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R：STRINGdb包用于string蛋白互作分析

本文将通过R包STRINGdb来进行string蛋白互作分析，同时会利用igraph和ggraph对互作网络进行可视化。

生信菜鸟团 2020-07-302020-07-30 10:39:22

编程算法

定量免疫浸润在单细胞研究中的应用

最近听说定量免疫浸润很火，于是我也报名参加了果子老师的课程，跑了几个R包，你比如说xCell啊，GSVA啊，MCPcounter啊，ConsensusTME，I...

生信技能树jimmy 2020-07-162020-07-16 11:19:45

图像处理、https、网络安全、go、数据挖掘

Cibersort免疫浸润的在线分析及R语言代码实现

上期展示了ESITMATE（基于转录组数据）计算免疫得分和肿瘤纯度的一个例子，详见ggplot2实现分半小提琴图绘制基因表达谱和免疫得分。实际上计算肿瘤纯度的方...

生信宝典 2022-01-182022-01-18 19:41:11

编程算法、https、网络安全

Rmarkdown使用及转换为R文件

想必熟悉小洁老师的学员们都有看过小洁老师发的如何做好你的R语言笔记,这也是马拉松课程的课前准备工作的一项——学习如何记录笔记。

生信菜鸟团 2023-10-242023-10-24 17:57:23

markdown、笔记、表格、可视化、图表

WGCNA实战—急性心肌梗死的 NETosis 模式与免疫特点的综合分析（一）

「方法」：利用加权相关网络分析（WGCNA）从 GEO 数据库的 GSE60993、GSE48060 和 GSE61144 数据集中筛选出与 AMI相关性最高的...

生信菜鸟团 2024-03-182024-03-18 14:03:09

排序、数据、网络、数据库、函数

单细胞与bulk转录组联合分析揭示了基于T细胞标记基因的肺腺癌分子亚型及其预后标志

背景：免疫疗法已成为治疗晚期或常规耐药恶性肿瘤的一种有前途的方法。在肺腺癌（LUAD）方面，T 细胞对抗肿瘤活性和肿瘤微环境有显著影响。然而，它们具体的贡献...

生信技能树jimmy 2024-03-042024-03-04 11:37:14

数据库、队列、模型、数据、算法

基于VlnPlot参数及ggplot2美化小提琴图

上期的推文VlnPlot结果及常用参数浅析整理介绍了一下小提琴图可视化marker基因，在结尾简单介绍了一下可用于美化可视化结果的参数。

生信技能树 2024-11-212024-11-21 10:20:13

element、ggplot2、函数、可视化、数据

没有什么基因芯片的探针是不能注释的

最近收到读者求助，说他感兴趣的表达量芯片数据集用到的的芯片是：[HT_HG-U133_Plus_PM] Affymetrix HT HG-U133+ PM Ar...

生信技能树 2020-11-192020-11-19 14:43:59

git、硬件开发

Mfuzz做转录变化的时间趋势分析后对每个趋势分组挑一个代表性基因

而对基因的划分不同组别，还可以是根据表达量的相似性，代表性的方法有层次聚类、K-means聚类、WGCNA、Mfuzz等，其中Mfuzz是专门的做转录变化的时间...

生信技能树 2022-06-082022-06-08 20:26:04

https、网络安全、go

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