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育种数据分析之放飞自我
生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS
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基因型数据分析时先质控还是先填充？
数据分析
数据
测序公司经过测序给我们的数据，通常为vcf或者plink格式的数据，由于样本降解、样本与参考基因组差异大（可能片段增加或者缺失）导致snp位点缺失。
邓飞
2024-05-01
95
0
GWAS分析为何要关注遗传力的大小
博客
模型
软件
数据
异常
通俗来讲，就是可遗传的百分比，如果遗传力很高，那么子代的表现和亲本的表现高度相关，如果遗传力很低，那么子代的表现和亲本的表现相关性很低，之前写过一篇博客，介绍遗传力相关的公式推导：回归系数 相关系数 遗传力之间的关系
邓飞
2024-05-01
108
0
Haploview软件windows安装失败
软件
系统
windows
测试
配置
有个小伙伴说，Haploview软件在windows系统中安装报错，说是配置了java和javac环境，还是不错，我是不信的。
邓飞
2024-04-30
94
0
GAPIT3的farmcpu模型做GWAS，报错
模型
内存
软件
数据
大数据
一个好的问题，可以引起思考，通过查资料回答问题的过程，是加深理解的过程，然后通过输出，就是掌握深化。
邓飞
2024-04-30
95
0
半分钟搞定Centos安装R4.3
入门
系统
源码
centos
数据分析
大家好，我是邓飞，数据分析离不开Linux系统，所以，如何在Linux系统中安装R语言，可以有效的避免入门数据分析，劝退力量很大。如果还有没有劝退，那就在Linux系统中安装R语言包……
邓飞
2024-04-10
156
0
GWAS分析竟然发表6分的文章！！！
开发
论文
数据
系统
基础
大家好，gwas分析目前已经很普及，很多育种群体非常适合gwas的数据挖掘，很多人类群体也非常适合gwas的位点挖掘。
邓飞
2024-04-10
110
0
plink计算TagSNP和lead SNP的方法
block
管理
内存
数据
统计
根据 LD≥0.25 的 r2，将 5Mb 区域 内数值高于阈值的多个 SNPs 进行聚类。一个聚类中 P 值最低的 SNPs 被确定为 lead SNPs。"，我知道怎么计算R2,但是我不理解这个聚类怎么做的
邓飞
2024-04-10
116
0
批量100个性状进行gwas分析--代码分享
模型
软件
数据
程序
脚本
GWAS分析时，3~5个性状是正常操作，要分析100个性状呢，手动修改参数，工作量是够了，但是程序员的修养体现在哪里了？？？
邓飞
2024-03-25
80
0
配合力为负值咋整啊？？？
博客
模型
设计
数据
数据分析
大家好，我是邓飞，作为育种数据分析的段子手，数据分析水平不敢保证，但是段子确实香。经常有小伙伴抛出各种育种数据分析相关的问题，当问题比较多了，我觉得应该写一篇博客了，毕竟，别人问你一个问题，再没有抛过去一篇博客，什么话都不说更爽的了，暗爽。
邓飞
2024-03-25
67
0
R语言计算多基因评分（PRS）
软件
数据
编码
基础
模型
GWAS分析结果中，有每个SNP的beta值、se值、P值，因为GWAS分析中将SNP变为0-1-2编码，所以这些显著的SNP的beta值，就可以用于预测。
邓飞
2024-03-25
135
0
根红苗正的GWAS软件：GEMMA
语法
变量
模型
软件
数据
现在GWAS更多使用LMM模型，这个模型plink没法做，下面介绍GEMMA软件。学习plink软件做GWAS，更多的是学习数据质控和GWAS原理，真正应用广泛的还要是混合线性模型LMM或MLM，GEMMA是一个明星软件，当然也有其它软件，比如GAPIT、FamCPU、rMVP、GCTA，最近又新出了一个fastGWS软件，后面的教程都要包含在内。
邓飞
2024-03-25
167
0
如何通过Genstat软件来计算遗传力和配合力？
设计
数据
编程
模型
软件
对于不经常编程的小伙伴，Genstat窗口的选择模型，方差分析、混合线性模型、配合力分析、基因与环境互作等功能，特别适合农业方向的数据分析。这个软件功能很强大，通过鼠标点击的形式就可以进行复杂模型的分析，非常666。
邓飞
2024-03-25
97
0
关于遗传力常见的误解
测试
管理
量化
数据
异常
大家好，我是邓飞，今天看了一篇非常好的文章，介绍了遗传力相关概念和计算方法，里面提到了常见的误解，这里汇总一下。
邓飞
2024-03-13
141
0
如何通过可视化解读GWAS分析结果
可视化
模型
数据
统计
表格
最近有老师问GWAS可视化的内容，GWAS分析结果没有曼哈顿图和QQ图是没有灵魂的，这两个图究竟怎么看呢，下面介绍一下：
邓飞
2024-03-13
142
0
GWAS分析结果为何要关注遗传力的大小
异常
百度
博客
软件
数据
通俗来讲，就是可遗传的百分比，如果遗传力很高，那么子代的表现和亲本的表现高度相关，如果遗传力很低，那么子代的表现和亲本的表现相关性很低，之前写过一篇博客，介绍遗传力相关的公式推导：回归系数 相关系数 遗传力之间的关系
邓飞
2024-02-26
226
0
显著SNP的基因注释教程！
数据
统计
merge
教程
视频
大家好，我是邓飞。前几天推荐了一个快速学习GWAS的方法，还没看过的点击查看：所以GWAS学习看视频还是看代码？
邓飞
2024-01-17
516
0
ggplot2 分组柱形图 加数字标签
函数
数据
标签
data
ggplot2
这里面，比如ID是两个地点，Cul是5个品种，产量数据，比较两个品种在5个地点的表现，把数字加上去，就形成了上面的图。
邓飞
2024-01-10
131
0
plink文件使用Haploview进行单倍型分析
数据分析
file
教程
解决方案
数据
大家好，我是邓飞，之前写了Haploview进行单倍型分析的教程（Haploview做单倍型教程一文打尽），有示例数据和操作流程，但是有些朋友用自己的数据分析时，会有各种问题，最近星球上有小伙伴发了一个帖子，叙述了自己的问题，各种尝试，还是错误，淡淡的忧伤和砸电脑的冲动……
邓飞
2023-12-20
338
0
R语言计算Logistic的efect和OR值以及置信区间
基础
解决方案
模型
事件
统计
各位小伙伴，大家好，我是邓飞，今天介绍一下，如何使用R语言进行logistic分析，并且计算OR值和置信区间。
邓飞
2023-11-27
447
0
计算配合力（附代码和数据）以及常见问题解答
数据分析
公众号
模型
设计
数据
可以认为，玉米侧交试验，是一个NCII的试验，在玉米实际的育种中，由于其测用结合的特性，应用广泛。
邓飞
2023-11-23
433
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