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生信方向的博士找博士后机会不能只看ngs数据处理技术啊！
数据处理
脚本
模型
人工智能
自动化
因为现在有了人工智能大模型，基本上一年经验的工程师跟三五年经验的不会有什么本质的区别。。。。
生信技能树
2024-07-26
118
0
蛋白质组学上游数据处理知多少
数据库
数据分析
数据处理
软件
数据
对大家来说，耳熟能详的软件就是 MaxQuant 啦，在综述文章《Bioinformatics Methods for Mass Spectrometry-Based Proteomics Data Analysis》有详细的介绍各种软件的对比汇总。
生信技能树
2024-06-08
390
0
蛋白质组学数据处理必读综述
网络
数据分析
数据处理
工具
数据
这篇综述文章《Bioinformatics Methods for Mass Spectrometry-Based Proteomics Data Analysis》由Chen Chen等人撰写，发表在《International Journal of Molecular Sciences》上，主要讨论了基于质谱（MS）的蛋白质组学数据分析中的生物信息学方法。不过这个综述里面的蛋白质组学数据分析的上下游划分方式我不是很认可，我认为的：
生信技能树
2024-05-27
426
0
这样去除表达量芯片的批次效应可能不妥
数据挖掘
数据分析
数据处理
数据
芯片
但是可以看到其中一个芯片是有问题的，因为它的表达量在0附近，也就是说 它被zscore了，如下所示：
生信技能树
2024-05-27
113
0
数据处理过程中的合理的质量控制是很有必要的
数据分析
数据处理
工具
数据
图表
实际上初学者完全不需要使用各种花里胡哨的工具来完成上面的步骤，因为所有的细节都在降维聚类分群结果里面看得到！让我们来演练一下：
生信技能树
2024-04-13
136
0
咱国产生信数据库肯定是可以申请成功的
数据
搜索
数据挖掘
数据库
数据处理
总共是14万多细胞，分别在 62,035 cells from TTs, 58,695 cells from PTs, and 20,075 cells from ARTs ，第一层次降维聚类分群如下所示：
生信技能树
2024-03-25
127
0
我没有资格骂Seurat的更新吗
数据分析
数据处理
工具
基础
数据
主要是因为我们依赖于这个V4的版本的Seurat流程做出来了大量的公共数据集的单细胞转录组降维聚类分群流程，100多个公共单细胞数据集全部的处理，链接：https://pan.baidu.com/s/1MzfqW07P9ZqEA_URQ6rLbA?pwd=3heo，而且也有海量的配套视频教程在b站，视频号等渠道，基本上大家能看到的中文笔记都是我们分享的。。。。
生信技能树
2023-12-05
334
0
几乎没有差异，并且完全没有交集的组学数据分析结果
数据库
数据分析
数据处理
服务器
数据
所以研究者就针对有斑点蛋和正常蛋的whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) and RNA-seq 数据，然后发现几乎没有差异，并且完全没有交集。。。
生信技能树
2023-11-25
263
0
bd平台的单细胞转录组一定能捕获到中性粒细胞吗
数据处理
笔记
公众号
数据
线程
既然这个捕获中性粒细胞是BD单细胞转录组的卖点，那么是不是只要是选择了这个技术就一定能能捕获到中性粒细胞呢？让我们随机看看其它比较新的文章，比如同样的2023的《Single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the cellular heterogeneity of liver metastatic colorectal cancer》，数据 是 196,473 CD45+ immune cells from 27 samples of six CRC patients, 链接在；https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE225857
生信技能树
2023-11-13
434
0
BD单细胞转录组分析怕不是一个笑话吧
数据处理
cell
csv
数据
原理
是 人的PBMC样品，Healthy (n = 4), COVID-19 (n = 16) and recovered (n = 13) ，这个单细胞转录组技术起初看起来是很高级 ，是BD single cell multiplexing kit (Human) ，包括：
生信技能树
2023-10-24
224
0
真的是可以让所有的基因都随心所欲的差异吗
数据挖掘
数据处理
教程
数据
统计
有这样的想法的人不在少数，所以有必要澄清一下，通常情况下，我们会做很多次差异分析然后取交集，这样的话保证拿到的基因是非常可靠的，这个过程中其实我们并不会关心不同的差异分析为什么会有不一样的地方，同样的实验设计可能导致不同的转录组差异分析结果和差异基因列表，这可能是由于以下因素导致的：
生信技能树
2023-10-10
279
0
怎么可能有如此重要的基因在泛癌层面出现缺失呢
数据挖掘
数据处理
编码
数据
统计
但是，我们每个样品在10x技术层面可以出8000个左右的细胞，虽然具体的单个细胞表达的基因很少，但是作为一个整体，还是可以有2万多个基因的表达的，这就是为什么我们的表达量矩阵仍然是很大。
生信技能树
2023-10-07
273
0
为什么一定要处理测序仪出来的10x技术单细胞转录组测序数据呢
数据库
数据处理
部署
软件
数据
To serve as inputs for cellranger, FASTQ files should conform to the naming conventions of bcl2fastq and mkfastq:
生信技能树
2023-09-20
245
0
两次差异分析结果交集需要有多大才算是一致呢
数据库
数据处理
工具
集合
数据
同样的实验设计的两个项目，尽管测序的都是肿瘤和正常组织的转录组，但结果非常不一，样可能有多种原因，其中一些常见的原因包括：
生信技能树
2023-09-19
468
0
快来使用EcoTyper进行单细胞数据挖掘吧
数据挖掘
数据处理
工具
数据
芯片
那个2021的CELL文章的作者为了评估EcoTyper定义的71种细胞状态的保真度，他们探究了4种人类癌症的200,000个单细胞转录组中每种状态的存在情况。在scRNA-seq数据中，94%的细胞状态（71个中的67个）可显著恢复，而且无论平台、细胞类型或数据集如何，恢复率都很高，突显了结果的可靠性。并且绘制了15,008例肿瘤中69种细胞状态的预后图。在发现队列调查的16种上皮癌类型中，大多数细胞状态（69种中的39种）与总生存率显著相关。
生信技能树
2023-09-19
772
0
能发CNS的单细胞转录组三大高阶分析
数据处理
工具
镜像
开发
算法
单细胞数据处理也是如此，在单细胞领域近5年超一千个软件工具算法被开发，详见近期Genome Biology (2021) 杂志的一个文章：《Over 1000 tools reveal trends in the single- cell RNA-seq analysis landscape》系统性的梳理了2016-2021这5年间，位于https://www.scrna-tools.org/网页的超一千个软件工具算法。
生信技能树
2023-09-04
348
0
花同样的钱却只拿到十分之一的单细胞数量亏不亏
数据分析
数据处理
基础
数据
我博士求学期间所在的实验室长期（2015-2023）钻研类器官技术，虽然CNS成就没有达成，但是子刊级别的文章发表了一些。早期的类器官研究主要是通过多组学来说明类器官能很好的复现病人的特性，比如肿瘤外
生信技能树
2023-09-04
160
0
选择小众技术做同样的课题（事半功倍）
数据库
数据处理
视频
数据
芯片
实际上更应该diss的应该是单细胞技术，早期大家也是任意肿瘤对象招募病人集齐样品送给公司进行单细胞转录组，就是一个全新的 图谱研究，划时代的意义。中期就需要选择不同分级分期或者不同亚型的肿瘤或者不同疾病进展阶段的样品去试图找关键细胞亚群，晚期就更卷了，各种治疗前后各种复杂样品组成都需要慢慢的探索。而实际上这样的实验设计并没有任何新颖之处，都是两百年前老一辈生物学家玩剩下的的，唯一的创新点就是单细胞转录组技术，新瓶装旧酒。。。。
生信技能树
2023-09-04
317
0
R语言基础函数没有排序后取前面几个的功能函数top
存储
数据处理
函数
基础
排序
以上只是R语言中一些简单的基础函数例子，R语言提供了丰富的函数和包，涵盖了数据处理、统计分析、图形绘制等各个方面。这些简单的函数是R语言中的基础，对于数据处理和分析非常重要，可以方便地完成许多常见的任务。
生信技能树
2023-09-04
253
0
假如审稿人让你把单细胞数据挖掘代码上传到github
数据挖掘
github
数据处理
工具
工作
而且不得不说，github在生物信息学领域的重要性，之前我们介绍过代码海洋，详见：《代码海洋-你想模仿的这里都有啊》，比如《单细胞天地》公众号分享的文献：单细胞转录组揭示肺腺癌特有的肿瘤微环境，就是配全部的代码。也有专门的github收集整理的更加齐全，而且还分门别类整理好了，详见：https://github.com/genecell/single-cell-papers-with-code
生信技能树
2023-09-04
293
0
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