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值得注意的是10x的空间单细胞使用的是Space Ranger，软件下载以及数据库文件压缩包下载：
E-MTAB-12043 是2023年初的数据：《RNA Spatial Sequencing of Colorectal Liver Metastases r...
不同缩写代表的含义可取这个地址查看：https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/b...
随手一搜，找到一个帖子：https://zhuanlan.zhihu.com/p/12861008987#:~:text=%E4%BD%BF%E7%94%A8%...
上一期我们学习了使用python读取单细胞和空转数据（10X visum低分辨率）：
前面我们给大家介绍了非常好的 ATACseq数据分析 pipeline指导综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全。
空间分辨的基因表达谱对于理解组织结构和功能至关重要。然而，空间转录组学（Spatial Transcriptomics, ST）分析技术缺乏单细胞分辨率，并且需...
空间转录组学在描述具有不同细胞组成的主要组织结构域、癌症特征、免疫抑制中心、具有不同临床结果的整个肿瘤生态型或特定药物对抑制肿瘤进展的影响方面的优势。（在WES...
本次使用GSE217414数据，包含4个结直肠癌肝转移患者样本数据，这个数据集的数据整理的挺好的，都做了归类。
关于空间转录组分析的学习，我推荐先学习单细胞转录组分析，熟练掌握单细胞的数据读入，常规分析，整合去批次，以及部分高级分析（例如拟时序、转录因子和细胞通讯分析），...
前几天刚有人让我视频关闭，微信公众号文章被一些别有用心的人举报，今天就出现了大量盗用我名号单细胞空间交响乐的视频出现在B站骗人。
从8µm bin大小重新聚集细胞可能会很耗时，因为spot数量通常超过300,000。
本文[1]介绍了使用Seurat分析具有空间分辨率的RNA测序数据的方法，重点在于将空间信息与分子数据相结合。将包括以下常见于空间数据分析的任务：
随着转录组技术的发展，空间转录组已经正式走向商业化时代，作为单细胞数据分析的工具箱的Seurat与时俱进，也相应地开发了空间转录组分析的一套函数，让我们跟随卑微...
有了基因集文件除了做scRNA分析|单细胞GSVA + limma差异分析-celltype分组？样本分组？GSVA分析，还可以计算每个细胞的目标基因集评分 。
今天的这个数据也是一篇非常经典的单细胞与空间转录组数据联合分析的经典文献，于2020年7月份发表在 CELL上，标题为《Multimodal Analysis ...
Seurat提供了两个工作流程来识别与组织空间位置相关的分子特征。第一种是根据组织内预先标注的解剖区域进行差异表达，这种差异表达可以通过非监督聚类或先验知识来确...
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TA 很懒，什么都没有留下╮（╯＿╰）╭
