Tidyverse|数据列的分分合合，一分多，多合一

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发布于 2020-08-04 15:17:12

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TCGA数据挖掘可做很多分析，前期数据“清洗”费时费力但很需要。

比如基因列为ID的需要转为常见的symbol，基因列为symbol|ID的就需要拆开了！

excel分列可以解决，但是表达量数据较大，且excel容易产生“数据变形”。

一载入数据 R包

使用TCGA下载的数据，仅使用以下几行几列，作为示例

library(tidyverse)
data <- read.csv("separate.csv",header = TRUE, check.name = FALSE)
head(data)

第一列的ID，和人为添加的ID2，名称不规则，我们只需要前面的基因名。

二合久可分-一列拆多列

使用separate函数，将“指定”分隔符出现的位置一列分成多列

2.1 默认，不指定分隔符

data %>% 
separate(ID, into = c("Gene", "IDnum")) %>% head()

2.2 指定分隔符且保留原始列

data %>%
separate(ID2, into = c("Gene2", "IDnum2"),sep = "/",remove = FALSE) %>%
head()

2.3 特殊字符的指定方式

data %>%
separate(ID, into = c("Gene1", "IDnum1"),sep = "l",remove = FALSE) %>%
head()

按照同样的方式，想把"|"分隔的ID拆分，发现报错。？黑人问号脸

发现问题先?separate或者help(separate)查询帮助函数，发现"|"为特殊字符，可以使用"[|]"括起来或者"\\|"：

data %>% 
    separate(ID, into = c("Gene1", "IDnum1"),sep = "[|]",remove = FALSE) %>% head()
#或者
data2 <- data %>%
    separate(ID, into = c("Gene1", "IDnum1"),sep = "\\|",remove = FALSE)

2.4，按照第几个字符拆

根据第几个字符拆分，适合数据规整的，，，

可以用来将TCGA中的sampleID转为常见的16位，需要先转置

data2 %>% select(Gene1,contains("TCGA")) %>% #选择指定列
  column_to_rownames(var = "Gene1") %>%  # 将Gene1列转为rownames
  t() %>% as.data.frame() %>% #数据转置，样本为行名
  rownames_to_column(var="Sample") %>%  #行名变为数据中的列
  separate(Sample, into = c("Sample", "bar"),sep = 16) %>%  #按照规则取前16个字符
  select(-bar) #去掉分割后不需要的bar列

可参考：盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select，玩转列操作

Tips：

1）数据分列可以先默认试一下，如2.1所示
2）使用R的帮助，一定！

三分久必合-多列合一列

使用unite函数，可将多列按照“指定”分隔符合并为一列

data %>%
unite(ID_new, ID:ID2, sep = "_") %>% head()

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原始发表：2020-04-28，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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