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育种数据分析之放飞自我
生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS
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GAPIT3不再输出PVE结果了,那该怎么算?
模型
以前的GAPIT结果:里面包含包含SNP的Rsquare和不包含SNP的Rsquare,两者相减就是表型解释百分比(PVE)。
邓飞
2024-07-05
119
0
PCA分析给出每个主成分的解释百分比
数据
异常
pca
可视化
软件
很多软件可以分析PCA,这里介绍一下使用plink软件和R语言,进行PCA分析,并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。
邓飞
2024-07-05
132
0
R语言如何合并本地图片
数据
image
tiff
函数
软件
为何会有这种应用场景呢?本地有图片,如果用PS之类的软件,像素太模糊。所以用R语言读取,然后合并,就很方便,这里介绍一下,像素没有变化,非常方便。
邓飞
2024-07-05
124
0
plink分析二分类性状的GWAS
数据
pca
变量
二进制
软件
二分类性状的logistics可以使用plink软件进行分析。这里介绍一下数据的整理和命令的应用。
邓飞
2024-07-05
165
0
组内观测次数不相等的方差分析如何进行多重比较
表格
软件
设计
数据
数学
前一段时间,一位统计学老师给我写了一封信,问了关于“组内观测次数不相等的多方差分析的多重比较”相关的问题:
邓飞
2024-06-21
100
0
根据亲本基因型生成杂交F1基因型的R程序
数据处理
编码
程序
函数
数据
玉米等物种中常见的步骤,其中只对父母(纯合系列)进行基因型分型,然后利用这些信息来生成/推测每个杂交后代的基因型数据。这个函数也可以用于混合DNA分析,以获得只对父母进行基因型分型的全同胞个体的混合分子矩阵。
邓飞
2024-06-21
112
0
如何在R语言中安装plink2R用于读取plink二进制文件
data
package
二进制
系统
git
R语言是昨天安装的R3.6版本(Linux系统安装老版本的R语言,比如R3.6?)。
邓飞
2024-06-21
214
0
Linux系统安装老版本的R语言,比如R3.6?
博客
测试
系统
linux
安全
安装是可以的,但是安全的安装是值的推荐的,所谓安全的安装,就是不和系统已有的R语言和R包有冲突,不能把现有的系统搞崩了……
邓飞
2024-06-21
104
0
一篇搞定基因型数据填充!
jar
内存
软件
数据
线程
大家好,我是邓飞,今天介绍一下基因型数据的填充,包括自填充和填充到参考集上的方法。
邓飞
2024-06-08
684
0
一个检测系谱数据是否正常的程序
打包
程序
函数
数据
统计
最近有小伙伴问起如何检查系谱数据是否正常,这里,分享一个我之前写的一个R包,里面有函数check_pedigree,可以说是非常方便了。
邓飞
2024-06-08
109
0
使用TASSEL学习GWAS笔记:从入门到出家
可视化
入门
d3
tiff
笔记
TASSEL有对结果进行可视化的模块,包括qq图和曼哈顿图,但是图不方便调整。这里用TASSEL的分析结果,使用R语言进行绘制qq图和曼哈顿图。
邓飞
2024-06-08
160
0
一个批量做LDblock的脚本
ld
plot
sh
脚本
bash
今天,有小伙伴在星球询问GWAS分析的显著性位点,如何批量绘制LDblock,之前写过LDblock的安装和使用说明:(LDblock绘制连锁不平衡和单体型图)
邓飞
2024-05-29
113
0
虚拟机安装国产银河麒麟LInux系统
虚拟机
linux
测试
配置
系统
大家好,麒麟系统的普及率越来越广了,很多电脑初始设置系统就是麒麟系统,现在很多科研单位和高校也都预配置了麒麟系统,下面用虚拟机Vmware安装一下银河麒麟系统,方便对一些软件或者环境进行测试。
邓飞
2024-05-29
643
0
ASReml文献解析|如何分析猪繁殖性状遗传参数估计
工具
函数
模型
软件
数据
asreml软件功能非常强大,使用简单,遗传评估和基因组选择的利器,5月份有个遗传评估和基因组选择的培训班(见文末),
邓飞
2024-05-11
186
0
基因型数据分析时先质控还是先填充?
数据分析
数据
测序公司经过测序给我们的数据,通常为vcf或者plink格式的数据,由于样本降解、样本与参考基因组差异大(可能片段增加或者缺失)导致snp位点缺失。
邓飞
2024-05-01
212
0
GWAS分析为何要关注遗传力的大小
博客
模型
软件
数据
异常
通俗来讲,就是可遗传的百分比,如果遗传力很高,那么子代的表现和亲本的表现高度相关,如果遗传力很低,那么子代的表现和亲本的表现相关性很低,之前写过一篇博客,介绍遗传力相关的公式推导:回归系数 相关系数 遗传力之间的关系
邓飞
2024-05-01
214
0
Haploview软件windows安装失败
软件
系统
windows
测试
配置
有个小伙伴说,Haploview软件在windows系统中安装报错,说是配置了java和javac环境,还是不错,我是不信的。
邓飞
2024-04-30
192
0
GAPIT3的farmcpu模型做GWAS,报错
模型
内存
软件
数据
大数据
一个好的问题,可以引起思考,通过查资料回答问题的过程,是加深理解的过程,然后通过输出,就是掌握深化。
邓飞
2024-04-30
179
0
半分钟搞定Centos安装R4.3
入门
系统
源码
centos
数据分析
大家好,我是邓飞,数据分析离不开Linux系统,所以,如何在Linux系统中安装R语言,可以有效的避免入门数据分析,劝退力量很大。如果还有没有劝退,那就在Linux系统中安装R语言包……
邓飞
2024-04-10
386
0
GWAS分析竟然发表6分的文章!!!
开发
论文
数据
系统
基础
大家好,gwas分析目前已经很普及,很多育种群体非常适合gwas的数据挖掘,很多人类群体也非常适合gwas的位点挖掘。
邓飞
2024-04-10
217
0
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