024-09-19 07:51:57

数据分析

在umap图上面叠加基因表达量

这个umap里面，叠加了FeaturePlot看一个基因表达信息。文献出处是：《IL-11 is a crucial determinant of cardio...

生信技能树 2022-03-032022-03-03 12:56:27

data、mono

标记基因可视化

会根据之前的6个发育时期和4个cluster的tSNE结果，进行一些marker基因的等高线图和热图可视化

生信技能树jimmy 2020-03-302020-03-30 14:50:53

腾讯云开发者社区

单细胞学习之细胞周期分析

A cell cycle is a series of events that takes place in a cell as it grows and di...

生信技能树jimmy 2020-12-242020-12-24 10:44:40

https、网络安全

一行代码就能发生信顶刊的GPTCelltype做单细胞亚群注释

其实文章所演示的研究者们开发的GPTCelltype做单细胞亚群注释这个过程，我们自己也是在chatGPT界面操作过，就是拿到了各个单细胞亚群的基因后的跟cha...

生信技能树 2024-03-272024-03-27 13:00:24

数据、chatgpt、测试、对象、接口

单细胞测序最好的教程（十一）：差异表达基因分析｜或许比pseudobulk更优

我们在前面注释的章节中，研究了不同细胞的特异性marker（标记）基因，但很多时候，我们更关心在某一类细胞中，两种不同状态下的组别差异，例如药物治疗与未经药物治...

生信技能树jimmy 2024-01-052024-01-05 10:53:34

函数、教程、模型、数据、统计

8种方法可视化你的单细胞基因集打分

偶尔逛朋友圈发现一年前跟着我们生信技能树学生信的研究生开发了自己的单细胞数据分析相关R包，4（热图，气泡图，upset图，堆叠条形图）+4（密度散点图，半小提琴...

生信技能树 2021-10-212021-10-21 17:08:57

ggplot2、image、png

irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架

许多Functional Class Scoring (FCS)方法，如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Visi...

生信技能树 2023-12-052023-12-05 18:20:08

dplyr、final、对象、框架、数据

转录因子预测数据库JASPAR使用教程

今天我们讲解JASPAR 数据库（http://jaspar.genereg.net/）的使用！

DoubleHelix 2019-08-072019-08-07 11:04:42

数据库、sql

plotnine，打死不学R语言, 我可以用Python到40岁.....

今天给大家介绍一个非常好用的Python语言可视化工具包-plotnine,让你轻松绘制R语言中的统计图形~~

DataCharm 2023-10-062023-10-06 12:28:03

python、函数、可视化、数据、语法

scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，可视化

有了基因集文件除了做scRNA分析|单细胞GSVA + limma差异分析-celltype分组？样本分组？GSVA分析，还可以计算每个细胞的目标基因集评分。

生信补给站 2023-08-252023-08-25 10:01:49

list、函数、可视化、数据、统计

AddModuleScore 对单细胞基因集打分及可视化

在此选择的pathway通路及基因集（基于文章给出的部分基因）是我自己选用，并没有特别的生物学意义，只是做一下可视化展示。

生信菜鸟团 2023-10-072023-10-07 10:22:20

list、meta、函数、可视化、数据

单细胞分析十八般武艺6：NicheNet

单细胞初级8讲和高级分析8讲单细胞分析十八般武艺1：harmony 单细胞分析十八般武艺2：LIGER 单细胞分析十八般武艺3：fastMNN 单细胞分析十八...

生信技能树jimmy 2021-04-292021-04-29 17:06:11

express、https、网络安全、数据库、sql

单细胞揭示不同类型转录重构助力人类前列腺癌研究进展

前列腺癌仍然是全世界最普遍的男性恶性肿瘤。惰性患者可以存活数年而无进展，而侵袭性患者可能迅速转移并变得无法治愈。尽管近年来总体上前列腺癌的发病率有所下降，但同时...

生信技能树jimmy 2021-04-162021-04-16 10:31:23

访问管理、数据分析、rpc

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